Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,158,048 |
A→C |
20.7% |
P60P (CCA→CCC) |
ptsG → |
fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,158,048 | 0 | A | C | 20.7%
| 121.4
/ 4.0
| 72 | P60P (CCA→CCC) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/37); new base C (11/6); total (27/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTA > NC_000913/1157834‑1158275
|
aaaaaaaGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCCTTGCAAACATTCCACTGATTTTTTCGATCGGTGgcgc > 2:867781/1‑238 (MQ=255)
aCCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTTTGGCCGAAGCAGGCGG‑GTCCGCCTTTTCTAAAATGCCCATGTTTTTTTCGTAAGGTTGGGCCCTC‑CGCttt > 1:242931/1‑239 (MQ=255)
gAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTTGCAACATGCCACTGGTTTTTGTGATCGGCGTCGCCCTC‑GGCTTTTCCAATaaaaat > 2:910763/1‑235 (MQ=255)
gAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTTCAAACATGCCCCTGGTTTTTGCGACCGGTGTCGCCCTC‑GGGTTTTCCAATAACGAt > 2:934964/1‑239 (MQ=255)
gAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAAACAGCAACTGCTTTTTTCGGTCGGGGGTCCCCTC‑GCCTTTTCCCATAACAAt > 2:985293/1‑239 (MQ=255)
cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTGTCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAACCATGCGG‑GTCCCCTGTTGCAAAACAGCCAATTGTTTTTGCGATAGGGGGCTCCCCC‑GGGttttcaaaacaaaatcta > 1:497491/1‑224 (MQ=255)
cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCCTGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCTCCCTTGCCAAAATGCCCCCGAGTTTTTGGACCTGGGTTGCCCCC‑GCGTTTCCCAAAAAACATGGc > 1:412824/1‑239 (MQ=255)
cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCCTCTTTTCACACATGCCCCCTGTTTTTGCGACCCGGGTCGCCCCC‑GGCTTTAACAAAAAAGaagac > 1:1015293/1‑235 (MQ=255)
ctctCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGACGCAGGCGGCTCCCCCCTTTGCCACCACGCC‑CTCTTTTTTTCGCTCGCTGTCGCCCCC‑CGCGTTAcccaaacaaacgggct > 1:559721/1‑225 (MQ=255)
ctctCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATTCCACTGATTTTTGCAATAGGGTTCGCCCCC‑GGCTTTACCAaaaaacattggcg > 2:753816/1‑230 (MQ=255)
tctcAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGCCTTTGCAAACCAGCCACTGTTTTTTGCGATCGGGGTGCCCCCC‑GGCTTTACCAATAACGATgggggg > 2:158587/1‑235 (MQ=255)
gTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCCTGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTTCCGCCTTTCCAACCATCCCCCGGGTTTTTTC‑ACCCGGGTCGCCCCC‑GGCCTTTCCaaataaagaaggggctccccgccgc > 1:138982/1‑216 (MQ=255)
gTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCCAACATGCCCCTGATTTTTGCGATCGGGGGTGCCCCC‑GGGCTTTCCAAAAAAGATGGCGGATCcgccgcg > 2:519698/1‑234 (MQ=255)
gTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTTCGATTGGGTTCGCCCTC‑GGCTTTTCCAATAACCAAGGCGGATCCgcgcgg > 2:426509/1‑236 (MQ=255)
gTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAAAATTGCACTGCTTTTTGCGATCGGGGTCGCCCCC‑GGCTTTACCAATAACAATGGCGTATCCCCGCtc > 2:373215/1‑237 (MQ=255)
tGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAAACAGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTAGCCCTC‑GGCCTTACCCATAACGATGGCGGATCCGCGACGG‑GCGCAgtgt > 2:423553/1‑237 (MQ=255)
ttGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCCCTGGTTTTTTCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGAAGGCGCATCCGCGCTGG‑CCgacgttcttt > 2:478292/1‑228 (MQ=255)
tgaaaaaGGTCGGTAACCCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTTCCTTTCGCAGGTTTTCTGCTGGGCGTCGTTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGcatc < 2:1159076/236‑1 (MQ=255)
ggCAAAAGGTCGGAAAATCGCTGATGCTGCCGGTACCCGTACTGCCTATCGAAGGTATTCGGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGcatc < 2:1246418/238‑1 (MQ=255)
cAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATTCCACTGATTTTTGCGATCGGGTTCGCCCTC‑GCCCTTTCCAATAACAATGGAGTATTCCCGCTGGCCCCCGGTTGTTCCCTA‑gggacaca > 1:870617/1‑234 (MQ=255)
