Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F422 I51 R1
|
223 |
69.9 |
1534784 |
95.1% |
1459579 |
214.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,679,181 |
T→G |
R3R (AGG→CGG) |
yhjH ← |
cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase, FlhDC‑regulated |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,679,181 | 0 | T | G | 98.6%
| 249.1
/ ‑3.9
| 73 | R3R (AGG→CGG) | yhjH | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase, FlhDC‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (29/43); total (30/43) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.79e-01 |
ACCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCTTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATC > NC_000913/3678949‑3679406
|
aCCTCCATCCGATGGCTGACGGTTATTTCAGTAAAATAAGGCTCCGGCCGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTat < 1:685377/236‑1 (MQ=255)
aCCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCCCCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTat < 1:553239/236‑1 (MQ=255)
ccATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGCGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCTATCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTatcctc > 2:149655/1‑236 (MQ=255)
cATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTAtcatca > 1:553117/1‑236 (MQ=255)
gccTGACGGTGCTTTCAGTAAAATAGCACTCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAGGGGATGCGTGACCGCCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTc < 2:495855/234‑1 (MQ=255)
cTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGCCCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCt < 1:347577/236‑1 (MQ=255)
tGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCt < 1:354562/235‑1 (MQ=255)
cGGTGATTTCAGTAAAATGGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCtgtg < 1:536655/235‑1 (MQ=255)
tGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTAACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCGCTCGGTGCTTGCCTCAGGGCTGCTTATTCGCTGGATACCCGTCCGTACCATCAAAGATGTCCTGCGTTTa > 2:437808/1‑236 (MQ=255)
ttCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGttt < 1:734659/231‑1 (MQ=255)
gTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCATCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGGATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTTCAAGTGa > 2:695820/1‑235 (MQ=255)
gATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGa < 1:620698/236‑1 (MQ=255)
aTCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCTTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGGGATGCTTCCCGGAc > 1:10201/1‑236 (MQ=255)
aTCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGAc > 2:218217/1‑236 (MQ=255)
ccGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGTATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTACCCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACt < 1:466453/235‑1 (MQ=255)
cGAAGGGTTCAAGGGAGGCGTACCCACCGGTAATAGCTCCACGGCCAGTACCCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCAGGGTGTAAGCACGCTCACCCTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCgg < 2:534953/235‑1 (MQ=255)
aGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCa < 1:748077/236‑1 (MQ=255)
cGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGACCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACtt < 1:170316/235‑1 (MQ=255)
gTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACttt < 1:218217/235‑1 (MQ=255)
tttAATAGCCCAACGGCAATTAACCGCCGGCAGGTTTAATGGATCGGTTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCGGGATACCCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGc < 2:540500/235‑1 (MQ=255)
gTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAGAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGc > 1:108571/1‑236 (MQ=255)
tAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCg > 1:82351/1‑236 (MQ=255)
tCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGCCAAAGATTATCGGCGCGAAAGGGCAGAACTTTACACACTGGCCAGGGtga > 2:36850/1‑233 (MQ=255)
tCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTaa > 2:381385/1‑235 (MQ=255)
cGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTc > 2:416126/1‑236 (MQ=255)
aTTAACCGCCCGCATGTTTGAAAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAACCGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCt < 1:695820/233‑1 (MQ=255)
cccgcccgaATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCca < 1:392991/235‑1 (MQ=255)
cccgcATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAATAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAAc > 2:702034/1‑236 (MQ=255)
cccgcATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAAc > 2:343012/1‑236 (MQ=255)
gATCGGCTGCCAGGAGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGaa > 1:229756/1‑236 (MQ=255)
cGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCTGGGTAAATTTTCTCACTCCTCCACGGAACCTTTcctgacatc > 2:30555/1‑228 (MQ=255)
taaaGCCCGCGCACCTTGCAACCAAAACCGCCGTTCCGTCAAGCTTGCGAGGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGTTGAATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCaa < 2:583752/234‑1 (MQ=255)
tAAGCACGCTCACACTGAAACAAAAACCGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCt < 2:487079/194‑1 (MQ=255)
gCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCca > 1:487079/1‑194 (MQ=255)
cTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGAtg < 2:233363/115‑1 (MQ=255)
cTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGAtg > 1:233363/1‑115 (MQ=255)
cTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTTGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACg > 2:354807/1‑198 (MQ=255)
cTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACg < 1:354807/198‑1 (MQ=255)
cTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGGTCTGGCTCAAACAaataat > 1:243146/1‑236 (MQ=255)
cacTGCAACCAAAACCGCCGTGCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGaa < 1:121696/236‑1 (MQ=255)
gttgaaaCCAAAATCCCCGTTCCTGAAACCTCTCAGTGTTTGTTTAAGGGTTGTTTATTCGCTGGATAAGCGGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAac < 2:270422/231‑1 (MQ=255)
attGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAac < 1:52397/234‑1 (MQ=255)
ctgaacccAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGTTGCTTGCTTCAGGGTTGCTTAGTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:30555/230‑1 (MQ=255)
cTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:730609/236‑1 (MQ=255)
cTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:416126/236‑1 (MQ=255)
cTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:433426/236‑1 (MQ=255)
cTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:343012/236‑1 (MQ=255)
cTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAaca < 1:437808/236‑1 (MQ=255)
cAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATgg > 2:102584/1‑229 (MQ=255)
aCCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCTCAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCCTCACAAAATAATGGAACACTGtt > 2:446348/1‑236 (MQ=255)
aCCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCCGGAATACGTTCTGGCTCAACAAAATAATGGAacatcggt > 2:13661/1‑231 (MQ=255)
aCCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGtt > 1:630566/1‑236 (MQ=255)
aCCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGtt > 1:270422/1‑236 (MQ=255)
ataacgcccGTTCTGGCAGGCTCTGGATGCTTGCTTAGGGTTTCCTGATTGGCTGGATACCCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTa < 2:296208/229‑1 (MQ=255)
ccGCCTTTCCGGAAAGCTCTGGATGCTTGCTTCAGGGTTGTTTTTTCGCTGGATACCCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAGAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAatat < 2:108571/235‑1 (MQ=255)
gCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATgg < 1:381385/236‑1 (MQ=255)
tgcactctcatgATGCTTGCTTCAGGTTTTTTTATCCGCTGTATACCCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAg < 2:243146/225‑1 (MQ=255)
tGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAg < 1:102584/236‑1 (MQ=255)
ctctAGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAac < 1:381918/235‑1 (MQ=255)
gcttgcttCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAgc < 1:49407/236‑1 (MQ=255)
ttgcttCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAgcg < 1:702034/235‑1 (MQ=255)
ctgcttCAGGTTAGCTTATGCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAgcg < 1:241324/234‑1 (MQ=255)
cttCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGt > 2:34511/1‑199 (MQ=255)
cttCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGt < 1:34511/199‑1 (MQ=255)
cttCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCaaa > 2:345837/1‑236 (MQ=255)
aGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAAACACCACAGCGCAAACt > 2:310466/1‑234 (MQ=255)
gCTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCCAACTAACGCTaa > 2:636232/1‑236 (MQ=255)
cTTATTCGCTGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAAt > 1:244403/1‑236 (MQ=255)
ttCGCTGAAAACCCTGCCGTATCATCAAAGATTTCCTGTGTTTAAAGGTGAAGCTGCCCGGATTCGACAAAGATTATCGGCACGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAAttttt < 2:229756/236‑1 (MQ=255)
cGCTGGATACCCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTa < 1:446348/236‑1 (MQ=255)
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tGGATAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAg < 1:372978/197‑1 (MQ=255)
aTAACCTGCCGTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATc < 1:345837/236‑1 (MQ=255)
|
ACCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCTTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATC > NC_000913/3678949‑3679406
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
