Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R1
|
782 |
581.3 |
19111616 |
98.4% |
18805830 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,218,374 |
(C)5→6 |
pseudogene (306/1685 nt) |
btsS ← |
two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,218,369 | 1 | . | C | 97.9%
| 1782.9
/ 26.2
| 521 | pseudogene (311/1685 nt) | btsS | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/3); new base C (287/222); total (296/225) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
Only 100 of 560 total aligned reads displayed.
CAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATG‑CCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218230‑2218503
|
aGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATG‑c < 1:305263/140‑1 (MQ=255)
gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATG‑cccc < 1:4585382/140‑1 (MQ=255)
gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATG‑cccc < 2:742598/140‑1 (MQ=255)
gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATG‑cccc < 2:3127458/140‑1 (MQ=255)
aaCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATG‑cccc‑ccat > 1:6497727/1‑137 (MQ=255)
aCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATG‑cccc‑ccatc < 2:811181/140‑5 (MQ=255)
gACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAat > 1:6269198/1‑140 (MQ=255)
aCCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGAt < 1:3938025/140‑1 (MQ=255)
cggcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGt > 2:104982/1‑140 (MQ=255)
gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTaa > 1:7464914/1‑140 (MQ=255)
aTGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAgccgcc > 2:3018386/1‑140 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 2:9241282/140‑1 (MQ=255)
gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:5163367/1‑140 (MQ=255)
aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 1:4167255/1‑140 (MQ=255)
aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 2:8158757/1‑140 (MQ=255)
aGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCa > 1:7694510/1‑140 (MQ=255)
aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGTATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:5659719/140‑1 (MQ=255)
tttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCa > 2:1182325/1‑140 (MQ=255)
tttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCa > 2:9140700/1‑140 (MQ=255)
ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGACTCTCGATGTAAGCCGCCGGGCAGCCCAACCAg > 2:2704536/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTTCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGGAAGCCTGCAACGATGGGCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATCTCGCTGTCAGCCGCCGGTCCGCACCCCCAGc > 2:7695240/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 1:8805319/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc < 1:7031077/140‑1 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCGGCCCACcg > 1:9497628/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 2:4265863/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:4424410/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 2:4568463/1‑140 (MQ=255)
gcgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcga > 2:5360911/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 2:6180815/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 2:3728844/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 2:2923075/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 1:7334401/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 2:5015277/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGAGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCAACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGACCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCTGACCACcgac > 2:2043675/1‑140 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgacga > 1:3292197/1‑140 (MQ=255)
gcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggac > 2:4095081/1‑140 (MQ=255)
ggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggaccg < 2:2779206/140‑1 (MQ=255)
aGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAg > 1:3445060/1‑140 (MQ=255)
cgCTGTGAACCAGGCCACCGAGTACTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATTCAACTAAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:5923954/139‑1 (MQ=255)
gCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgc < 2:7471487/140‑1 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 2:1632266/1‑140 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 1:665036/1‑140 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 1:5441021/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCCACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 1:9226125/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 1:9024068/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 2:8973703/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 2:24102/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 2:5638319/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 1:3605381/1‑140 (MQ=255)
aCCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCAt > 2:7087322/1‑140 (MQ=255)
agcccACCGAGTAATCCTTCACCGCTGGTCGAGATCATGCAACGTAACGCGGGC‑ATGCCCCC‑CATCGAATCTCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCCCCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAc < 2:6469160/137‑1 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 1:5336543/1‑140 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc < 2:3807159/140‑1 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 2:2532508/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 2:8653454/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 1:7596894/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 1:2388616/1‑140 (MQ=255)
ccACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgc > 1:5015505/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGACTATCGATGTAAGCCGCCGGGCAGCCCAACCAGCCCACCGTCGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCAGTACcgcg > 1:4046756/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:4851464/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTACGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:5739688/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:2028604/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:1833063/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:9323855/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:912293/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 2:3326339/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 2:6662477/140‑1 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:9416764/1‑140 (MQ=255)
gAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTa < 2:445276/140‑1 (MQ=255)
aaTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGc > 1:7832441/1‑140 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTCTCGCa < 1:2655495/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa > 1:4273040/1‑140 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:4696825/140‑1 (MQ=255)
tCCTTCAACGATGGTCGAGATCCTGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CCTCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCCGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCAc < 2:7855055/140‑1 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa < 1:2886249/140‑1 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa > 1:815553/1‑140 (MQ=255)
gATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTgg < 1:4795318/140‑1 (MQ=255)
aTGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGAGGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGc > 1:3740391/1‑140 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa > 2:359242/1‑140 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa > 2:6369089/1‑140 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa > 1:1513673/1‑140 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa < 2:8444512/140‑1 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTC‑ATG‑CCCCGCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGAGCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCTTTACCGCGCCTGTCGCACGGGTATTGGCa > 1:8954587/1‑140 (MQ=255)
aggTCGAGATCAGGCAACTAACCGCGGTC‑ATGCCCCC‑CATCGAATATCGCTGGAAGCCGCCGGTCAGCCCACCCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa < 2:7234804/139‑1 (MQ=255)
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TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920174.624662/1‑151 (MQ=60)
TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920174.5711902/1‑151 (MQ=60)
TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920174.5711458/1‑151 (MQ=60)
TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920174.4830930/1‑151 (MQ=60)
TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920174.3625777/1‑151 (MQ=60)
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TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920174.9074656/1‑151 (MQ=60)
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TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920174.2976851/1‑151 (MQ=60)
TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920174.732775/1‑151 (MQ=60)
TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920174.3121700/1‑151 (MQ=60)
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CAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGA < SRR14920174.1790740/151‑1 (MQ=60)
CAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGA < SRR14920174.2902796/151‑1 (MQ=60)
AACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAA < SRR14920174.4255314/151‑1 (MQ=60)
ACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAT < SRR14920174.3330021/151‑1 (MQ=60)
ACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAT < SRR14920174.6505348/151‑1 (MQ=60)
ACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAT < SRR14920174.4301801/151‑1 (MQ=60)
GATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCG < SRR14920174.3694595/151‑1 (MQ=60)
TGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTC < SRR14920174.8974792/151‑1 (MQ=60)
GGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCA > SRR14920174.4333775/1‑151 (MQ=60)
GGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCA > SRR14920174.2427697/1‑151 (MQ=60)
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GTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAA > SRR14920174.6464932/1‑151 (MQ=60)
GTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAA > SRR14920174.6143968/1‑151 (MQ=60)
CGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATG < SRR14920174.4432345/151‑1 (MQ=60)
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AGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGAAGTAAGCCGCCGGTCCGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGAATTGGCAATAGAATCGTCAATGTG > SRR14920174.5296853/1‑151 (MQ=60)
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TCTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCCTTACCGCGCCTATCGCACGGGTCTTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920174.5157028/1‑151 (MQ=60)
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ACTTAACGCGGTCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGACGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920174.511747/1‑151 (MQ=60)
ctttacgcggtctttcCC‑CC‑CATCGAATTTCGATGTAAGCCGCCGGTCAGACCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCAGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCACACC < SRR14920174.1015858/135‑1 (MQ=60)
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TCATGCCC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCAT < SRR14920174.2514880/151‑1 (MQ=60)
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C‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAA > SRR14920174.2848560/1‑151 (MQ=60)
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CCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CC‑CC‑CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG > NZ_CP025268/2218224‑2218524
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |