Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F422 I51 R1
|
223 |
69.9 |
1534784 |
95.1% |
1459579 |
214.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,802,005 |
T→G |
intergenic (‑6/+34) |
waaR ← / ← waaO |
lipopolysaccharide 1,2‑glucosyltransferase; UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase/UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑ alpha‑1,3‑D‑galactosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,802,005 | 0 | T | G | 96.3%
| 78.0
/ ‑3.1
| 27 | intergenic (‑6/+34) | waaR/waaO | lipopolysaccharide 1,2‑glucosyltransferase; UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase/UDP‑D‑galactose:(glucosyl)lipopolysaccharide‑ alpha‑1,3‑D‑galactosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (13/13); total (14/13) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.97e-01 |
TGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGC > NC_000913/3801782‑3802230
|
tGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCa > 2:367531/1‑236 (MQ=255)
tGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCa < 1:367531/236‑1 (MQ=255)
aGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCa > 1:19779/1‑210 (MQ=255)
aGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCa < 2:19779/210‑1 (MQ=255)
atatAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGtttt > 1:730/1‑226 (MQ=255)
atttGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCaataaaataa < 2:122496/231‑1 (MQ=255)
atgtgatgGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGa > 1:173075/1‑236 (MQ=255)
cacCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCt > 2:636055/1‑135 (MQ=255)
cacCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCt < 1:636055/135‑1 (MQ=255)
cacCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGc > 1:187130/1‑236 (MQ=255)
tCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTaaa > 1:272255/1‑203 (MQ=255)
tCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTaaa < 2:272255/203‑1 (MQ=255)
caGATAATTAGCATCGAATCCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGtt < 2:730/235‑1 (MQ=255)
aaGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGtt < 2:187130/236‑1 (MQ=255)
aTTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTgcgc < 2:225080/236‑1 (MQ=255)
aTTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTgcgc > 1:225080/1‑236 (MQ=255)
acacCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATc > 1:615713/1‑232 (MQ=255)
aCATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTAATTTCtc > 2:126880/1‑233 (MQ=255)
tCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCt < 1:39357/203‑1 (MQ=255)
tCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCt > 2:39357/1‑203 (MQ=255)
agctagcCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATa < 1:623667/135‑1 (MQ=255)
agctagcCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATa > 2:623667/1‑135 (MQ=255)
ccGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCg > 1:80133/1‑236 (MQ=255)
tctatctCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGc < 2:615713/236‑1 (MQ=255)
gAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTa > 1:535325/1‑105 (MQ=255)
gAAATGAGTCCACAATGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTa < 2:535325/105‑1 (MQ=255)
aaaTGCGACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGc < 2:173075/231‑1 (MQ=255)
|
TGAAAAAAACCATCATTATAAACATCAGCAATAATATAAAAATCAAGATTAATATGTCGATTATTTAGGACAATTGATGTGATGGAAACACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAATTGATTGCTATTGTTCGGTTTCAGCAACGCCGTATTCTTCCATGGCGAAGCATTTTTTGCCTCCATAAAGGCTTGTGATACAGGATAATCCCAGGC > NC_000913/3801782‑3802230
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
