Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F422 I51 R1
|
223 |
69.9 |
1534784 |
95.1% |
1459579 |
214.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,600,185 |
T→G |
Y200S (TAT→TCT) |
rpoH ← |
RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,600,185 | 0 | T | G | 97.9%
| 322.3
/ ‑0.6
| 96 | Y200S (TAT→TCT) | rpoH | RNA polymerase, sigma 32 (sigma H) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base G (46/48); total (47/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.75e-01 |
TCGCGTTCTTTTCCAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGA > NC_000913/3599961‑3600416
|
tCGCGTTCTTTTCCAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGCTGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCTGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGa > 2:349632/1‑236 (MQ=255)
ccAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCggctgg < 1:660571/236‑1 (MQ=255)
ccAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCggctgg < 1:50696/236‑1 (MQ=255)
cGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCTGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt < 1:149439/235‑1 (MQ=255)
cGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt < 1:476365/235‑1 (MQ=255)
tCAGCTGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGCGCGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgtcctc > 2:353633/1‑236 (MQ=255)
tCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgtcgtc > 2:38739/1‑236 (MQ=255)
cGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGaa > 2:140564/1‑236 (MQ=255)
aaCGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGa < 1:629863/234‑1 (MQ=255)
gTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCaa < 1:731818/236‑1 (MQ=255)
gTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCaa < 2:734183/236‑1 (MQ=255)
aGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt > 2:666154/1‑209 (MQ=255)
aGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt < 1:666154/209‑1 (MQ=255)
ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCgg < 2:732901/186‑1 (MQ=255)
ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCgg > 1:732901/1‑186 (MQ=255)
ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgt > 1:682836/1‑235 (MQ=255)
ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgt > 1:183730/1‑235 (MQ=255)
ttCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgt > 1:79867/1‑235 (MQ=255)
tcccTGTAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCCGCCGGATGATTTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgt < 2:254700/233‑1 (MQ=255)
tGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgtg < 1:38739/232‑1 (MQ=255)
cAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCCAAGGGCATGGCCTGTGCCGCCa > 2:235313/1‑236 (MQ=255)
gTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACg < 1:146641/236‑1 (MQ=255)
gTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGGCTTCGGTAGACAGGTCCAAGGGCATGTCCGTTGCCGCCCTAcc > 2:522114/1‑235 (MQ=255)
ttgtCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGa < 2:452192/194‑1 (MQ=255)
ttgtCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGa > 1:452192/1‑194 (MQ=255)
ttgtCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCa < 2:257818/235‑1 (MQ=255)
tgtCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCAtc < 1:140564/236‑1 (MQ=255)
cTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGt > 2:652312/1‑195 (MQ=255)
cTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGt < 1:652312/195‑1 (MQ=255)
cTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACg < 1:321360/223‑1 (MQ=255)
cTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACg > 2:321360/1‑223 (MQ=255)
ttCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCa > 2:209937/1‑235 (MQ=255)
tCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCacg < 1:704143/236‑1 (MQ=255)
tCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCacg < 1:705061/236‑1 (MQ=255)
cGTCCAGCCAGCTCGCACTGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAATTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCacg < 1:716628/235‑1 (MQ=255)
cGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGACGACAGGTCAAAGGCCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCacgt > 1:597814/1‑236 (MQ=255)
cGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCACAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCTGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCCAAGGTAATGTCCTGTGCCGCCATACGCTATTCCAtctgcaga > 2:370117/1‑231 (MQ=255)
gccagcGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTGAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCacgtacgcc > 2:176212/1‑233 (MQ=255)
agcCCGAACGGGTGATGTCCTGGCTGCGGTCGGCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTg < 2:573329/236‑1 (MQ=255)
gcgcccACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGc < 1:511306/236‑1 (MQ=255)
cgcgcACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCt > 1:748237/1‑236 (MQ=255)
cGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGCCGGAAGACAGGTCAACGGTCATGTCCTTGGCCGCCCTACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGTTCGTTa > 2:391855/1‑235 (MQ=255)
cTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt > 2:470290/1‑149 (MQ=255)
cTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAAtcgt < 1:470290/149‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGtt > 1:580603/1‑223 (MQ=255)
cTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGtt < 2:580603/223‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCa > 1:34309/1‑235 (MQ=255)
ggCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCa > 2:341992/1‑228 (MQ=255)
ggCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCa < 1:341992/228‑1 (MQ=255)
ggCTGCGTTCGTCCAGACCCCGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGc > 2:535708/1‑116 (MQ=255)
ggCTGCGTTCGTCCAGACCCCGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGc < 1:535708/116‑1 (MQ=255)
atctttCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGTCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGcc < 2:197563/232‑1 (MQ=255)
gTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGcaccc > 1:716350/1‑232 (MQ=255)
gTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCGGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGccacc > 2:641428/1‑236 (MQ=255)
gTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGCCATGTCCTGTGCCGCCCTACGTGCTTCCATCTCACGGACGTCTTTGCTGGTGCCTCCCAGTTCACGGGc > 2:5285/1‑232 (MQ=255)
tgcattcgttCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTAGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGCCAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATc < 2:597814/227‑1 (MQ=255)
tGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTTCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGCTAGATGATTTATCCTTCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCCGTCGGAATCGTTCTCGGAAGACAGGTCCAAGGCCACTTCCTGTGCCGCCTTACCGGACTTCATCTTTCGTACCGCTTTGCTGGTCAATCCCAGTTCACGGGCCACCAtttgacctt > 2:385977/1‑226 (MQ=255)
cATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATc < 2:537260/234‑1 (MQ=255)
cATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATc > 1:537260/1‑234 (MQ=255)
gcgTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgtg > 2:133667/1‑154 (MQ=255)
gcgTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCtgtg < 1:133667/154‑1 (MQ=255)
gcgTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGt < 2:79867/235‑1 (MQ=255)
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cgTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACt < 1:530760/224‑1 (MQ=255)
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ccgccTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACg < 1:209937/232‑1 (MQ=255)
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tATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACgctgct < 1:746197/219‑1 (MQ=255)
tATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACgctgct > 2:746197/1‑219 (MQ=255)
tcatcTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTga > 1:221345/1‑235 (MQ=255)
catcTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGtt < 1:522114/232‑1 (MQ=255)
atcTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTgaaga > 1:482692/1‑236 (MQ=255)
atcTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTgaaga > 1:416473/1‑236 (MQ=255)
atcTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGAGAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTgaaga < 2:748237/236‑1 (MQ=255)
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|
TCGCGTTCTTTTCCAGCTGGCGTACACGCTCAGCGGAAACGCCGTAACGGTCAGCCAGTTCCTGCAACGTGGACTTGTTGTCTTCGTCCAGCCAGCGCGCACGGATGATGTCCTGGCTGCGTTCGTCCAGACCCTGCATCGCGTCGGTCAGACGGTTTGCCGCCTGCTCTTCCCAGTTATCATCTTCAATGCCGTCGGCAAAGTTAGATGATTTATCCTGCAGATAGAGCACCGGAGCCATCGGCTGGCTGTCGGAATCGTCGTCGGAAGACAGGTCAAAGGTCATGTCCTGTGCCGCCATACGTGATTCCATCTCACGTACGTCTTTGCTGGTTACGCCCAGTTCACGGGCCACCATTTCGACTTCATCCTGGTTAAACCAGCCCAGACGCTGCTTGGTTTTACGCAGGTTGAAGAACAGTTTGCGCTGCGCTTTGGTGGTCGCAACTTTGACGA > NC_000913/3599961‑3600416
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
