Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
149 |
26.7 |
2337422 |
87.5% |
2045244 |
105.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260480 |
1,518,085 |
C→T |
A85T (GCC→ACC) |
h16_B1356 ← |
conserved hypothetical membrane spanning protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260480 | 1,518,085 | 0 | C | T | 100.0%
| 116.7
/ NA
| 32 | A85T (GCC→ACC) | h16_B1356 | conserved hypothetical membrane spanning protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/17); total (15/17) |
GATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCA > AM260480/1517955‑1518213
|
gATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGtcc < 1:838551/133‑1 (MQ=255)
ccgcGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATcc > 2:390788/1‑134 (MQ=255)
aGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGcc > 2:61115/1‑125 (MQ=255)
aGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGcc < 1:61115/125‑1 (MQ=255)
cAGGGCCGCGCATAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCAc > 2:250115/1‑134 (MQ=255)
caGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTcagc < 1:1097609/102‑1 (MQ=255)
caGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTcagc > 2:1097609/1‑102 (MQ=255)
caGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGAc > 2:725225/1‑134 (MQ=255)
aaCGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCAc < 2:610455/102‑1 (MQ=255)
aaCGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCAc < 2:598397/102‑1 (MQ=255)
aaCGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCAc > 1:610455/1‑102 (MQ=255)
aaCGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCAc > 1:598397/1‑102 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACg < 1:192396/70‑1 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACg > 2:192396/1‑70 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCAc > 2:1155187/1‑90 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCAc < 1:1155187/90‑1 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGaa > 1:99954/1‑122 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGaa < 2:99954/122‑1 (MQ=255)
gTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGtca > 1:691156/1‑134 (MQ=255)
ccGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCcg < 1:725225/134‑1 (MQ=255)
aCTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCgaga > 1:859861/1‑84 (MQ=255)
aCTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCgaga < 2:859861/84‑1 (MQ=255)
aCTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCg < 2:573118/134‑1 (MQ=255)
aCTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCg < 2:456068/134‑1 (MQ=255)
aCTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCg < 1:98469/134‑1 (MQ=255)
tCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCg < 2:1097370/132‑1 (MQ=255)
tCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCg > 1:1097370/1‑132 (MQ=255)
tCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGa > 2:39963/1‑133 (MQ=255)
tCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGa < 1:39963/133‑1 (MQ=255)
gTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCca < 2:526374/134‑1 (MQ=255)
gTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCcagcagca < 2:691156/134‑1 (MQ=255)
tGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGcc > 1:1083296/1‑38 (MQ=255)
tGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGcc < 2:1083296/38‑1 (MQ=255)
|
GATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCA > AM260480/1517955‑1518213
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCAG > AM260480/1517953‑1518214
|
atatatgtgttttgttagttatgttttttttttttcaagcagaagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2116:19399:32239/50‑1 (MQ=60)
GGATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2114:19125:54896/149‑1 (MQ=60)
acgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1113:16310:38749/100‑1 (MQ=60)
gatgtgtataagagacagGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2213:10149:83667/132‑1 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2216:15089:41390/120‑1 (MQ=60)
GGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1102:12312:91371/150‑1 (MQ=60)
GAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgct > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2201:8882:23098/1‑110 (MQ=60)
GGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCtgtctcttatacacatc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2102:8988:28016/1‑133 (MQ=60)
GGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCtgtctcttatacacatc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2103:9925:52124/1‑133 (MQ=60)
GGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1215:2927:38163/1‑87 (MQ=60)
GGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCAT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2108:17600:8993/1‑150 (MQ=60)
GGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCAT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1106:5432:24147/1‑150 (MQ=60)
GGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGACCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgct > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1110:14801:13403/1‑86 (MQ=60)
gcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2109:4150:94937/98‑1 (MQ=60)
GGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacac > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2116:21166:54135/1‑115 (MQ=60)
GTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGTGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaa > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1102:19891:78306/1‑72 (MQ=60)
TTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2213:16004:82465/1‑150 (MQ=60)
CCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2109:3734:95221/150‑1 (MQ=60)
CACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1106:3323:15889/150‑1 (MQ=60)
ACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1105:6586:55283/150‑1 (MQ=60)
GATCCAGGTCGCGGTTGGTCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaactcc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2213:19846:15471/1‑68 (MQ=60)
|
TGGATGGCGGGGGCCGCCGCGGCGGCCATGCTGGCAAGCCCGAGCAGGGCCGCGCACAGGTAACGGTTGGCGGGTTTCATGCCCGGCACTCCTTGCGCACGCGTTCGTTGAGCGGATCCAGGTCGCGGTTGGCCCGGTACACGTAGATCCCGGTCAGCAGCACGGCCGAGACGATCACCGCCACGCCGACGGGAATGCCCACCGTCATCACACCCGCGCCGAGCGGTGTGCCGAGCGTGGCCGGCGAGAACGCCAGCAGCAG > AM260480/1517953‑1518214
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
