Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F58 I0 R1
|
54 |
56.9 |
1222162 |
95.8% |
1170831 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
195,286 |
T→A |
20.7% |
intergenic (‑97/‑82) |
USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 20.7%
| 128.1
/ 30.4
| 58 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/13); new base A (5/7); total (38/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.58e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
TCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGA > CP000730/195154‑195423
|
tCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCAATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGGTTTTTATACTCTTTGGAGATCTTTTTTACGGAATTTTATCTTAATTTTTaaaaaaaa > 1:31222/1‑140 (MQ=255)
ttttttaaattGCTACGACAGATTCTTTATTCATAATGATAGCGCGGTATATATATGTTTATTTTCTTATACTCTTTTATTTTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACTTAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAattt > 2:265958/10‑139 (MQ=255)
cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 2:519955/141‑1 (MQ=255)
tAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTTTTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTATTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATTTAAATATTTAAAAAAATATCTTa > 2:60327/1‑141 (MQ=255)
tAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATTTTa > 2:349152/1‑141 (MQ=255)
cTTGCTAAGATAGAATCTTTATCCATAATGATAGCCACCTATATAAATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAatat < 2:499925/141‑1 (MQ=255)
tGCTACGACCAATTCTTTCTCCATAATGATAGCCTCTTAGATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGACTTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATcc < 2:188188/141‑1 (MQ=255)
gCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCt > 2:512312/1‑141 (MQ=255)
cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCtt > 2:508968/1‑141 (MQ=255)
tCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATAATCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 2:481939/141‑1 (MQ=255)
cTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTCAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCATTGTAATCCGATaa > 1:107671/1‑141 (MQ=255)
tATCCATAATTATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGaa < 2:509412/141‑1 (MQ=255)
tATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGaa > 2:538694/1‑141 (MQ=255)
ccATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTGTCTAGATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATta > 1:536124/1‑141 (MQ=255)
tAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAg > 1:404001/1‑141 (MQ=255)
atcccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt < 1:350516/139‑1 (MQ=255)
aGCCCCCTATATCAATGTTTATTTACTTCTACTCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt < 1:582945/141‑1 (MQ=255)
aGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTTTTTTAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTATAATCCGATAAGAATTATAGTattatt > 2:6751/1‑141 (MQ=255)
tatatctcTGTTTTTGTACTTGAATCATAAGATGATTTTTTAAATATTTGAAAATATATTTTACTTATTTTTATCAAAAAAAATAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCaa < 2:106001/141‑1 (MQ=255)
atatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGTTAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCa > 1:345434/1‑141 (MQ=255)
tatatTTTTAGTGACTTATACCCTAACATGAATTTTATACTCTTTGAAAATATAGTTTACAGAATGTTATAAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAt < 2:259552/141‑1 (MQ=255)
tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTg < 1:182441/141‑1 (MQ=255)
tttagttaCTTATACCCTAATATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 2:258584/141‑1 (MQ=255)
atttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagg < 1:82149/141‑1 (MQ=255)
atttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagg < 1:81965/141‑1 (MQ=255)
atttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAGAGTAATATTTTTTAAACCAGTGTTATagg > 1:353919/1‑141 (MQ=255)
tttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagga < 1:302666/141‑1 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg > 2:328940/1‑141 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAACTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggaga > 2:519021/1‑140 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGt < 1:508968/141‑1 (MQ=255)
cttacgcccTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTc < 1:74817/135‑1 (MQ=255)
cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGCATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGtt > 2:447529/1‑140 (MQ=255)
cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAAGATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGCTAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACAATTGTTATAGGAGGTc > 2:186191/1‑141 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt > 1:189421/1‑141 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt > 1:521780/1‑141 (MQ=255)
ataCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtta > 1:567225/1‑141 (MQ=255)
cccTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCAATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTGTAAGACGACttatta > 2:501923/1‑141 (MQ=255)
tAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATg < 2:225057/141‑1 (MQ=255)
aaCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTATTATTAATGa > 1:586083/1‑141 (MQ=255)
aCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGACTTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAc > 2:46029/1‑141 (MQ=255)
aCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAc < 1:223094/141‑1 (MQ=255)
aCATGATTTTTATACACCTTGAAAATAAACTTTACAGAATTTTATCTAAATAATTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAc < 2:20911/141‑1 (MQ=255)
aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTTACTTTTTTTATAGGAAGTCTTATTAATgcaat > 2:33153/1‑137 (MQ=255)
atgtgtagaCTCTTTGAAAGTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGAAATATTCCTTATACCAGTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat > 2:277049/9‑141 (MQ=255)
aTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat > 1:196303/1‑141 (MQ=255)
tttttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGACTTATAGTAATATTTTTTAAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattatt > 2:277330/1‑141 (MQ=255)
tttttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCTTCTTTTGTTATATGAAATCTTATTAATGACattatt > 2:399830/1‑141 (MQ=255)
tttttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattatt < 1:105105/141‑1 (MQ=255)
ttttttttAAAATAAAAGTTACAGAATTTTATTTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTCATCCGATAAGAATTATTTTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGTTCTTATTAATGACATTATTTttattt > 2:461382/5‑140 (MQ=255)
ttGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGc > 1:302888/1‑141 (MQ=255)
aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 2:415168/1‑141 (MQ=255)
atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 2:229447/1‑141 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCACCCATTGTTATAGGAGGGCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc > 1:552558/1‑141 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATAATTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGACTTATAGTAATATTTTTTAAACAATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGATGCTAACAATc > 2:414875/1‑141 (MQ=255)
tatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCt > 2:162375/1‑141 (MQ=255)
tttACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGa > 2:499503/1‑141 (MQ=255)
aTTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTCTTATAGAATGTCTTTTTAATGACATTATTTTTATTAGAAGTCAAACATCTGGATTTTGAAt > 2:228736/1‑141 (MQ=255)
atTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAagaaga > 1:12604/1‑141 (MQ=255)
|
TCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGA > CP000730/195154‑195423
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
