Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,158,048 |
A→C |
24.8% |
P60P (CCA→CCC) |
ptsG → |
fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,158,048 | 0 | A | C | 24.8%
| 98.0
/ 4.7
| 73 | P60P (CCA→CCC) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/32); new base C (15/5); total (35/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAA > NC_000913/1157816‑1158284
|
tGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGGAAACATG‑C‑CCCTGGtt > 1:628599/1‑239 (MQ=255)
ccACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGCC‑TTTGTAAACATG‑G‑CACTGAtttt > 1:237197/1‑239 (MQ=255)
cgTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTTCGCC‑GTTGCAAACATG‑C‑CCCTGtttttttgga > 2:890663/1‑235 (MQ=255)
aCGTAAAAAAACCCCCAATACCAAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGATTGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGgtgt < 1:933759/239‑1 (MQ=255)
aaGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATTGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGCCTTTTCCAAAAATC‑C‑CACTATTTTTTgtaacgggggggcccccgg > 2:497926/1‑221 (MQ=255)
cccATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGATTTTTTCGATCCGGGTTGCCCTCGGC‑ttt > 1:727630/1‑238 (MQ=255)
aagttttgttaaaggaacgggtGTTTAAGAATGTGTTTGCTACCCAGAAAAGGGTGGGAAAATCGTGGTTGCGGCGGGTTCCCTTCGTGCCTTCGGGGGGTATTTGGGG‑GGGGGTCGGTTCCGGAAA‑TTTCGGGTGGCGGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCaa < 2:19811/217‑1 (MQ=255)
gAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTTCGCC‑TTTTCAAACAAG‑CTCACGGTTTTTTGCGCCGGGTGTCCCCCCGGGC‑TTTGCAAAAAAcat > 2:613376/1‑237 (MQ=255)
gAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGGC‑TTTTCAAACATG‑C‑CACCGATTTTTTCGATCGGTGTCGCCCCCGGC‑TTTTCCACTAACAAt > 1:808518/1‑239 (MQ=255)
cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAACTCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGATTTTTGTGATCGGGTTCCGCCCCGGC‑GTTACCAATaaagcgtgg > 1:855484/1‑232 (MQ=255)
cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAAAATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCACTAACCATGGc > 1:297269/1‑239 (MQ=255)
cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGCC‑CTTTCAAACATGCC‑CCCTGTTTTTTGAGCTGGGTGT‑GCCCCCTGC‑CTTTCCAAAAACCAAGGc > 2:699957/1‑239 (MQ=255)
cACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCCTC‑TTTGCTACCATT‑C‑CACTCATTTTTTAGATTGGGGTCGCCCCCGCC‑TTTTCCAAAAAACATgg > 1:40964/1‑238 (MQ=255)
ctctCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGCTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGGTCCGCC‑CTTTCGACCATC‑G‑CCCTGCTTTTTGCCATCGGGGGCTCCCCCCGC‑CTTTCCCAAAAAGATGGCgg > 2:908427/1‑238 (MQ=255)
tctcAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGGTTCGGCT‑TTTTCAAAAAGG‑C‑C‑CTGATTTTTTCGGACGGGGTGGCCCTCGGC‑TTTTCCAaaaaaagaggggga > 2:1054994/1‑229 (MQ=255)
tttttttttacattggtttttCTAACCTAGAAAAGGGAGTAAACGCGCTGCGGCTGCCGTTTCCCGACCCGCCTATCGCGGTTTTTCTTCG‑GCGTGTCGGTCCCGAGAA‑TTTCGGGTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCcgcg < 2:1054522/222‑1 (MQ=255)
ttttttttaagattctttttGCTAACCTCAAAAAGGGCGTAAAAGCCTGGTTGCCGCCGGTTCCTGTCCTGCCTATCGCTGGTATTCTGCG‑GGGCGTGGGTTCCGGGAA‑TTCCGGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCcgcg < 2:261652/222‑1 (MQ=255)
aTGTTTAAGAATGCATTGGCTACCCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGGTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCATACCGAAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCt < 1:66245/239‑1 (MQ=255)
ttAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGGC‑CTTGCAAACAGGCC‑CATTCTTTTTTGC‑TCCGGGGTCGCCCTCGCG‑TTTACCAATAACAAATGCGTAAccccccgggg > 2:1060390/1‑230 (MQ=255)
ttAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCCGC‑TTTTCAAACATG‑C‑CCATGATTTTTTCGAATGGGGGTGCCCCCGGC‑TTTTCCCAAAACCATGGGGTAACCGCGCGGGcc > 2:624157/1‑239 (MQ=255)
ttAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCCGC‑CTTTCAAACCAG‑C‑CACTGATTTTTTCGGCCGGTGTGTCCCCCCGCTTTTACCAA‑AACCAAGGGGGATCCGCGCTGGcc > 2:951915/1‑239 (MQ=255)
ttAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGGTCCGTC‑TTTGGCAACATG‑G‑CACTAATTTTTGTCATCGGGGGCGCCCTCGGC‑TTTACCCATAACAATGGGGGATCCGCGCGGGcc > 2:668476/1‑239 (MQ=255)
tAAGATTGCATTTGCTACCCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGAGTCTGCGGGTATCCGTACTGCCTATCGAAGTTATTCTGGT‑GGGAGTCGGTTCCGGGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCg < 1:890663/239‑1 (MQ=255)
aaGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCCGC‑TTTGCCAACATT‑C‑CACTGGTTTTTGTGGTTGCTGTCGGCCTCGCG‑TTTTCCCATAACGTTgcggtactccccctcgccg > 1:1054672/1‑220 (MQ=255)
aaaTGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGAAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTGCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAg < 1:804726/238‑1 (MQ=255)
tGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGGTTTTTGCGATCGGGGTTGCCCCCGGC‑CTTACCAATAACCATggggctgtcccttttacacatctc > 1:19811/1‑216 (MQ=255)
cATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGGC‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGAGTTTTGCGATCGGTGGTCCCCTCGGC‑TTTACCAAAAAACATGGGGTTTTCGCCCCGGCCGCCgttgtt > 1:670235/1‑239 (MQ=255)
cATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCCGC‑TTTGCCAAAATG‑C‑CCCTGTATTTTGCGGTCGGGGTTGCCCTCGGC‑GTTTCCAATAACGATGGCGTACCCGCCCTGGCCCCCgctgtt > 1:492844/1‑239 (MQ=255)
gttAACCTGAAAAGGTTCGGTAAAGCGCTGATGCGCCCGGTACCCGTCCTGCCTATCGGAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTa < 1:624157/237‑1 (MQ=255)
cTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACAAG‑C‑CCCTGATTTTTGCGATCGGGGTCGCCCTCGGG‑TTTACCAATAACGATGGCCGATCCCCCCTGGCCGCAGTTGTTTcc > 1:523356/1‑236 (MQ=255)
tgaaaagGGTCGGTAAATGGGTGAGTCTGCCGGTGCCCGTTCTGCCTGTGGCAGGTTTTCTGGG‑GGGCGTCGGTTCCGGGAA‑TTTCAGCTGGCGTCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGcatc < 1:951915/236‑1 (MQ=255)
gccaaggtggtggTAAATCGCGGGTGCGCGCGGTATCTGTACTCCCTATCGGTGGTATTGTGGT‑GGGTTTCGGTGCGGGGAA‑TTCCGGTTGGCTGCCCGACGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGcatc < 2:310699/228‑1 (MQ=255)
ttggtaaaccgtttaggtggcCGGTTTCCGTACTGCCTATCGCAGGTTTTTCGCT‑GGGGTTCGGTTCCGCAAA‑TTTCAGCTGGCTTCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTaa < 1:893838/219‑1 (MQ=255)
ggTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTTCAAACATG‑C‑CCCTGATTTTTTCGATCGGTGTCGCCCCCGGC‑TTTTCCAATAACGCAGGCGTATCCCCGCGTGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAAc > 1:367679/1‑239 (MQ=255)
tccttgtgtctgcCGGTTTCCGTTCTGCCTTCCGCGGGTTTTTTGGG‑GGGGGTCGTTCCCGGGAT‑TTTCAGCTGGCGCCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGc < 2:911480/230‑1 (MQ=255)
gttGATGGTGCCGTTACCCGTCCTGCCTATCGAAGGTTTTCTGCT‑GGGCGTTGGTTCCGCAAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGc < 1:946220/235‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCTACCGCGGGTTTTGTGCT‑GGGGGTCGGTACCGCGAA‑TTTCAGCTGGTTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑a < 1:758121/239‑1 (MQ=255)
cgttcgcgcctttgCAGGTTTTCTGGTGGGGCGTCGGTTCCGGAAA‑TTTCAGTTGGCTCCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑a < 1:55316/226‑1 (MQ=255)
tATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTTCCAAAACG‑C‑CACCTATTTTTGCGACCGGTGGCGCCCTCGGC‑TTTTCCAATAAAGATTGCGCATCCCCCCTTGCCCCCCGTGTTTCCCATTGCACCCTGGTTAAAACCCTGGCCGCGGGT‑GCCGCCCCCGT‑ATTGCAtttt > 2:74207/1‑237 (MQ=255)
tcccAGGTTGTCTGGG‑GGGCGTGGGTTCCGGCAA‑TTTCATCGGGATGCCCGCCTTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACct < 1:917888/236‑1 (MQ=255)
cGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGGGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAAAAACGATGGCCTATCCCCGCGTGCCGCAGTTGTTTCCTCTGGCACAACGGTTAAAACCAATGCCGGGGTT‑GCGCCCCCGGG‑ACTCCAATTAAct > 2:837694/1‑238 (MQ=255)
tcagtttttcgcggtgtagccGGTTCCGGTAA‑TTACAGGTGGCGGCCCGCCGTTGTATCGCAGGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACctg < 1:246407/218‑1 (MQ=255)
ttCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTTCGCC‑CTTCTAAACATG‑C‑CACCGCCTTTTTCGCTCGGTGTTGCCCTCGGC‑TTTTCCAATAAAGATGGCCTTTCCGCGCTGGCCCCGGTTGTTGCCCATTGCATCATGGTTAAAACCCTTGCCGGGGTTGGCGCC‑CTGGC‑ACTCCCTTTAACCG‑GTg‑aaaaa > 2:969512/1‑239 (MQ=255)
gct‑gGGCGTCGGTTCGGCGGT‑TTTCAGGTGGCTGCCCGCCGTTTTAACGCATGTTATGGCAGAAGCAGGG‑GGTTCCGGC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCg < 1:699957/239‑1 (MQ=255)
cgggggctgtggtCCGCGAATTTTCAGCTGGCTGCCCGCCTTTGTTTCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCg < 1:1054994/227‑1 (MQ=255)
ggCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGCAGCAGGA‑GGTTCCATC‑CTTGCAAAACAG‑C‑AACAGGTTTTTGCGGTCGGTGACGCGCGCGGC‑TTTACCACTAACGATGGCGTCTCCGCGCTGGCCCGAGTTAGTGTCCATGAGCTCCTGGGTAAAAACATGGAAGTGGAT‑TAGACACTCGT‑ACTGAGTTTACGCT‑CTG‑AAAAAAtacccgt > 2:809471/1‑233 (MQ=255)
ggCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCCCGCGTGCCGCCGGTGTTGCCCTTGGCATCCAGGTTTAAACCAAGGCCCTGGTT‑GCGCCGCCGGTCACTGCTTTAAccgcttaaaaaaaaccccc > 2:392622/1‑222 (MQ=255)
ggCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGCC‑CTTTCCAACAAG‑C‑CCCTGATTTTTGCGAGCCGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTCGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCCTCATGGTTAAAACCACGGCCGGGGGT‑GCGCCCCCGGT‑ACCGCATTTACACG‑CTG‑aaaaaaaacacc > 2:449906/1‑232 (MQ=255)
ttCCGCGCA‑TTTCAGGTGGCTGCCCGCCTTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTT‑GTTGCAAAGATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAacac < 1:502478/238‑1 (MQ=255)
tcccGCAAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAacac < 1:635462/236‑1 (MQ=255)
gggtggctgCCCCGCGTTTTTTCGCATGTTTGGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGATTTTTGCGATCGGGGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTgg < 2:523356/236‑1 (MQ=255)
ggctcCCCGCCTTTTTAGCCCCTGTTTGGGCAGAAGCGGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGATTTTTGCGAGCGGGGTCCGCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTa < 2:628599/239‑1 (MQ=255)
gcgtcccagccgTTGTGTCGCATTTTATGGCAGAAGCTGGC‑GGTCCCTTG‑TTTGCAAACATG‑C‑CTGTGAATTTTGCGATCGGTTTCGGCCTCGTC‑TTTACCAATAACGAGTGCGTCTCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGACGCTAAACACCGGGCGGATACTGGCGTa < 2:6696/231‑1 (MQ=255)
ccgccgTTGTATCGCATGTTAGGGCAGAAGCAGGG‑GGTTCCGTT‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGGTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGa < 1:497926/239‑1 (MQ=255)
ccctcgTTGTAGCGCGTGTAATGGCAGAAGCGGGC‑GGTTCCGTC‑TTGGCAAACATG‑C‑CACGGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑GTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGa < 1:908427/235‑1 (MQ=255)
cccgtgttgttttccttttttgggCAGAAGCGGGG‑GTGTCCGTC‑TTTGAAAACATG‑C‑CACGGATTTTGGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGa < 2:492844/217‑1 (MQ=255)
tttttttCGCTTGTTATGGCAGAAGCGGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAACCATG‑C‑CACTGATTTTTGCGGTCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGAt < 2:959321/233‑1 (MQ=255)
cGCATGTTGTGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTcc < 1:1060390/239‑1 (MQ=255)
cATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTTCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTTCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCCCGCTGGCCg > 2:671172/1‑109 (MQ=255)
cATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCg < 1:671172/109‑1 (MQ=255)
aTGTTTGGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCGAAAATG‑C‑CACTGATTGTGGCGATCGGTTTCGCCCGCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGTAGTTGTGGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACCCCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCGCCGGt < 2:627584/239‑1 (MQ=255)
tATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTTCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTTCGATCGGGGTCGCCCCCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGGGGTT‑TCGCCACCGGT‑ACTGCATTTACCTC‑CTGAAAGAAAT‑GCCCCTTAACACCCGGCGGGTACTTGGGTACTCCGAGGGAGTAttttccgcgcgg > 1:542456/1‑228 (MQ=255)
aTGGCAGAAGGAGGG‑TGTTCCGTT‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTGGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGAt < 2:42957/239‑1 (MQ=255)
tGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAAAGATGGCGTATCCGCGCTTGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGGTAAAACCATGGCCGTGGTT‑TCGCCCCTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCCCCTCTAAAAACCTGGCGGTAACTTGGGTACTCCGAGGGATTATTTCCGGGGCGAt > 1:262212/1‑238 (MQ=255)
aGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACGTG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTGGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCa < 1:74207/238‑1 (MQ=255)
aaGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGATTTTTTCGATCGGGGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAAAGATTGCGGATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCCATGGCATCATGGGTTAAAACATGGCCGGGGGT‑TGGCCCCTGGG‑TATGCGTTTTCCTG‑CCG‑AAGAAAACGCCCCTTAACACCTGGGGGGTACTGGCGTGCTCGGGGGGGGTATCCTCCGTGGGATCGccggg > 2:234605/1‑235 (MQ=255)
gctggggggTTCCTTT‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGGTTTTTGCGATCGGTTTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGt < 2:262212/232‑1 (MQ=255)
gggC‑GGTTCCGTC‑TTCTCAAACTTG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGCCGCCCTCGGC‑TTTACCAAGAACGATGGCTTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTAc < 2:237197/237‑1 (MQ=255)
gC‑GGTTTCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CCCTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTTTCCGCGCTGGCCGCCGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCCAGGCCGGGGGT‑GCGCCCCTGGG‑ACTGCCTTTTCCTGCCTG‑AA‑AAATCGCCTCTCAAAACCCGGCGGGTACTGGGGGACCTCGAGGGATTAATTCCgcggggacacccgcgggcaag > 2:182836/1‑219 (MQ=255)
tCCGTC‑TTTGAAAAAATG‑C‑CCATGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGT‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTa < 1:670566/238‑1 (MQ=255)
tttttGCAAACCTG‑C‑CACTGGTTTTTGGCTTCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTTCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGt < 1:532776/237‑1 (MQ=255)
ggaaaCATG‑A‑CAGTGATTTTTGCGGTCGGTGTCGCCCTAGGC‑TTGACCAATAACGATGGCGTAGCCGCGCTGGCCGCAGTTGGTGCCTATGGCATCATGGTGAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTGACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTa < 1:868029/237‑1 (MQ=255)
c‑cACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGAGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATAGCACCGTACAGGTTTAACCGGTTCTACCGTATTaa > 1:1046108/1‑239 (MQ=255)
|
TGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCT‑GGGCGTCGGTTCCGCGAA‑TTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGC‑GGTTCCGTC‑TTTGCAAACATG‑C‑CACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGC‑TTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTT‑GCGCCACTGGT‑ACTGCATTTACCTG‑CTG‑AAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAA > NC_000913/1157816‑1158284
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
