Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F184 I0 R1
|
45 |
69.8 |
1527574 |
94.8% |
1448140 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
195,286 |
T→A |
100% |
intergenic (‑97/‑82) |
USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 100.0%
| 268.4
/ ‑6.5
| 87 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (56/30); minor base C (1/0); total (57/30) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACG > CP000730/195152‑195415
|
tttCTAGTTAAACTTGCCACGCCAGATTCTTCTTCCATAATGATAGCCCCCTTTATATACGTTTCTTTCCTTATACCCTAACCTCATTATTATTCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaaaa < 2:361055/140‑1 (MQ=255)
tAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt > 2:239067/1‑140 (MQ=255)
tAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:417051/140‑1 (MQ=255)
tcTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATca > 2:445419/2‑139 (MQ=255)
gCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCATAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAAATTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATcc > 2:355519/1‑140 (MQ=255)
tCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGAt > 2:122689/1‑140 (MQ=255)
cTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATTTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa > 1:338269/1‑140 (MQ=255)
cTTTATCCATAATGATAGCCAAACTCGTATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa > 1:181544/1‑140 (MQ=255)
tttATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTTTACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTAAAGACTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCAATaa > 2:64637/1‑140 (MQ=255)
tttATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATaa > 1:655862/1‑140 (MQ=255)
tttATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATaa > 2:291277/1‑140 (MQ=255)
ccATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTTCAGAATTTTATTTAAATATTAAAAAAAATATATTAATATACTTGTAAttcattaaaaaat > 2:552468/1‑128 (MQ=255)
cATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATta > 2:241892/1‑140 (MQ=255)
cATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATta > 1:590530/1‑140 (MQ=255)
aTAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:9773/1‑140 (MQ=255)
gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt > 2:88357/1‑140 (MQ=255)
gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAAAATTATAGTAATAtt > 1:102103/1‑140 (MQ=255)
gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATAtt > 1:5316/1‑140 (MQ=255)
ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt > 1:719840/1‑140 (MQ=255)
ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAATATAGTAATAtttt > 1:164014/1‑140 (MQ=255)
ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTATATACTCTTGGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt > 2:124405/1‑140 (MQ=255)
cccTATATCTATGTATATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:368620/140‑1 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTTAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 1:282641/140‑1 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTACAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGACAAGAATTATACTAATAttttt > 1:328917/1‑140 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 1:52682/140‑1 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:701927/140‑1 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 1:242710/140‑1 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACTTAAACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 1:41826/140‑1 (MQ=255)
cccTATAAATATGTTTATATACCTATAACCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCAAAATAATAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:92567/140‑1 (MQ=255)
tcTATTTACATTTTTATTTACTAATACCACTCGATTATTTTTATACTTTTTGAAACTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttttt < 2:604402/139‑1 (MQ=255)
ccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATTATTTTTTTACTCTTTTAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttttt < 1:56428/140‑1 (MQ=255)
ccTATAGATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttttt < 1:449569/140‑1 (MQ=255)
atatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCac > 2:588999/1‑139 (MQ=255)
aatatctGCTTATTTACTTCTACCCTAACTTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTAGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc < 1:163108/139‑1 (MQ=255)
tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAtt > 1:704442/1‑140 (MQ=255)
tGTTTATTTACTTATACCCTTACATGATTTTTATACTCTTTGAAATTATATTTTACAGTATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGt < 1:60533/140‑1 (MQ=255)
ttatttaCTTATACCTTAAATTGATTTTTTTACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 1:341205/140‑1 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTGTaggag > 1:5530/1‑140 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg > 2:621654/1‑140 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTCGTACTCCCATACCAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg > 2:729954/1‑140 (MQ=255)
cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCTGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACAATTGTTATATGAGGt > 1:448820/1‑140 (MQ=255)
cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTAACCATTGTTATAGGAGGt > 2:637175/1‑140 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTCACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACTATTGTTATAGAAGGTc > 2:701642/1‑140 (MQ=255)
ataCTCGAAGATGATTTTTATACGCTTTGAATATATNTTTTACAGTATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGANTTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtt < 2:430091/140‑1 (MQ=255)
ataCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtt > 1:48170/1‑140 (MQ=255)
taCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATAACTTAATATCCTTATAATATGATAGAAAGCATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTTTAGGAGGTCtta > 1:433695/1‑140 (MQ=255)
tAACCTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAAt < 2:271844/140‑1 (MQ=255)
cATGATTTTTATACTCTCTAAATATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTAATAGGAGGTCTTATTAATGAc < 1:392805/140‑1 (MQ=255)
aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATCAGAATTATAGTAATATTTTTTGAACCATTGTTTTAGAAGGTCTTATTAATGACa > 2:417848/1‑140 (MQ=255)
aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACa < 1:707494/140‑1 (MQ=255)
aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGACTTATTAATGaaa > 1:672505/1‑138 (MQ=255)
tGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACAATTGTTCTAGCAGGTGTTATTAATGACat > 1:676481/1‑140 (MQ=255)
aTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatta > 1:7801/1‑140 (MQ=255)
tttttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat > 2:622223/1‑140 (MQ=255)
ttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGTTAAGAATTATAGTAATATTTTTTCATCCATTGTTGTAGGGGGTCTTATTAATGACATTAtttt > 2:577442/1‑140 (MQ=255)
ttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTATTAAATCATTATTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAtttt > 1:206993/1‑140 (MQ=255)
tataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCAAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAttttt < 2:714273/140‑1 (MQ=255)
taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTCAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCTGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATTACATTATTTttat > 2:215347/1‑140 (MQ=255)
taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGTTAAGAATAATAGTAATATTCTTTCCACCATTTTTATAGGAGGTCTTAGTAATTACATTCTTTttat > 2:34514/1‑140 (MQ=255)
taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCTACCATTGTTATAGGAGGGCTTATTAATGACATTATTTttat > 2:605692/1‑140 (MQ=255)
taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTCTTATAGGAGGTCTTATTAATGAGATTATTTttat > 1:758604/1‑140 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTTTTTATTTTTATAAGAAGGCTTATTAATGACATTAtttttttt > 2:705293/1‑140 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTTTTTTAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatt > 1:263453/1‑140 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATACTAATATTCTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTGttatt > 1:561849/1‑140 (MQ=255)
ctctTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAACAAATATATTAATATCATTGTAATCCGATAATAAATATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 1:336854/1‑140 (MQ=255)
tttGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTAACTTTTTTTAAAGAAGGTCTTATTAATGACATTCTTTTTATTAGaa > 2:646079/1‑140 (MQ=255)
aaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTaa > 2:538101/1‑140 (MQ=255)
aaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTaa > 1:118584/1‑140 (MQ=255)
atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAACAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAATATAGTAATATTTTTTAAACCATTGTTATAGGAAGTCTTATTAATGACATTATTTTTAATAGAAGCAAACa > 1:7547/1‑140 (MQ=255)
atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGAAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTaaaa > 1:538675/1‑138 (MQ=255)
atatatTTTACAAAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa < 2:647921/140‑1 (MQ=255)
atatatTTTAAAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa < 2:14698/140‑1 (MQ=255)
tatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa < 1:122689/140‑1 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTCAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGAAAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt > 1:15156/1‑140 (MQ=255)
atTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCt > 1:326386/1‑140 (MQ=255)
tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTg > 2:227754/1‑140 (MQ=255)
tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTg > 2:256440/1‑140 (MQ=255)
tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAAGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTg > 1:9657/1‑140 (MQ=255)
cataaTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:197145/137‑1 (MQ=255)
cAGAATTTTATCTTAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:739259/140‑1 (MQ=255)
cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 2:48170/140‑1 (MQ=255)
cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:114445/140‑1 (MQ=255)
aaGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATTCTTGTAATTCGATAATAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGACTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:25545/139‑1 (MQ=255)
aaTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGc < 2:704442/140‑1 (MQ=255)
ttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCa > 1:273461/1‑140 (MQ=255)
aTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGGTAAGAATTTTAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAAAAATCTTGATTTTGCATCAAc > 1:401235/1‑140 (MQ=255)
tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACg < 2:719840/140‑1 (MQ=255)
tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACg < 1:124405/140‑1 (MQ=255)
|
TTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACG > CP000730/195152‑195415
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
