Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F422 I53 R1
|
229 |
158.0 |
8090706 |
91.1% |
7370633 |
100.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,772,145 |
T→G |
pseudogene (10/153 nt) |
yfjU ← |
CP4‑57 prophage; conserved protein;Phage or Prophage Related |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,772,145 | 0 | T | G | 95.7%
| 522.4
/ 11.0
| 163 | pseudogene (10/153 nt) | yfjU | CP4‑57 prophage; conserved protein;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/4); new base G (81/73); total (85/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TCGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAATGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATGCC > NC_000913/2772048‑2772241
|
tCGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGt < 2:330625/100‑1 (MQ=255)
tCGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGt < 1:1011028/100‑1 (MQ=255)
cGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGGTGTGATAGATGGTAAGGtt > 1:728217/1‑100 (MQ=255)
gagaTAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTg < 1:2528287/100‑1 (MQ=255)
agaTAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGc > 2:821983/1‑100 (MQ=255)
agaTAATTAATTATTGTCGGTGCGTTGCCGTTGTTATGAAGCTTCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGc < 2:595052/100‑1 (MQ=255)
aTAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTc < 1:1958458/100‑1 (MQ=255)
taattaatTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCa < 1:1649353/100‑1 (MQ=255)
aattaattATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCat > 2:1542429/1‑100 (MQ=255)
attGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATCTCAGTAt > 2:1716241/1‑100 (MQ=255)
attGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTAt > 1:2614721/1‑100 (MQ=255)
attGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTAt > 2:2766294/1‑100 (MQ=255)
ttGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATc < 1:3913828/100‑1 (MQ=255)
ttGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGCTGCTCTTATCAGTATc < 1:3571285/100‑1 (MQ=255)
tGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCt > 2:920182/1‑100 (MQ=255)
gTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTa > 1:3755029/1‑100 (MQ=255)
gTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTa > 1:2741173/1‑100 (MQ=255)
gTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGGTGTGATAGATAGTAGGGTTGCTCATATCAGTATCTa > 2:3788129/1‑100 (MQ=37)
cGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAAt > 2:1662079/1‑100 (MQ=255)
ggTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAAtt > 1:3377024/1‑100 (MQ=255)
gTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTa < 2:1265098/100‑1 (MQ=255)
cGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACaa > 1:1165179/1‑100 (MQ=255)
gTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACaaa > 2:67751/1‑100 (MQ=255)
tGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAgn < 1:1220304/100‑2 (MQ=255)
tGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGt > 1:2349326/1‑100 (MQ=255)
gCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTg > 1:3175383/1‑100 (MQ=255)
ccGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGa < 1:1716364/100‑1 (MQ=255)
gttgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACa > 2:2299146/1‑100 (MQ=255)
gttgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACa > 1:3702836/1‑100 (MQ=255)
ttgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACag < 1:3109048/100‑1 (MQ=255)
ttgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACag < 1:1033166/100‑1 (MQ=255)
tgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACaga < 1:1704791/100‑1 (MQ=255)
tgttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACaga > 2:3337193/1‑100 (MQ=255)
gttATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACagag < 2:2551277/100‑1 (MQ=255)
tATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACagagag < 2:2058294/100‑1 (MQ=255)
aTGAAGCATCTCCAGCGTGTTCCGTGTGGTGCCACAGGCGGGGTTATGATAGATGGTAAGGTTGCTCATAGCAGTCTCTAATTACAAAGTGACAGAGAgc < 1:3808290/100‑1 (MQ=255)
gAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTGCAAAGTGACAGAGAgccg > 2:2595162/1‑100 (MQ=255)
gAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAgccg < 1:1569110/100‑1 (MQ=255)
gAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAgccg < 1:896567/100‑1 (MQ=255)
aaGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAgccgc > 1:4036674/1‑100 (MQ=255)
aGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAgccgcc > 1:826275/1‑100 (MQ=255)
cATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCcgccac < 2:3527495/100‑1 (MQ=255)
cATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCcgccac < 2:2033951/100‑1 (MQ=255)
aTCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAATGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCcgccacg < 1:1274968/100‑1 (MQ=255)
aTCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCcgccacg < 2:1472299/100‑1 (MQ=255)
tctcCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCcgccccgc > 2:3662267/1‑100 (MQ=255)
tctcCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCcgccacgc > 2:915430/1‑100 (MQ=255)
ctcCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCcgccacgcc < 1:3033747/100‑1 (MQ=255)
tcCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCcgccacgcca > 1:329217/1‑100 (MQ=255)
tcCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCcgccacgcca > 2:1975997/1‑100 (MQ=255)
aGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAgcg < 2:3395456/100‑1 (MQ=255)
gtgtTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCAGATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCgg < 1:2215831/100‑1 (MQ=255)
tgtTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGc < 2:3056443/100‑1 (MQ=255)
gtTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTGATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGca > 2:1796044/1‑99 (MQ=255)
gtTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGcc > 2:545895/1‑100 (MQ=255)
tGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCGCGCTGGCGTGGcggc < 1:744053/100‑4 (MQ=18)
gcttGAGTTTCCACAAGCCTTGTTTTGATAGATGGTAAAGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCaga < 1:323048/97‑1 (MQ=21)
cGTGAGGGGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCagag < 1:111379/100‑1 (MQ=255)
gTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAATGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGt < 2:1790891/100‑1 (MQ=255)
tGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTg < 1:2844318/100‑1 (MQ=255)
tGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTg < 1:1866551/100‑1 (MQ=255)
tGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTg > 1:1463826/1‑100 (MQ=255)
aGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGAc > 1:267285/1‑100 (MQ=255)
ggTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACa > 1:1742124/1‑100 (MQ=255)
gTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACaa > 2:3095839/1‑100 (MQ=255)
tGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACaaa > 2:2959214/1‑100 (MQ=255)
gCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAAc < 2:3270365/100‑1 (MQ=255)
ccACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAATGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACa > 2:395052/1‑100 (MQ=255)
ccACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACa < 1:2869110/100‑1 (MQ=255)
cacaGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAg > 2:1041933/1‑100 (MQ=255)
cacaGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAg > 1:483606/1‑100 (MQ=255)
cacaGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAg > 1:2517135/1‑100 (MQ=255)
cacaGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAg < 2:1501546/100‑1 (MQ=255)
acaGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGc < 1:2503581/100‑1 (MQ=255)
ggCCGGGTTGTGATAGTTGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCAcc > 2:1933081/1‑100 (MQ=255)
ggCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCAcc > 2:522991/1‑100 (MQ=255)
gCCGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCg > 1:3064069/1‑100 (MQ=255)
cGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGc < 2:1115421/100‑1 (MQ=255)
cGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGc < 1:2201336/100‑1 (MQ=255)
cGGGTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGc < 2:3146661/100‑1 (MQ=255)
ggTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGcac > 2:267021/1‑100 (MQ=255)
ggTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGACACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGccc > 2:2878617/1‑98 (MQ=255)
gTTGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGcaca < 1:271499/100‑1 (MQ=255)
ttGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAg < 1:3870861/100‑1 (MQ=255)
ttGTGATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAg > 2:136431/1‑100 (MQ=255)
gtgATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTc < 2:358097/100‑1 (MQ=255)
tgATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCa < 2:3918266/100‑1 (MQ=255)
tgATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCa > 1:1101589/1‑100 (MQ=255)
gATAGATGGTCAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACACACAGCACCGGCACAGTCAt > 2:976531/1‑100 (MQ=255)
gATAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGCGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCAt < 2:3623997/100‑1 (MQ=255)
tAGATGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGa > 1:1935375/1‑100 (MQ=255)
aTGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCAAGAGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGaaaa > 2:1153006/1‑100 (MQ=25)
aTGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCAACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACaa > 2:3620142/1‑100 (MQ=255)
aTGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCAACGCCAGCGCCGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACaa > 2:3620130/1‑100 (MQ=21)
aTGGTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAA‑TACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAAt < 2:720782/100‑1 (MQ=255)
ggTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCAGCGGCACAGTCATGACAATg > 2:3649951/1‑100 (MQ=255)
ggTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATg > 2:1828623/1‑100 (MQ=255)
ggTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATg > 1:659505/1‑100 (MQ=255)
ggTAAGGTTGCTCATACCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATg < 2:2391854/100‑1 (MQ=255)
gTAAGGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATGc > 1:2383323/1‑100 (MQ=255)
|
TCGAGATAATTAATTATTGTCGGTTCGTTGCCGTTGTTATGAAGCATCTCCAGCGTGTTGCGTGAGGTGCCACAGGCCGGGTTGTGATAGATGGTAATGTTGCTCATATCAGTATCTAATTACAAAGTGACAGAGAGCCGCCACGCCAGCGCGGCCAGAGTGACAAACAGCACCGGCACAGTCATGACAATGCC > NC_000913/2772048‑2772241
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
