Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F20 I0 R1
|
92 |
76.5 |
1681216 |
93.1% |
1565212 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
36,378 |
C→T |
87.8% |
L58L (TTG→TTA) |
tpn ← |
IS431mec transposase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 36,378 | 0 | C | T | 87.8%
| 1259.5
/ 168.7
| 696 | L58L (TTG→TTA) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/45); new base T (301/300); total (349/347) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.57e-01 |
Only 100 of 697 total aligned reads displayed.
CGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACAT > CP000730/36238‑36517
|
cGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTACATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATAGTTTTTTTTCCAATTTTGCTAc > 2:27951/1‑141 (MQ=14)
aagcatatctctgctgtatgtCCCTCGGTAGCTATGGTACGATATAAATATCTCCATGTGCGTTTTATTTTGATATACGTCTTATACATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTGTTCGTCGAAATTTGATATaaa < 2:683479/127‑1 (MQ=255)
ccAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAAt > 2:651204/1‑141 (MQ=38)
cAAATATCTAATCTATTTCCCTCTGTATCAATGGCACTATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAAtt < 2:128081/141‑1 (MQ=11)
aaTATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATTTAAAATTgg > 2:340847/1‑141 (MQ=255)
aaTATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATAAGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTAAGCTTATTCTTCAAAATTTGATATAAAATCgg > 1:60341/1‑141 (MQ=11)
atatCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTGTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTggg > 2:752049/1‑141 (MQ=255)
tatCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTAATTTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTgggg < 1:819935/141‑1 (MQ=11)
tatCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTgggg < 2:743018/141‑1 (MQ=38)
tatCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTgggg < 2:503410/141‑1 (MQ=25)
cTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCat < 1:142288/141‑1 (MQ=255)
cTAATGTATGTCCCTCTGTATCAAGGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTCTTGTTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCCTTTTTAGGCTTTTTCTTCCAAGTTGGAAGTAAAATAggggaaa > 1:611959/1‑138 (MQ=11)
agtatttttgtCCCTCTGCAGCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTGCGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCat < 2:623037/133‑1 (MQ=255)
tAATCTATGCCCCTCTGCTTCAATGGCACGATATAAATTGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCata < 1:195362/141‑1 (MQ=11)
atgtatgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATAtt > 2:418121/1‑141 (MQ=255)
atgtatgtCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATAtt > 1:566070/1‑141 (MQ=38)
tgtttgtCCCTCTGTATCAATGGTACGATATAAATAGCTCCGTTTTCCTTTTATTTTGATTTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTc < 1:799794/141‑1 (MQ=11)
gtatgtCCCTCTGCATCAATGGGACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAACACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCt < 2:607012/141‑1 (MQ=255)
atgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTg > 2:389491/1‑141 (MQ=255)
tgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCTTTTCGCCATTTTTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATTTTAAATTGGGGCATttttttta > 1:41909/1‑139 (MQ=11)
tCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTTATACAAAATTGGGGCATATTCTTTAAc > 1:484022/1‑141 (MQ=255)
ccTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAccc > 2:596029/1‑141 (MQ=255)
tctGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCAGTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCCTATCCTTGAACCCac > 2:447051/1‑140 (MQ=11)
ttaTCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACgg < 2:771136/139‑1 (MQ=16)
taTCAATGTCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTGTTGAACCCAACGGt > 1:329239/2‑141 (MQ=255)
aTCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATGTTCTTGGAACAAACGGTa > 1:455592/1‑141 (MQ=11)
tCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTaa > 1:301816/1‑140 (MQ=21)
cAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATGCTTGAACCCAACGGTAGa > 1:33660/1‑141 (MQ=255)
gCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTAGGGCATTATCTTGAACCCAACTGTAGATCGtt > 2:569222/1‑141 (MQ=11)
cACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTg > 1:247341/1‑141 (MQ=21)
cACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTg < 2:832962/141‑1 (MQ=255)
aCGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGa > 2:327384/1‑141 (MQ=255)
cGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGaa > 1:361299/1‑141 (MQ=21)
cGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGaa > 1:635915/1‑141 (MQ=255)
atatAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAatg > 1:442796/1‑141 (MQ=255)
ataAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTAGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAatgat > 1:87465/1‑141 (MQ=21)
aaaTATCTCCATTTTCCTTTCATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATCCTCTTTCTTCCACATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAAtgatga < 2:176/141‑1 (MQ=11)
aaaTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATACTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGGATATTATTGAACCCAACGGTAGTTCGTTGTatgatta > 2:462788/1‑139 (MQ=11)
aTAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAAc < 1:764026/141‑1 (MQ=40)
tAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTGTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGGTTTTTTATGCTTTTTCTTTCAAATTTGATATAAAATTGGTGCATATTCTTGAACCCACCGGTAGACCGTTGAATGATGAACg > 2:48185/1‑141 (MQ=11)
aGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGt > 2:291076/1‑141 (MQ=255)
tCCATTTTTCTTTTTTTTTGACATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGCTAGTTGAATGATGAACGTTTa < 2:348410/141‑1 (MQ=11)
ttttCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATTCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTAcacc > 2:637837/1‑141 (MQ=25)
ttttCCTTTCTTTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAcacc < 1:260001/141‑1 (MQ=11)
ttCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTAcaccac > 1:42754/1‑141 (MQ=21)
ttCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTAcaccac < 2:586327/141‑1 (MQ=40)
ttCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATGTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAcaccac < 2:513502/141‑1 (MQ=255)
tCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGATGAATGATGAACGTTTACACCACg < 1:532985/141‑1 (MQ=21)
ccTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGt < 1:168598/141‑1 (MQ=18)
cTTTTGTTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAACTTGATATACAATTGAGTCATATGCTTGAACCCAACGGTAGATAGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGtt < 1:158742/141‑1 (MQ=11)
cTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCGTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGtc > 1:576039/1‑140 (MQ=9)
cTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTGCCAAATTTGACATAAAATTGGGGCTTATTCTTGAACCCAACGGTGGATCGTTGAATGATGAACGTGTACACCACGtt > 1:703008/1‑141 (MQ=11)
cTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAAGAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGtt < 1:102679/141‑1 (MQ=255)
cTTTTATTTTGATATACGTCCCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTATTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGCTAGATCGATGAATGATGATCGTTTACACCACGtt > 1:508548/1‑141 (MQ=11)
tttATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTcc > 1:677631/1‑141 (MQ=21)
ttATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTAGTCTTGTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGTATGATGAACGTTTACACCACGTTctc > 2:549957/1‑139 (MQ=11)
tATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTTTTTAACCCAACGGGAGATCGTTGAATGATGAAAGTTTacacaccggtctct > 2:664437/1‑131 (MQ=11)
tATGTTGATATACGTCTCATCCATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTCTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTctct < 1:737699/141‑4 (MQ=11)
tttttGATGTACGTCTAATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGACATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCtt < 1:18061/140‑1 (MQ=255)
tttttGATATACGTCCCATCAATCCGCCATTTGGAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAATGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCtt < 2:149075/140‑1 (MQ=11)
ttttGATTGACGTCGCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACCAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTa < 1:207852/141‑1 (MQ=255)
tttGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTGCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGATCCCTTCGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTaa < 1:827755/141‑1 (MQ=11)
tttCATTTACGTCTCATCAATAAGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACGCCACGTTCTCTTaa < 1:548021/141‑1 (MQ=11)
ttagATGTACGTCTGATCAGTACGCCTTTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTCCCTTCAACTTTGATGTAGATGGGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTaa < 2:90468/138‑1 (MQ=11)
gATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAatat < 1:714176/141‑1 (MQ=21)
gATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCCTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACAACGTTCTCTTAatat > 1:78220/1‑141 (MQ=11)
atatACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGATCTCTTAATAtt > 1:691497/4‑141 (MQ=11)
gTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTc < 1:39031/141‑1 (MQ=21)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGGACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCa > 1:465081/1‑141 (MQ=18)
tACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGATCCCTTAATATTTCa > 1:51341/1‑141 (MQ=21)
ttttttcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATTTTTTTTAACCCTACGGTAGACCGTTGAATTATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTACTATTTAAg > 2:535818/6‑141 (MQ=11)
aCGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATACTTTTTCATCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTCCACCCAGTTCCCTTAATATTTCaa > 2:524403/1‑140 (MQ=11)
cGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGa > 2:696396/1‑141 (MQ=21)
tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTCGATGGCTGCATGATGAACGTTTACCACACCTTATCTTACTATTACAgcacat > 2:730884/1‑136 (MQ=11)
atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCCAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATAGTTGAATTATGAACGTTTACACCACGGTCTCTTAATATTTTAGatatata > 2:105160/1‑140 (MQ=11)
tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTAGACTACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCa > 1:375561/1‑141 (MQ=11)
tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCa > 1:666001/1‑141 (MQ=255)
tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATAAATCa > 2:203214/1‑141 (MQ=255)
tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCa > 2:136086/1‑141 (MQ=40)
caATCCCCCATTTGTAATAAGCTTTTGTATGCGTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCAc > 2:489743/1‑141 (MQ=11)
caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGGTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCAc > 2:366153/1‑141 (MQ=255)
caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCAc > 1:756834/1‑141 (MQ=21)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGGTATATTACGa > 1:724868/1‑141 (MQ=255)
aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGa > 1:22035/1‑141 (MQ=25)
tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTTTAGGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGAt < 1:118879/141‑1 (MQ=11)
aCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATa < 2:111431/141‑1 (MQ=255)
aCGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATa < 2:308163/141‑1 (MQ=18)
ctccAATTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATaa < 2:161173/139‑1 (MQ=255)
cGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAACTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATag < 1:647992/141‑2 (MQ=255)
ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTTTTTTTTTTTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTTAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCCCGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCCCGATAACt > 2:782907/1‑141 (MQ=11)
ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCt > 2:227140/1‑141 (MQ=255)
aTTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATTTTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTACTATTTCAGATATATCACGCTAACTCa > 2:540692/1‑141 (MQ=255)
tttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCaa < 2:710332/141‑1 (MQ=11)
ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAAt < 2:795412/141‑1 (MQ=21)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCACCGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATg > 2:258692/1‑141 (MQ=11)
tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATg < 1:125845/141‑1 (MQ=18)
gTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTACTATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATgc > 1:316748/1‑140 (MQ=11)
tttATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACCAAATTGTTGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGAta > 1:404323/1‑141 (MQ=255)
cTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTTGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGcc < 1:837981/141‑1 (MQ=25)
tGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATa < 1:271504/141‑1 (MQ=35)
|
CGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACAT > CP000730/36238‑36517
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
