Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A31 F1 I1 R1
|
21 |
37.9 |
2424921 |
96.5% |
2340048 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
REL606 |
2,448,493 |
IS186 (–) +6 bp |
intergenic (+24/+21) |
nupC → / ← yfeA |
nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
REL606 |
2448493 = | 0 (0.000) | 41 (1.130) |
33/144 |
0.2 |
100% |
intergenic (+24/+26) |
nupC/yfeA |
nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase |
| ? | REL606 |
2772854 = |
NA (NA) | noncoding (1/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
| * |
? |
REL606 |
= 2448498 | 0 (0.000) | 44 (1.210) |
33/144 |
0.2 |
100% |
intergenic (+29/+21) |
nupC/yfeA |
nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase |
| ? | REL606 |
= 2774196 |
NA (NA) | noncoding (1343/1343 nt) |
IS186 |
repeat region |
CAAGGGTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATccc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2448560‑2448493
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAA > REL606/2772854‑2772930
CAAGGGTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAG < 1:172512/76‑1
GTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTA > 1:1056843/1‑76
GTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTA > 2:602357/1‑76
TATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAA < 1:1010417/76‑1
ATTTCACTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGTCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAAC > 1:69454/1‑76
TTGATTGGTCGCCCGCAGNCATTAGCTGATTAACAGGCGAAAAAAAGCCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTT > 1:1158402/1‑76
TTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTT < 1:810154/76‑1
TTGATTGGTCGCCAGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTT > 1:75845/1‑76
GATTGGTCGCCCGNAGCCATTAGCTGATNAANCGGCGTAAAAAAACCGTGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAA < 2:1088958/76‑1
GATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGTTTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGTATGATACCATAAGCGCTAACTTAA > 1:1147510/1‑76
TTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCGATAAGCGCTCACTTAGGG > 2:49655/1‑76
TTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGG < 1:357144/76‑1
TTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGAGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGG > 2:80253/1‑76
GGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAAAAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGT > 2:419168/1‑76
TCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTG < 2:386543/76‑1
GCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTG < 1:396008/76‑1
CAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATT < 1:237875/76‑1
CAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATT < 1:274891/76‑1
AGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:578361/1‑76
GCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAC > 1:641104/1‑76
CCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACG > 2:143416/1‑76
CATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGC > 2:522154/1‑76
ATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCC > 1:841139/1‑76
TTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT < 1:663426/76‑1
AACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTTAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT < 1:1109425/76‑1
GCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGT < 2:974730/76‑1
CGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTG > 2:310367/1‑76
GTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGC > 2:990345/1‑76
GTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGC < 1:984115/76‑1
AAAAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCG > 1:903096/1‑76
AAAAACCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGAT < 2:412487/76‑1
CCGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATT < 1:594658/76‑1
CGGGGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTA > 1:746433/1‑76
gatGAATTATCCCATAATCGCTAACCTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAC < 2:426655/73‑1
GGAATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTC < 2:867509/76‑1
ATTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA < 1:886558/76‑1
TTATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:549264/1‑76
TATCCCATAAGCGCTAAGTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACATGCCGACGAATTACTCTCACG > 2:184514/1‑76
ATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGA > 1:204807/1‑76
ATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGA > 1:477706/1‑76
aCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGAT < 2:367275/75‑1
aCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGAT < 1:888664/75‑1
TCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGAT > 2:253125/1‑76
CCCATAAGCGCTAGCTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATA > 1:77045/1‑76
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATA < 1:704657/76‑1
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATA < 2:413895/76‑1
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATA < 1:134441/76‑1
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATA < 1:724028/76‑1
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATA < 1:518120/76‑1
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATA < 2:1120773/76‑1
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAA < 2:650889/76‑1
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAA > 1:394065/1‑76
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGACGAATTACTCTCACGATca > 2:523349/1‑74
CAAGGGTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATccc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2448560‑2448493
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAA > REL606/2772854‑2772930
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
