Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F59 I0 R1
|
75 |
33.7 |
751148 |
92.2% |
692558 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
36,378 |
C→T |
80.9% |
L58L (TTG→TTA) |
tpn ← |
IS431mec transposase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 36,378 | 0 | C | T | 80.9%
| 365.3
/ 97.1
| 250 | L58L (TTG→TTA) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/20); new base T (117/81); total (149/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.70e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATC > CP000730/36240‑36518
|
cAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCTCAATTTGATATaa > 2:315023/1‑141 (MQ=255)
aCCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTTCCTTACCTTGGTATTGTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATaaaa < 1:85912/141‑1 (MQ=11)
aCCAAATATCTAATGTATGTCCCTAAAAATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATaaaa > 2:171190/1‑141 (MQ=11)
aaTATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTgg < 1:294986/141‑1 (MQ=255)
aaTATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTACCAAATTTGATATAAAATTgg > 1:201462/1‑141 (MQ=255)
tatCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTgggg > 2:367714/1‑141 (MQ=255)
atCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGc < 1:344917/141‑1 (MQ=255)
tCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCa > 2:131510/1‑141 (MQ=255)
cTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCat < 1:336716/141‑1 (MQ=255)
tAATGTCTGGCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCata < 2:265763/141‑1 (MQ=11)
atgtatgtCCCTCTGTATCAATGGCACGCTATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATATTGATATACGTCTCATCAATACGCCAATTGTAATAAGCTTCTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGTTATAAAATTGTGGAatcct > 2:235197/1‑138 (MQ=11)
gtatgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTTTCATCAATACTCAATTTGTAATAAGCTGTTTTATTCTTTTTCTTCCAAATTTGATAGAAAATTGAGGCATATTCt > 1:283246/1‑141 (MQ=11)
atgtCCCTCTGCATCAATGGCACGATATCAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTGTGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTg < 1:210529/141‑1 (MQ=255)
tgtCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGa > 2:260038/1‑141 (MQ=25)
tCCCTCTGCATCGATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTTCGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTCTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAc > 1:263784/1‑141 (MQ=255)
tCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATATACTTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCACATTTGATATAAAATTTGGGCATATTCTTGAAc > 2:146869/1‑141 (MQ=11)
cccTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAcc > 2:339983/1‑141 (MQ=255)
tctGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGCTATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCaa > 2:341770/1‑141 (MQ=21)
gtaTCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACgg > 2:195149/3‑141 (MQ=255)
gCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACgg < 1:131510/141‑1 (MQ=40)
gCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTCTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTCATATAAAGTTGGGGCTTCTTATTGAGCCCAActg > 1:279851/1‑139 (MQ=11)
tCAATGGTATAATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTGGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAg < 2:304752/141‑1 (MQ=11)
cAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGa < 2:299378/141‑1 (MQ=18)
cAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGa < 1:259645/141‑1 (MQ=25)
cAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCAGATTCTTGATCCCAACGGTAGa < 1:193517/141‑1 (MQ=255)
tGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCg < 1:318072/141‑1 (MQ=40)
ggCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTCATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCCACGGTCGACCGt > 2:356164/1‑141 (MQ=255)
gaaCGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTAATGTACGTCTCACCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGtt < 1:290660/139‑1 (MQ=255)
aCGATATAAATAGCTCCATTTTCCTATTATTCTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGa < 1:101474/141‑1 (MQ=11)
aCGATATAAATAGCTCCATTCTCCTTTTATTTTGCTGTACGTCTGATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATACTCTTGAACCCTACGGTAGACCGTTGa > 1:226587/1‑141 (MQ=14)
cGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGaa > 1:372491/1‑141 (MQ=255)
cGATATAAATAGCTCCATCATGGCGATATGTTTATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTCAACCCAACGGTAGACCGTTGaa > 1:89602/1‑141 (MQ=11)
ataAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAatgat > 1:55965/1‑141 (MQ=21)
taAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCCCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAatgatg < 1:12297/141‑1 (MQ=21)
taAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAatgatg > 2:273290/1‑141 (MQ=255)
aaaTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGGAGACCGTTGAAtgatga > 2:331334/1‑141 (MQ=255)
aaaTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAAtgatga > 1:266406/1‑141 (MQ=255)
aaaTAGCTCCATTTTCCCTTTCTTTTGATATCCGTCTCATCAATACACCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAACTTTGAAATAAAATTGGGCCCAATTCTTGACCCCAACGTTAGACCGCTCAatgatca > 2:76587/1‑139 (MQ=11)
aaTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTAATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGCTCCAAAATTGGGGCATATTCTTTAACCCAACGGTAGACCGTTTAATGATGaa > 2:128040/1‑141 (MQ=14)
aTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAAc < 2:249376/141‑1 (MQ=255)
aTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAAc < 2:177785/141‑1 (MQ=255)
gCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGtt > 1:189418/1‑141 (MQ=255)
cATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTTATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTgca > 2:84621/1‑141 (MQ=255)
cATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTaca > 1:83311/1‑141 (MQ=255)
cATGTTCCTGTTAGTTTGATATCCGTGCCATCAATACTCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAACTTTGATATAAAATTGTGGCATATTCTTGAACCCAACTGTAGATCGTTGCATGATGAACGTTTaca < 1:131168/141‑1 (MQ=11)
aTTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTacac < 2:219345/141‑1 (MQ=18)
aTTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTaccc > 2:51543/1‑139 (MQ=255)
ttttCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTAcacc > 1:67842/1‑141 (MQ=40)
ttttCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAcacc < 2:292805/141‑1 (MQ=255)
tttCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAAAGTTTAcacca > 2:115596/1‑141 (MQ=255)
ttCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAcaccac < 1:38257/141‑1 (MQ=255)
ttCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAcacaac > 2:11281/1‑141 (MQ=255)
tgattttATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACACAACGGTAGATAGTTGAATGATGAACGTTTacacaaag > 2:371443/4‑137 (MQ=11)
tCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTGATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAGCCACAGGTAGATCGTTGCATGATGCACGTTATCACCACg > 1:115135/1‑141 (MQ=11)
ccTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAACATTGGGGCATATTCTTGAACCCACCTGTAGACCGTTTGATGATGAACGTTTAGACCACGt > 1:504/1‑141 (MQ=11)
ccTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATCTTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGt > 2:59433/1‑141 (MQ=255)
ccTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCACCGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACAACGt > 2:298021/1‑141 (MQ=11)
cTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGtt > 1:240464/1‑141 (MQ=21)
cTTTTATTTTGATGTACGTCCCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGtt < 1:93491/141‑1 (MQ=255)
cTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTAAGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTAAACCCAACGGGAGATCGTTAAAGGATAAACGTTTacacgccagt > 2:322694/1‑135 (MQ=11)
cTTTTATTTAGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTCTCTTCCAATTCTGATACAAAATTTGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTACATCGTTGAATGATGAACATTTACACCCCgct > 2:132947/1‑139 (MQ=14)
ttttATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTGATAAGCTGTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTGGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTc > 1:219283/1‑141 (MQ=11)
ttATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCCCGTTctc > 1:171932/1‑139 (MQ=11)
ttACTTTGAAATACGTCTCATAAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTctc < 1:66785/141‑3 (MQ=11)
tttGATATACGTCTCATCAATACGTCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTaa < 1:173595/141‑1 (MQ=11)
ttGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAat < 2:308586/141‑1 (MQ=255)
gatatACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTGCTCTTAatat > 2:69032/5‑141 (MQ=11)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAatat < 1:106950/141‑1 (MQ=25)
atACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTc < 1:140847/140‑1 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATGAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTGGATATAAAATTGGGGGATATTCTTGAACTCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGCTCCCTTAATAtttaa > 2:50631/1‑139 (MQ=11)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAGCGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCa < 1:273290/141‑1 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTCCACCACGTTCCCTTAATCtttaa > 2:294800/1‑139 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACGCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCa < 1:248395/141‑1 (MQ=255)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACTGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCa < 2:269726/141‑1 (MQ=255)
tACGGCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCa < 1:199001/141‑1 (MQ=255)
tcatatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAACCCAAGGTAGATCGTTGAATGATGAAAGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGata < 1:39281/137‑1 (MQ=11)
atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTTTTCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCCCGTTCCCTTAATGTTTCAGATCTATc > 2:120829/1‑141 (MQ=11)
atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATc > 2:223690/1‑141 (MQ=25)
atcaATACGCCATTTCTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATc > 1:276651/1‑141 (MQ=255)
tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATcc > 1:2129/1‑140 (MQ=25)
tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCa < 2:63236/141‑1 (MQ=40)
caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCAc > 1:239567/1‑141 (MQ=25)
aaTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACg < 1:346515/141‑1 (MQ=255)
aaTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACg < 2:213549/141‑1 (MQ=40)
aaaCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGa < 1:154379/139‑1 (MQ=21)
aTACGCCATTTTTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACACAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGa < 2:234889/141‑1 (MQ=255)
ttcGCCATTTGGAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAGATTCGATATAAAATGGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGGTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGAt < 1:329425/139‑1 (MQ=11)
tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGAt > 1:303206/1‑141 (MQ=21)
aCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATa < 2:153596/141‑1 (MQ=255)
ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACt > 1:305753/1‑141 (MQ=21)
acATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGGTCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATGTCAGATATATCACGATAGCt > 2:343402/2‑141 (MQ=11)
tttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCaa < 2:329041/141‑1 (MQ=11)
tttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCaa > 1:363028/1‑141 (MQ=11)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATg < 2:122848/141‑1 (MQ=255)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCCGATATATCACGATAAATCAATg > 2:10449/1‑141 (MQ=255)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATg > 1:370347/1‑141 (MQ=40)
taataaGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGta < 2:199253/141‑1 (MQ=40)
ttttttATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACCGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAg > 2:208074/1‑141 (MQ=37)
ttcttcCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCGTAGATAGTAGCCAACg < 2:127356/141‑1 (MQ=25)
tcCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTa > 2:252134/1‑141 (MQ=35)
|
CAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATC > CP000730/36240‑36518
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