aGGCCGGTAAATCGTTGAGGCTGCCGGTTTCCGTTCTGCCTTTCGCAGGTATTCGGCTGGGGGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGtt < 2:242931/239‑1 (MQ=255)
tCGGTAAATCGGTGATGCTGCCGTTCTCCGTTCTTGCTACCGCAGGTATTCTGCGGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTaa < 2:62486/238‑1 (MQ=255)
gcggaaatgtgtaaaagagacaggTTTCCGTACGGCTTATCGCAGGTATTCTGCGGGGCGTCGGTTCCGCAAATTTCAGCTGGTTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCACGGTTaa < 2:382146/216‑1 (MQ=255)
cGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCCGGCGG‑TTCCGGCTTTGCCAACATGCCCCTGATTTTTGGCAACTGTGTCCCCCTCGGGTTTTTCCAAAAAC‑ATGGGGGATCCGCCGTGG‑CCCCCGTTGTTTCCCA‑TGGCTACAAGGTTaaaa > 1:322809/1‑239 (MQ=255)
tgccgtttcccttACTGCCTGTCGCTGGTTTTCTGGTGGGCGGCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTgc < 2:376863/226‑1 (MQ=255)
gttctcctttcTGCCTACCGCAGGTATGCTGCGGGGCGTCGGTCCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCAc < 2:1220142/229‑1 (MQ=255)
tccgaccgccttgcgccgggTATTCTCGTGGGCGCTGGTTCCGGAAATTTAGGTCGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGt < 2:224736/221‑1 (MQ=255)
tACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCCCTGATTTTTTCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTTTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCCGGGTTGCG‑CCCCCGGGACt > 2:1112090/1‑238 (MQ=255)
ctttCGCAGGTTTTCGGTTGGGGGGCGGTTCCGGGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCAttt < 2:2747/235‑1 (MQ=255)
tagcGCAGTTATTCTGGTGGGCGTCGGTTCCGGGAATTTCAGCTGGCTGCCCGGCGTTGTAGCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTAc < 2:756555/236‑1 (MQ=255)
cggggggggttttcgggggggCGTCGGTACGGGAAATTCCGGCGGGCGGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTAc < 2:718537/221‑1 (MQ=255)
aTCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCCCGGTTGTTGCCTC‑TGGCCTCCTGGGTAAAACCATTGCCGGGGTTTCGCCCACT‑GTACTGCAttttc > 2:947075/1‑236 (MQ=255)
ggtttttttttggggggtggttgccGCGAATTGCGGGGGCCTGCCCGCCGTGGTATCGCATGTTAGGGCATAAGCAGGGGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCCCTGATTTTTGCGATCGGGGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACctgctg < 1:867781/216‑1 (MQ=255)
gTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTTCGTCTTTGCAAAAATGCCACTGATTTTTTCGATCGGTGTCGCCCTC‑CGCTTTTCCAATAAAGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTTCCCA‑TGGCTACAAGGGTAAAACCAATGCCGTGGGTGCG‑CCCCTGGGAATGCAATTAACTGCTgaa > 1:772767/1‑239 (MQ=255)
gTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTTCCAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTTCCAATAAACATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCCCGTGTTTCCTC‑TGGCCACCTGGGTAAAACCCTGGCCGTGGGTGCG‑CCACTgggtcttctgttccctgtggaa > 1:690324/1‑219 (MQ=255)
cgggtgGGCGTGGGTCCCGGAAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAAt < 2:460485/235‑1 (MQ=255)
tgctgGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTCTTCAAACATGCCCCTGATTTTTGCGCTCGGTGTCGCCCCC‑GGCTTTTCCAATAACACTTGCGGATCCGCGCTGG‑CCGCCGTTTTTGCCTC‑TGTGCTCACGGGTAAAAACACGGCCGGGGCTGTG‑CCCCCGGTACTGCCttttaccggttgaaaacc > 1:718537/1‑223 (MQ=255)
ggggggCTTCGGTTCCGCAAATTTCATCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCg < 2:1015293/236‑1 (MQ=255)
gcggggggtggtttCCGCGATTTTCAGCGGGCCGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCg < 2:772767/227‑1 (MQ=255)
ggCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCCC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCCGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGGTAAAAACATGGCCCGGGGTGGG‑CCCCTGGGACTGGCTTTTCCTGCCGAAAAAAACGccc > 2:1097284/1‑237 (MQ=255)
ggCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCCGCCCGCCGTTGTATCGGTTGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCCTCTTTTTAAAACTGCCCATGATTTTTTCGCGCGGTGCCGCCTCC‑GTCTTCTCCAATAACTTTGGTGTCTCCACGCTGT‑GCCCCCTTTTTGCCTATTGGCCT‑ATGGTTAAAACAATGGGCGGTGGTGCG‑CGACGGGGACGTCAttttacttttgaaaaaaaaccccc > 1:1281831/1‑218 (MQ=255)
cGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTTCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCCGGTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCCTTTCACTGCTGAAGAAAACGCCTCTa > 2:1165831/1‑239 (MQ=255)
cgtttCCGCAAATTTCGGGTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAATATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTaaa < 2:626347/235‑1 (MQ=255)
gtcccGGGAATTTCAGGTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAacac < 2:14806/236‑1 (MQ=255)
gggAATTTCAGCTGGCCGCCCGCCGTTTTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGc < 2:1110421/237‑1 (MQ=255)
tttCACGTGGCTGCCCGCCGTTGTATCCCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TCCCGTCTTTGCAAACATGCCCCTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATa < 2:509612/239‑1 (MQ=255)
ttccggctggttgCCCGCCGTTGTATCGCATGTTAAGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTTTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATa < 2:316731/234‑1 (MQ=255)
ttccggctggctgCCCGCCGTTGTACCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATa < 2:497491/234‑1 (MQ=255)
cggggctgCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGc < 2:670238/236‑1 (MQ=255)
ggctgCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTa < 2:322809/239‑1 (MQ=255)
tgCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTTTTTGCAAACATGCCACGGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACt < 2:138982/238‑1 (MQ=255)
cccctctgttgttTGGAATTTTTTGGCGGAAGCAGGGGT‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGCGCGGTGTCGACCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCg < 1:408583/232‑1 (MQ=255)
ccgcctTTTTAGCGCATTTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGa < 2:13777/239‑1 (MQ=255)
ccgccgTTTCATCGCAGGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TCCCGTCTTTGCAAACCTGCCGCTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACGAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGa < 2:38900/239‑1 (MQ=255)
ccctcgTTGTATCGCATGTTATGGCAGAATCAGGGGG‑TTCCGCTTTTGCAAACTTGCCACTTATTTTTGCGGTCGGTGTCCGCCTC‑GGCTTTCCCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTTCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACTCCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGa < 2:344745/235‑1 (MQ=255)
gttgttTCGCTTTTTTTGGCAGGAGCCGGCTG‑CGCCGTTTTGTCAAACATGCCACTGATTTTCGCGATCGGGGTCGCCCTT‑GGTCTTACAAATAACGATGGCGGATCCGGGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACGGCAGTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGAt < 1:216254/239‑1 (MQ=255)
gTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCGGGGGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGAt < 2:690324/239‑1 (MQ=255)
tgggtgtgagcggtggtttCTGTCTTTTCAAACATGCCCATGTTTTTTGTGTGCGGGGTTCGTCTT‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTCGCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TCGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGAt < 1:158587/222‑1 (MQ=255)
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gCAGGGGG‑TTCCGTTTTTGAAAACAAGCCACTGGTTTTTGCGTGCGGTGGCGCCCTC‑GGCTTTACGAAAAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGTGTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGt < 1:142508/238‑1 (MQ=255)
aGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAACCATGCCCCTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTa < 2:331042/237‑1 (MQ=255)
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|
AAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGG‑TTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTC‑GGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGG‑CCGCAGTTGTTGCCTA‑TGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCG‑CCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTA > NC_000913/1157834‑1158275
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
