Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
154 |
26.6 |
2069536 |
90.2% |
1866721 |
108.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260480 |
1,518,085 |
C→T |
A85T (GCC→ACC) |
h16_B1356 ← |
conserved hypothetical membrane spanning protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260480 | 1,518,085 | 0 | C | T | 100.0%
| 89.6
/ NA
| 24 | A85T (GCC→ACC) | h16_B1356 | conserved hypothetical membrane spanning protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (13/11); total (13/11) |
GGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCA > AM260480/1517964‑1518213
|
ggCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACg > 1:112426/1‑132 (MQ=255)
cggcggCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCgg < 1:106345/134‑1 (MQ=255)
cggcCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGt > 2:360527/1‑132 (MQ=255)
acaGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGa < 1:360527/134‑1 (MQ=255)
aGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACg > 1:566550/1‑134 (MQ=255)
aaCGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTcagc < 2:756638/97‑1 (MQ=255)
aaCGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTcagc > 1:756638/1‑97 (MQ=255)
ttGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGAc > 1:343946/1‑124 (MQ=255)
ttGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGAc < 2:343946/124‑1 (MQ=255)
gggTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGt > 1:682409/1‑134 (MQ=255)
gggTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGt > 2:1031301/1‑134 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGtca > 2:829399/1‑134 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGtca > 2:1009593/1‑134 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGtca > 1:556517/1‑134 (MQ=255)
aTGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATcac < 2:112426/133‑1 (MQ=255)
ccGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCcg < 1:650207/134‑1 (MQ=255)
aCTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTcagc > 2:276583/1‑71 (MQ=255)
aCTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTcagc < 1:276583/71‑1 (MQ=255)
gcgcACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCgg < 2:556517/132‑1 (MQ=255)
ttcgttGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCg > 2:755765/1‑134 (MQ=255)
tCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGaa < 2:682409/134‑1 (MQ=255)
ggTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGcc > 2:1009796/1‑100 (MQ=255)
ggTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGcc < 1:1009796/100‑1 (MQ=255)
gTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCcagcagca < 1:755765/134‑1 (MQ=255)
|
GGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCA > AM260480/1517964‑1518213
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCCTGGATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCAGGATAAAGCCGAAGT > AM260480/1517949‑1518228
|
GCCCTGGATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1108:5430:56919/1‑148 (MQ=60)
aagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGAT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1113:19771:9667/85‑1 (MQ=60)
GCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1108:2348:18661/150‑1 (MQ=60)
acgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1203:20272:54163/102‑1 (MQ=60)
AGCATGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGG > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2105:11998:43600/1‑150 (MQ=60)
GGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGctgtctcttatacacatctccg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2116:8355:4874/1‑127 (MQ=60)
GCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1207:1792:100109/1‑149 (MQ=60)
CACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1208:10076:4856/150‑1 (MQ=60)
CAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2110:12996:78933/1‑150 (MQ=60)
GGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2107:8444:81059/1‑87 (MQ=60)
GGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCAT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2102:20218:72376/1‑150 (MQ=60)
CCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2109:11045:89035/150‑1 (MQ=60)
gagatgtgtataagagacagCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2215:16894:63438/130‑1 (MQ=60)
gtgtataagagacaGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1106:15583:88132/135‑1 (MQ=60)
GGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCAGGATAAAGCCGAAGT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2114:15732:98879/150‑1 (MQ=60)
|
GCCCTGGATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCAGGATAAAGCCGAAGT > AM260480/1517949‑1518228
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
