Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
870 |
341.9 |
11209456 |
97.2% |
10895591 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,218,374 |
(C)5→6 |
pseudogene (306/1685 nt) |
btsS ← |
two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,218,369 | 1 | . | C | 94.2%
| 913.5
/ 46.4
| 294 | pseudogene (311/1685 nt) | btsS | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/7); new base C (152/124); total (162/132) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.07e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
CAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑C‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218230‑2218503
|
gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c > 1:1945972/1‑140 (MQ=255)
gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCAGATCAGGATGCAGTGTACCAGGCCACCGAGTATTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑c < 2:1554032/140‑1 (MQ=255)
gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑cc‑c < 2:4828889/140‑1 (MQ=255)
gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑cc‑c < 1:1692151/140‑1 (MQ=255)
aaCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑cc‑cccat > 1:2186924/1‑137 (MQ=255)
aaCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑c‑cc‑cccat > 2:5598734/1‑137 (MQ=255)
aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCCGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAata < 2:2301947/140‑1 (MQ=255)
cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAatat < 1:1242634/140‑1 (MQ=255)
cACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGa > 1:4977787/1‑140 (MQ=255)
tAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAgccg < 1:1995907/140‑1 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑CTCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:1030477/140‑1 (MQ=255)
gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:887204/1‑140 (MQ=255)
gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 2:4364645/1‑140 (MQ=255)
ttAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg > 1:117609/1‑140 (MQ=255)
ttAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg < 2:3887556/140‑1 (MQ=255)
aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTCATCCTTCAACGATGAACGAGATCATGCAACTTAAAGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ACCGAATGTCCATGTAAGCCGCCGACCAGcc > 2:612512/1‑140 (MQ=255)
aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:3064405/140‑1 (MQ=255)
ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCaa > 2:3490212/1‑139 (MQ=255)
ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAg > 2:4463359/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACGAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 1:5117213/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:65593/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:4324254/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:3380857/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGAGGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTATAGATCATGCAACGTAACGCGGTGAT‑G‑C‑CC‑CCGAACGAATATCCGTGTAAGGCGCCGGTCGGCCCAACCAGCCCATcg > 2:836701/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 2:4178865/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 2:3078194/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACGTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAAGATCGATGTAAGCCGCGGGTCATCCCAACCAGCCCACcgac > 2:2069301/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATAAGGATGCTGTGTACCAGGACACCGAGTAGTCCGTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑AGCGAATAACGATGGAAGCCGCCGGTGGGCCCAACCAGCCTACcgac > 2:5104450/1‑140 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgacga > 2:2552264/1‑140 (MQ=255)
ggcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga < 2:2218522/140‑1 (MQ=255)
gcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggac > 1:3872746/1‑140 (MQ=255)
gcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggac > 1:1814507/1‑140 (MQ=255)
cggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 2:1442716/140‑1 (MQ=255)
ggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggaccg < 1:2910542/140‑1 (MQ=255)
tCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGAccgccg < 2:3822992/140‑1 (MQ=255)
cAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGa < 1:2967930/140‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:5034647/140‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg > 1:3699491/1‑140 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:3606226/140‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg > 1:4849922/1‑140 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCCACCAGCCCACCGACGACAGGACCGCCGAGTAAgccg > 1:1778568/1‑140 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 1:1508775/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGCTGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑CACGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGCCCGGCCCGCCGAGTAAgccgcc < 1:4006989/140‑1 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 2:744126/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc < 1:4579846/140‑1 (MQ=255)
gtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGccc < 1:605766/140‑1 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 2:3769118/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:1076820/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg < 2:1313119/140‑1 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:1782168/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:2415219/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:2724796/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 1:5530145/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGGGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 2:5121543/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:1049902/1‑140 (MQ=255)
cGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCt > 2:1370069/1‑140 (MQ=255)
cGAGTAATCCTACAACGATAGTCAAGATCATACAAATTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATAGAATAACGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGACCACCGACGACAGGACCGCAGAGTAAACCGCCCGGTGCCGCGCCt > 2:1217170/1‑140 (MQ=255)
aGTACTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt < 2:4534578/140‑1 (MQ=255)
aGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt > 1:345850/1‑140 (MQ=255)
tAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCg < 1:42096/140‑1 (MQ=255)
aaTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCCCGCCTATCGc > 1:5597641/1‑140 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑CTCGAATAGCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:4657005/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGCTGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:263487/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:1370069/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:2462282/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:2132856/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:3535865/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:1483524/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACAGCGCCTATCGCa < 1:9389/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑C‑CCACC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:5377401/140‑1 (MQ=255)
cTTCAACGATGGTAGAGCTCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑C‑CCACC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACgg < 2:4670317/140‑1 (MQ=255)
cTTCAACGATGGACGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACgg > 2:5521336/1‑140 (MQ=255)
tCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGt < 1:4463359/140‑1 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa < 1:4924170/140‑1 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa > 1:5384672/1‑140 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa > 1:4353313/1‑140 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACAGCGCCTATCGCACGGGTa > 2:5225278/1‑140 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGCACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa > 2:3213029/1‑140 (MQ=255)
aaCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAt < 2:1613048/140‑1 (MQ=255)
aaCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAt > 2:3270935/1‑140 (MQ=255)
aCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAATCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCGCCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAtt < 1:3153261/140‑1 (MQ=255)
aCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAtt < 1:1339284/140‑1 (MQ=255)
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AGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTG > SRR14920167.2034832/1‑151 (MQ=60)
AGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTG > SRR14920167.4225671/1‑151 (MQ=60)
GATCATGCAACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGC < SRR14920167.3268606/151‑1 (MQ=60)
TCATGCAACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAA > SRR14920167.1464955/1‑151 (MQ=60)
TGCAACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCACCCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCATATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCC < SRR14920167.2135286/151‑1 (MQ=60)
TGCAACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCC < SRR14920167.2610912/151‑1 (MQ=60)
TGCAACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCC < SRR14920167.3753236/151‑1 (MQ=60)
ACTTCACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC < SRR14920167.1973328/151‑1 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920167.4741862/1‑151 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920167.2205621/1‑151 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920167.4612675/1‑151 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920167.2261493/1‑151 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920167.2573862/1‑151 (MQ=60)
CTTACCGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATCGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920167.3021016/151‑1 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC > SRR14920167.398631/1‑151 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGGCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920167.3888390/151‑1 (MQ=60)
AACGCGGTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGG < SRR14920167.965945/151‑1 (MQ=60)
GTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCA > SRR14920167.5322913/1‑151 (MQ=60)
GTCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCA > SRR14920167.5322617/1‑151 (MQ=60)
TCATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCAT < SRR14920167.1669740/151‑1 (MQ=60)
CATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATG < SRR14920167.3843507/151‑1 (MQ=60)
CATGC‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACAGACGACCGGACCGCCCAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATG < SRR14920167.4017478/151‑1 (MQ=60)
TG‑‑CTCCCCATCGAACATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGAT < SRR14920167.704314/151‑1 (MQ=60)
tgcC‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGAT < SRR14920167.4727295/148‑1 (MQ=60)
tgcC‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGAT < SRR14920167.2201004/148‑1 (MQ=60)
tgcC‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGAT < SRR14920167.2843837/148‑1 (MQ=60)
C‑‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGC < SRR14920167.2898781/151‑1 (MQ=60)
C‑‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGC > SRR14920167.3489881/1‑151 (MQ=60)
C‑‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGCGCCCATGATGC > SRR14920167.4165224/1‑151 (MQ=60)
gcC‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATG < SRR14920167.4282877/149‑1 (MQ=60)
CCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGA > SRR14920167.3831943/1‑151 (MQ=60)
CCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGA < SRR14920167.40893/151‑1 (MQ=60)
CCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGA < SRR14920167.41493/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920167.3917095/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920167.3704826/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920167.3918083/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920167.4097390/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920167.539244/151‑1 (MQ=60)
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CCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑‑C‑CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG > NZ_CP025268/2218224‑2218524
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |