Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R3
|
779 |
308.9 |
10220750 |
96.7% |
9883465 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,218,374 |
(C)5→6 |
pseudogene (306/1685 nt) |
btsS ← |
two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,218,369 | 1 | . | C | 96.0%
| 890.2
/ 25.8
| 278 | pseudogene (311/1685 nt) | btsS | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/2); new base C (157/109); total (167/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
CAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑C‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218230‑2218503
|
gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGGCTCTAGCAGTGCGCACGCGGCGGAGCAGGATGCTGTGTGCCAGGCCACCGCGTAATCCTTCAAAGATGGTAGGGATTATACAACTTCACGCGGGCGT‑G‑c‑c > 2:2376057/1‑140 (MQ=255)
gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c < 1:2702220/140‑1 (MQ=255)
cgacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c‑c > 2:4858173/1‑140 (MQ=255)
cgacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c‑c > 1:3143164/1‑140 (MQ=255)
gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c‑cc < 1:2499896/140‑1 (MQ=255)
acgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGTTTAAAGACTTTAGCAGTTCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAAGCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c‑cc‑c > 2:1711309/1‑140 (MQ=255)
gaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c‑cc‑cca < 1:1308335/140‑3 (MQ=255)
gaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c‑cc‑cca > 1:3241458/1‑138 (MQ=255)
aaCGTGACGGCACCTGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACTCGGTCAT‑G‑c‑c‑cc‑ccat > 2:64524/1‑137 (MQ=255)
cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCCACGATCGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAatat < 2:1178992/140‑1 (MQ=255)
cggcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑T‑C‑C‑CCGCATCGAATATCGATGt > 2:1375903/1‑140 (MQ=255)
tGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGccgccg < 1:3453278/140‑1 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 2:1867192/140‑1 (MQ=255)
gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATAGATGTAAGCCGCCGGTCa > 2:366794/1‑140 (MQ=255)
aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 1:4763063/1‑140 (MQ=255)
aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 1:2151201/1‑140 (MQ=255)
aaaGACGTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATACCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 2:4487162/1‑140 (MQ=255)
aaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGccc < 1:803970/140‑1 (MQ=255)
aaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCACGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCAGCCAGCCAGccc > 2:2191524/1‑140 (MQ=255)
aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:1019151/140‑1 (MQ=255)
aCTTTATCAGTGCGCCAGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCAACGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:12050/140‑1 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc < 1:1022563/140‑1 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑CGC‑CC‑CACCGAATATCGATGAAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:4162140/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGGCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCaac > 2:4083598/1‑138 (MQ=255)
aTCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGcc < 1:3918144/140‑1 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGTGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:4240866/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:4383815/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:1614210/1‑140 (MQ=255)
gcgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGCTGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcga > 2:2540491/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 1:2253298/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTGCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGGCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCATCCCACcgac > 2:3898843/1‑140 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgacga > 1:148948/1‑140 (MQ=255)
gcggcgGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccg < 1:4741300/140‑1 (MQ=255)
cggcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATGATGCAACTTAACGCGGTCATCC‑C‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaacgg > 2:505877/1‑140 (MQ=255)
ggcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCTACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga < 1:1104936/140‑1 (MQ=255)
ggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggaccg < 1:1894996/140‑1 (MQ=255)
tCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGAccgccg < 2:2818131/140‑1 (MQ=255)
ggATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGt < 2:2056062/140‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:3264870/140‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:4951410/140‑1 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAAATTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgcag > 2:1252515/1‑138 (MQ=255)
tgtAGCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCTACATCATGCAACTTAACGCGGACAT‑G‑C‑CGCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCACCGGACACCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGAGCGCCGAGTAAgccgcg > 2:1549764/1‑139 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCGCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 1:1316322/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 1:1695785/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc < 1:2623493/140‑1 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGAAAgccgcc > 2:4852292/1‑140 (MQ=255)
cAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTGAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTa > 1:4352251/1‑140 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGCCGAGATCATGCAACTTAACGCGGGCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGACAGCCCAACCACCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 1:3625040/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGCGATCAGGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGAGGTCAGCCGCCGGTCAGCCCAATCAGCCCACCGACGCCCGCACCGCCGAGTAAGCCTCTCCTTAcag > 2:272003/1‑138 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCCGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCTCCCATTACcg > 1:779256/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 1:1399011/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 1:2189040/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 1:4326027/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:3372779/1‑140 (MQ=255)
aCCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGATATCATGCAACTTCACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCgcgc < 2:818577/140‑1 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATTATGCTACCCAACGCGATCAT‑G‑C‑CGCC‑CGTCGAATAGCGATGTAGGCCGGCGGTAAGCCCGACCAGCCCACCGACCACCTCACCGCCGCGCAAGCCTCCCAGTCCCCCGcc > 2:1506477/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTACGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 2:2325621/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAGCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:3485096/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCCTTACCGCGcc > 2:3797692/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 2:3125594/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:152895/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:646387/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:2930292/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 2:3388283/1‑140 (MQ=255)
gAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTa < 1:452015/140‑1 (MQ=255)
aGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt < 1:1424357/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:384050/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:230688/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:5104112/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGACGGTCGAGATCATGCACCTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATACCGATGTGAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:2617449/140‑1 (MQ=255)
aTCATTCAACGATTGTCTCGATCATGCACCTTACTCCGCTCAT‑GCC‑C‑CC‑CCTCGAATACCCATGTAAGCACCCGGTCAGCCCCCCCCGCCCCCCGACGACCGGCCCGCCGAGTAAGCCGCCCCTTACCGCGCCTATCGcc < 2:2119363/140‑2 (MQ=255)
cTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACgg < 1:2396252/140‑1 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa > 1:919488/1‑140 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa > 1:4184848/1‑140 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa > 2:3010817/1‑140 (MQ=255)
gTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAAt > 1:4164642/1‑140 (MQ=255)
gTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGGAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAAt > 2:4742593/1‑140 (MQ=255)
aTCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATc > 1:193226/1‑140 (MQ=255)
cATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑C‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGt < 1:3537957/140‑1 (MQ=255)
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GGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCTACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAA < SRR14920166.1107238/151‑1 (MQ=60)
CGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGC < SRR14920166.3816172/151‑1 (MQ=60)
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GGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCA < SRR14920166.684497/151‑1 (MQ=60)
GGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCA < SRR14920166.684846/151‑1 (MQ=60)
GGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCA > SRR14920166.2505630/1‑151 (MQ=60)
GGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCA > SRR14920166.2578501/1‑151 (MQ=60)
GTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAA > SRR14920166.2403276/1‑151 (MQ=60)
GTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAA > SRR14920166.2465951/1‑151 (MQ=60)
GTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAA < SRR14920166.248194/151‑1 (MQ=60)
CGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATG < SRR14920166.389633/151‑1 (MQ=60)
AGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTG > SRR14920166.493193/1‑151 (MQ=60)
AGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTG > SRR14920166.2531546/1‑151 (MQ=60)
AGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTG > SRR14920166.2169948/1‑151 (MQ=60)
AGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTG > SRR14920166.1979108/1‑151 (MQ=60)
AGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTG > SRR14920166.3537688/1‑151 (MQ=60)
GATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGC < SRR14920166.2192855/151‑1 (MQ=60)
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TCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAA > SRR14920166.949801/1‑151 (MQ=60)
TCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAA > SRR14920166.4432734/1‑151 (MQ=60)
CATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAAC < SRR14920166.3545388/151‑1 (MQ=60)
TGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCC < SRR14920166.4037384/151‑1 (MQ=60)
TGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCC < SRR14920166.3396073/151‑1 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920166.2466712/1‑151 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920166.1225279/1‑151 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920166.1507880/1‑151 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATGGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920166.843863/1‑151 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920166.1271522/151‑1 (MQ=60)
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AACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGG < SRR14920166.2796576/151‑1 (MQ=60)
AACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGG < SRR14920166.3543039/151‑1 (MQ=60)
AACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGG < SRR14920166.2752075/151‑1 (MQ=60)
CGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTG < SRR14920166.19580/151‑1 (MQ=60)
CGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCC < SRR14920166.3668937/151‑1 (MQ=60)
GTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacatgc > SRR14920166.4527862/1‑113 (MQ=60)
GTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCA > SRR14920166.4414555/1‑151 (MQ=60)
GTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAGCGTCAATGTGCAACCCAAACGAGGTGCCCA > SRR14920166.853024/1‑151 (MQ=60)
C‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGC < SRR14920166.293767/151‑1 (MQ=60)
CCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGA < SRR14920166.3350371/151‑1 (MQ=60)
CCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGA < SRR14920166.839155/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTGAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCTGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920166.2825361/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920166.330209/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920166.2631786/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920166.3696755/151‑1 (MQ=60)
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CCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG > NZ_CP025268/2218224‑2218524
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |