Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F67 I0 R1
|
51 |
74.6 |
1619566 |
95.7% |
1549924 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
195,286 |
T→A |
100% |
intergenic (‑97/‑82) |
USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 100.0%
| 273.4
/ NA
| 83 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (33/50); total (33/50) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGA > CP000730/195148‑195416
|
tttGTTTCTAGCTAGACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCACCTCTATATATGTTTATTTACTTATACTCTAACATGATTTTTATACTCTTTGATAATATAGTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaa > 2:645702/1‑141 (MQ=255)
tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTCTACTCTTTGATAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAaaaa > 1:148965/1‑141 (MQ=255)
tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATACATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAaaaa > 1:559584/1‑141 (MQ=255)
tGTTCCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAaaaa > 1:325353/1‑141 (MQ=255)
tCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAat > 1:301881/1‑141 (MQ=255)
ttAGTTAAACTTGTTTAGACAGATTTTTTATTCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATGTACTTATACCCTAAAATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAAAATTAAAAAAAata < 2:58592/140‑1 (MQ=255)
ttAGCTTAATTTGCTACGACAGATTCTTTAAAAAAAATGATAGCTCTCTATATATATGTTTGTTTGCTTATACGTTAGCATGATTTTTATGTTATTTGAAATTATATTTTACATTTTTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAata < 2:338447/140‑1 (MQ=255)
cTAGCTAAACTTGCTACGACATATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATTTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAata < 1:165429/141‑1 (MQ=255)
cTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAata < 1:149719/141‑1 (MQ=255)
cTAGCTAAACTCTACACCAGAGATTCTTTATCCATGACGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACCTATACCCCAACTTGATTTTCATCCTCTTTGAACATATATTTTTCAGAATTTCATCTAAATATTAAAAAAActa < 2:196435/141‑1 (MQ=255)
cTTGCTACGACAGATAACTTATCAATTTAAATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAatat > 1:393694/1‑141 (MQ=255)
gCTACGACAGTTTCCTTATACATAATGATAGACCTCTATATAGATGTTTGTCTACTTGCACCCTACGATTATTCTTATACTCTTTGAATATATGTTTTACAGGAGTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCt < 2:271196/141‑1 (MQ=255)
gCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCt > 2:533246/1‑141 (MQ=255)
aCATATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt < 2:335490/141‑1 (MQ=255)
aCAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATTGTTACTTAATTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt < 2:272638/141‑1 (MQ=255)
aCAGATTCTTTACCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt < 2:537098/141‑1 (MQ=255)
tattttTCCATAATGCAAGTCACTTATATTTTTGCTTATCTATTTATTCCCCAACATTATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTATTATCCTTGTAATCCGATa < 2:631522/139‑1 (MQ=255)
tCTTTATCCATAAGTGTAGCCCCTTATATATATGTTTATTTACGTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 2:426935/141‑1 (MQ=255)
tCTTGATCCATAAGGATCGCCCCCTATATATATGGTTATGTACGTATACCCTATCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTCCAGAATTTTATCTAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 2:427311/141‑1 (MQ=255)
tCTGTATCCATGATGATAGCTCTCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 2:629544/141‑1 (MQ=255)
cactattaTAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACGCTAACATGATTTTTTGACCCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtat < 2:605399/134‑1 (MQ=255)
caaaaTGATAGCCTCCTATTTATATGTTTATTTACGTATACCCTAACATGATTTTTATAGTTTTTGAAAATATATTTTACAGTATTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtat < 2:436807/138‑1 (MQ=255)
cATAATAAAAGCTCCCTATATATATGTTTATGTACATATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGTATTTTATCTAAATAAAAAAAAAAATATGTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGACTtat < 2:492267/141‑1 (MQ=255)
tattaTAGCCCCCTATATATATGTTTTTTTACTTATATCCTAACATTATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGt < 2:284036/137‑1 (MQ=255)
aaTGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGt > 2:360661/1‑141 (MQ=255)
accccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt < 1:83997/139‑1 (MQ=255)
aGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt < 1:13870/141‑1 (MQ=255)
cccTATATATATTTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAACAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGCTACGAATTATAGTAATAtttttt < 2:575523/141‑1 (MQ=255)
ccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTc < 1:444721/141‑1 (MQ=255)
cTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCa < 1:76920/141‑1 (MQ=255)
cTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCa > 1:357042/1‑141 (MQ=255)
cTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTATAATCCGTTAAGAATTATAGAAATATTTTTTCa > 1:99712/1‑141 (MQ=255)
tatatataTGTTTATTTACTTATCCCCTAACATGATTTTTATACGTTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTTATCCGATACGAATTATAGTAATATTTTTTCaa < 1:315556/141‑1 (MQ=255)
atatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc > 2:682628/1‑141 (MQ=255)
tataaatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTATTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATAATAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAcc < 2:666100/141‑1 (MQ=255)
tatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAt < 1:360661/141‑1 (MQ=255)
tatggTTTA‑TTACTTTTCACCTCACATGATTTTTATACTCTTTGAACATATATCTTACACAATTTTATCTAAATATTAAAACAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGCTAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTg < 1:74599/137‑1 (MQ=255)
tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTg < 1:708593/141‑1 (MQ=255)
tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTg < 1:615719/141‑1 (MQ=255)
tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTg > 2:678367/1‑141 (MQ=255)
gTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTta < 1:499509/141‑1 (MQ=255)
tttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 1:474244/141‑1 (MQ=255)
tttatttaCTTACACCCTAAAATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 2:236950/141‑1 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg > 2:332645/1‑141 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg < 1:305022/141‑1 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg < 1:82568/141‑1 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTCTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCTTTGTTATAGGAGGt > 1:85172/1‑141 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTCATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACAATTGTTATAGGAGGt > 2:341642/1‑141 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGt < 1:332645/141‑1 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGt < 1:409795/141‑1 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACACTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATATAAATAATAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGt < 2:151407/141‑1 (MQ=255)
cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATGTCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGtt > 2:532609/1‑140 (MQ=255)
cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTc > 1:723215/1‑141 (MQ=255)
tcatctgctacctGATTCTTATACTCTTTGAAAATATTTTCTCCCTTTTTTTATCTAAAAATTAAAAACAATATCTTAATATCCTTGTAATCCCATAAGAATTATCGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtt < 2:354675/129‑1 (MQ=255)
aCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCttatt > 2:785222/1‑141 (MQ=255)
aCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCttatt < 2:621063/141‑1 (MQ=255)
aCCCTAAAATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATATAACTATTAAAAAAAATATTTTTATAACCTACAATGCCAACAAGAATGATAAGAATATTTTTTCAACCATTGTTAAaggagtgctgata > 2:569978/1‑133 (MQ=255)
aaCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAACAAATATCTTAATATCCTTGTATTCCGATGAGAATCATTTGAATATTTTGTCGTCGTGTTTTATAGTAGGTCttatttatta > 1:772419/1‑139 (MQ=255)
aaCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTGTTAATGa > 1:175649/1‑141 (MQ=255)
cATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACa > 1:605448/1‑141 (MQ=255)
gATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatta > 1:427061/1‑141 (MQ=255)
gATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatta > 2:214835/1‑141 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 1:467452/1‑141 (MQ=255)
ctctTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAg < 2:660081/141‑1 (MQ=255)
tttGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTATTCTTTTTTATAGGAGAACTGATTTATGATatttattaattaggagg > 2:727684/1‑127 (MQ=255)
tttGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAg < 1:625175/141‑1 (MQ=255)
tttGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACAATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAAATTTTTTTTATTAGAAg > 2:163434/1‑141 (MQ=255)
aaaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTaa > 2:462085/1‑141 (MQ=255)
aaaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAATAATATTTTTTCAACAGATGATTTACGAGAGTTTATTAATGACATTCTTTTTATTAGAAACTag > 2:246524/1‑140 (MQ=255)
aaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAAc < 1:409618/141‑1 (MQ=255)
aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTCATCCGCTAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGCCATTATTTTTATTAGAAGCTACCa > 1:364554/1‑141 (MQ=255)
aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 2:207305/1‑141 (MQ=255)
tatatTTTACATAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAAGATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 1:127454/141‑1 (MQ=255)
tatatTCTACAGACTTATATCTAATTATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCACCCCTTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 1:212105/141‑1 (MQ=255)
atatTTTACATAATTTTAACTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 2:176400/141‑1 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 2:148965/141‑1 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 2:325353/141‑1 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 2:559584/141‑1 (MQ=255)
ataaTTTACAGAAATTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 2:783491/141‑1 (MQ=255)
caccccagttaaTCTCACTATTAAAAAAAAGATCTTAATATCCTTGTGAGTCTATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtt < 2:156778/130‑1 (MQ=255)
aTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGAAGGTTGCATGTATGACATTATTTTTATTATAAGCTAACAATCTTGATTTTGCAt > 1:585073/1‑141 (MQ=255)
aTTTTATCTAAATAATAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATACGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCAt > 1:424660/1‑141 (MQ=255)
tttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCa < 2:553827/141‑1 (MQ=255)
tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGa > 1:16951/1‑141 (MQ=255)
|
TTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGA > CP000730/195148‑195416
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
