Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R5
|
781 |
658.8 |
22969755 |
98.0% |
22510359 |
137.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,218,374 |
(C)5→6 |
pseudogene (306/1685 nt) |
btsS ← |
two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,218,369 | 1 | . | C | 98.1%
| 1817.7
/ 22.2
| 532 | pseudogene (311/1685 nt) | btsS | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/2); new base C (278/241); total (289/243) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 583 total aligned reads displayed.
CAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218230‑2218503
|
cAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATg < 2:97218/140‑1 (MQ=255)
gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑cc < 2:10133449/140‑1 (MQ=255)
cgacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑ccc > 1:4868221/1‑140 (MQ=255)
acgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑ccccc > 2:3367671/1‑140 (MQ=255)
cGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑ccccccatcg > 1:5510042/1‑135 (MQ=255)
aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAata < 2:8430932/140‑1 (MQ=255)
aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAata < 1:3707728/140‑1 (MQ=255)
aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAata < 2:30910/140‑1 (MQ=255)
cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAatat < 1:2264922/140‑1 (MQ=255)
cGGCACCGGCGGGAAGGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAatat < 2:11121802/140‑1 (MQ=255)
cggcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCTTGCAACTTAACGCGNTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGt > 1:6931197/1‑140 (MQ=255)
cggcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGt > 1:1412361/1‑140 (MQ=255)
cggcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGt > 1:8462156/1‑140 (MQ=255)
ggcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTa < 1:2469364/140‑1 (MQ=255)
gcggTAATGGGGTTAATGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGTGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTaa > 2:8196875/1‑140 (MQ=255)
gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTaa > 2:5159444/1‑140 (MQ=255)
aaTGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAgccgc > 2:1798649/1‑140 (MQ=255)
aaTGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAgccgc > 2:3774958/1‑140 (MQ=255)
ggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTCCCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATTTCGATGTAAGCCGCCGGTc > 2:567184/1‑140 (MQ=255)
ggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTc > 1:7873762/1‑140 (MQ=255)
ttAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg < 1:7031664/140‑1 (MQ=255)
ttAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg < 1:450894/140‑1 (MQ=255)
cTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAcc > 1:10363649/1‑140 (MQ=255)
tttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCa > 1:4084755/1‑140 (MQ=255)
ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGTGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑CTCGAAGATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAg > 2:5378466/1‑140 (MQ=255)
ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAg > 1:10008410/1‑140 (MQ=255)
ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGCTCAGCCCAACCAg > 2:8021112/1‑140 (MQ=255)
ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGAAGCTGAGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTACAACGATGGACGAGATCATGCAACTAAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTAAGCCCAACCAg > 2:10407612/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:8984930/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGACGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:7549246/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAAAGAAGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGACATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCAAACAAGc > 2:6668890/1‑140 (MQ=255)
cAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCa < 2:1207809/140‑1 (MQ=255)
aGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCAc > 1:9629629/1‑140 (MQ=255)
gTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCAcc > 1:8781459/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:7565939/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATCTCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 2:6838039/1‑140 (MQ=255)
gcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggac > 1:381694/1‑140 (MQ=255)
cggATCAGGTTTCTGTGTACCAGGCAACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAGGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 1:2171424/140‑1 (MQ=255)
cggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 1:10863462/140‑1 (MQ=255)
cggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 1:6372970/140‑1 (MQ=255)
ggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggaccg < 2:8781458/140‑1 (MQ=255)
tCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGAccgccg < 1:1798649/140‑1 (MQ=255)
tCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGAccgccg > 1:9788093/1‑140 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:11297112/140‑1 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCNACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 1:6088984/1‑140 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 2:6987625/1‑140 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 1:3303850/1‑140 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 1:2784452/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 1:685636/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc < 2:10502216/140‑1 (MQ=255)
aCCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCAt > 2:2521426/1‑140 (MQ=255)
cAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTa > 1:9883212/1‑140 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTACGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 1:10526792/1‑140 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 1:1153402/1‑140 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 2:6171814/1‑140 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc < 2:5937754/140‑1 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 1:1248524/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 2:4341807/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACAGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 1:5970794/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:5062728/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 2:9422893/140‑1 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:9196750/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 2:925749/140‑1 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:833110/1‑140 (MQ=255)
cGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCt > 2:134940/1‑140 (MQ=255)
cGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGGAAGCCGCCCATTACCGCGCCt > 2:9601203/1‑140 (MQ=255)
aGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt < 1:1561094/140‑1 (MQ=255)
aGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt < 2:7735883/140‑1 (MQ=255)
aGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt > 2:150864/1‑140 (MQ=255)
tAATCCTTCAACGATTGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCg < 2:3237950/140‑1 (MQ=255)
tAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCg > 1:8150211/1‑140 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGTTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:203485/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:7630828/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:298183/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:5365388/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:6532526/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:5888148/140‑1 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCCCCGACGACCGGACCGCGGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGtc > 2:7163272/1‑139 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCAAGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAAGATCGATGTAAGCCGACGGTCAGCCCAACCAGCCCACAGACGACAGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCCTTACCGCGCCTAGCGCACGGGTa > 2:9071831/1‑140 (MQ=255)
aaCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAt < 2:5812864/140‑1 (MQ=255)
aCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAtt > 2:4240942/1‑140 (MQ=255)
aCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAtt < 1:343454/140‑1 (MQ=255)
aCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAtt > 2:641509/1‑140 (MQ=255)
aCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAtt < 2:6297924/140‑1 (MQ=255)
gATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTgg > 1:5227399/1‑140 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGAGCGCCGAGGAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCTCGGGTAGTgggt > 1:205903/1‑138 (MQ=255)
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GTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAA > SRR14920170.9238762/1‑151 (MQ=60)
GTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAA > SRR14920170.5329044/1‑151 (MQ=60)
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CAT‑GCCCC‑CCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGGGCCCATG > SRR14920170.4053077/1‑151 (MQ=60)
AT‑GCCCC‑CCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGA < SRR14920170.4288358/151‑1 (MQ=60)
AT‑GCCCC‑CCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGA < SRR14920170.5808248/151‑1 (MQ=60)
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CCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑CCC‑CCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG > NZ_CP025268/2218224‑2218524
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |