Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R1
|
85 |
107.7 |
2387914 |
93.1% |
2223147 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
41,171 |
T→C |
8.0% |
intergenic (‑38/‑134) |
mecA ← / → mecR1 |
penicillin binding protein 2 prime/methicillin resistance regulatory protein MecR1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 41,171 | 0 | T | C | 8.0%
| 346.3
/ 16.0
| 113 | intergenic (‑38/‑134) | mecA/mecR1 | penicillin binding protein 2 prime/methicillin resistance regulatory protein MecR1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/57); new base C (5/4); total (52/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGCTC > CP000730/41032‑41310
|
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aaTAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATAtt < 2:863285/141‑1 (MQ=255)
aaTAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTCTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATAtt < 1:107257/141‑1 (MQ=255)
aTAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTa < 1:579077/141‑1 (MQ=255)
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tAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAATAtactac < 1:1057349/141‑1 (MQ=255)
ttatgactaATGTCTTTATCCTGTAAATCATAAAAATATATACCAAACCCTACAACTACAACAATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCGTTTTCATCAAAATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACaa < 2:827580/134‑1 (MQ=255)
tattatTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACaaa > 1:1669/1‑141 (MQ=255)
tattaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATgt < 1:359007/141‑1 (MQ=255)
tattaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATgt < 2:638870/141‑1 (MQ=255)
tattaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATgt < 2:665055/141‑1 (MQ=255)
tattaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGAATACATTTGTAGTATATTACAAATgt > 1:343564/1‑141 (MQ=255)
ttaATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATgtag > 1:23863/1‑141 (MQ=255)
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ttCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCAGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATTTTCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTAttt < 1:986871/141‑1 (MQ=255)
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ttATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGt < 1:196700/141‑1 (MQ=255)
tCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCaa > 1:980330/1‑141 (MQ=255)
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gCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGtt < 2:551969/141‑1 (MQ=255)
gCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGtt > 2:842344/1‑141 (MQ=255)
aTAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTtat < 2:815710/141‑1 (MQ=255)
aTAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTtat < 2:111017/141‑1 (MQ=255)
aTAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTtat < 2:230743/141‑1 (MQ=255)
aTAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTtat > 1:166806/1‑141 (MQ=255)
tAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGCCAAAATAATGTtata < 2:400014/141‑1 (MQ=255)
aaTATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATTAATATTCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAATATTATGTTATAAttt > 2:451475/1‑141 (MQ=255)
tataACAAACACGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAAAAAAAAAAAAAAAATAATGTTATAATTTTtgt < 2:972253/141‑1 (MQ=255)
ataCCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTtgtg > 2:51195/1‑141 (MQ=255)
taCCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGa < 1:1094979/141‑1 (MQ=255)
aCCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGat > 2:187456/1‑141 (MQ=255)
aaaCCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATg < 2:232389/141‑1 (MQ=255)
aaaCCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATg < 1:715312/141‑1 (MQ=255)
aCCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGa < 1:444192/141‑1 (MQ=255)
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cccGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAg < 1:743385/141‑1 (MQ=255)
cccGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAg < 2:642342/141‑1 (MQ=255)
gACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGgtg > 2:1157518/1‑141 (MQ=255)
acaactacaactATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCTTCTATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGgtgt > 2:546134/1‑141 (MQ=255)
aactacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAg < 1:44186/141‑1 (MQ=255)
aactacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAg < 2:1156811/141‑1 (MQ=255)
aactacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAg < 2:566459/141‑1 (MQ=255)
ctacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGaa < 1:466941/141‑1 (MQ=255)
tacaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAg < 2:267411/141‑1 (MQ=255)
acaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGatat > 2:1135360/1‑127 (MQ=255)
acaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGatat < 1:1135360/127‑1 (MQ=255)
acaactaTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAgg > 2:416265/1‑141 (MQ=255)
aTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTat > 2:467715/1‑141 (MQ=255)
aTTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTat < 1:51195/141‑1 (MQ=255)
aaaaTAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTatcat > 1:820964/1‑141 (MQ=255)
aTAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtt < 2:127116/141‑1 (MQ=255)
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aGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACTTTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCttttt < 2:1030803/141‑1 (MQ=255)
aGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCttttt > 1:1176971/1‑141 (MQ=255)
aGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCttttt < 2:711498/141‑1 (MQ=255)
gTGGAACAATTTTTTTTTTTTTTTTCAATATACTACTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGTGTTGTAGTTGGTGTTATCATCtttttt > 2:96039/1‑141 (MQ=255)
gTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtttttt < 2:569020/141‑1 (MQ=255)
gTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtttttt > 2:1141773/1‑141 (MQ=255)
gTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtttttt > 1:469785/1‑141 (MQ=255)
gTGGAACAATTTTTAACTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCtttttt < 1:992600/141‑1 (MQ=255)
tGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAACTGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTa < 1:570868/141‑1 (MQ=255)
aaCAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATg > 1:148765/1‑141 (MQ=255)
aaCAATGTTTATCTTTTTCATCAAGATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTctcacccctcttaagg > 2:345468/1‑129 (MQ=255)
aCAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGt > 1:534981/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTa > 2:531349/1‑141 (MQ=255)
tttttATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAg > 1:1015272/1‑141 (MQ=255)
ttATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGtat < 2:1039249/141‑1 (MQ=255)
tCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAAt > 1:768727/1‑141 (MQ=255)
tttCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGt < 1:207764/141‑1 (MQ=255)
ttCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGtt > 2:1042764/1‑141 (MQ=255)
tcatcaATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTc > 1:356981/1‑141 (MQ=255)
tcaATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCAtt > 1:398567/1‑141 (MQ=255)
aaTATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTTAACTTTTTCAGTTCATTGc > 1:665046/1‑141 (MQ=255)
ttttaCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAACTAATGTTATAATTTTTTTGATATGGTGTTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCt > 2:963055/4‑141 (MQ=255)
tataCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTc < 1:638962/141‑1 (MQ=255)
atataAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATAtgtg > 1:639434/1‑141 (MQ=255)
atataAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATAtgtg < 1:585640/141‑1 (MQ=255)
ataAGACTACATTTGGAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGATAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTa < 1:990055/141‑1 (MQ=255)
taAGACTACATTTGTAGTATATTACACATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTaa < 1:1125838/141‑1 (MQ=255)
aaataCTACATTTGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTaa > 1:1008038/5‑141 (MQ=255)
gACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAAttt < 1:735094/141‑1 (MQ=255)
aCTACATTTGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAAtttt > 2:861679/1‑141 (MQ=255)
tACATTTGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAAtttttt > 1:374709/1‑141 (MQ=255)
tttGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCACAATAATGTTGTGATTTTTGTGATATGGGGTGGTAGAAGGTGGTATCATCTTTTTTAGTGTTAAGTATACTCAGGTCATGGCTCACGGTATGTGTGGTTTTTTTAGt < 2:96246/141‑1 (MQ=255)
tttGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGt < 2:634849/141‑1 (MQ=255)
tttGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGt > 2:805240/1‑141 (MQ=255)
tGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga < 2:23863/141‑1 (MQ=255)
tGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga > 1:502069/1‑141 (MQ=255)
tGTAGGATATTAAAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATTTTATAATTTTTGTGATATTGAAGTGGAGAAGGTGTTAATAACTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga < 2:917863/141‑1 (MQ=255)
tGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga > 2:1031577/1‑141 (MQ=255)
aatataCTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGaa > 2:504329/3‑141 (MQ=255)
tatTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGct > 1:307238/1‑141 (MQ=255)
tatTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGct > 1:141272/1‑141 (MQ=255)
atTACAAATGTATTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGctc < 2:343564/141‑1 (MQ=255)
atTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGctc < 2:696371/141‑1 (MQ=255)
|
AATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGCTC > CP000730/41032‑41310
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
