Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A21 F20 I1 R1
|
22 |
87.2 |
1874462 |
96.3% |
1805106 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,279,705 |
G→A |
A943V (GCA→GTA) |
ebh_3 ← |
Extracellular matrix‑binding protein ebh |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | 0 | G | A | 98.2%
| 320.9
/ NA
| 116 | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (59/52); minor base C (0/2); total (61/55) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TATCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGCATCAT > USA300TCH1516_ALE/2279562‑2279849
|
tATCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtgtt < 1:64726/149‑1 (MQ=255)
aGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGttt > 1:782615/1‑149 (MQ=255)
ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCa > 1:72766/1‑149 (MQ=255)
tgtgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTCCGATTTGCATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCGTGCGGTTTGTCATTTGCATCATCAGTTGCTGGTGTTTCTGTTGTTTCAc > 2:901234/1‑149 (MQ=255)
gCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTGTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCtt > 1:322693/1‑148 (MQ=255)
cttattaGTTGATTCTACTTCTGGTTTTCTTGTTACAGCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTg < 1:253340/148‑1 (MQ=255)
ttattaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTCCTTCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGc < 2:467453/149‑1 (MQ=255)
ttaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCGGc > 2:405020/1‑149 (MQ=255)
taGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCa > 2:209968/1‑149 (MQ=255)
tgTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAt < 2:876933/148‑1 (MQ=255)
atttGGTTCTACTTCTGGTTTACTAGTTGCATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAt < 2:267881/147‑1 (MQ=255)
aGTTGATTCTACTTCTGGTTTTCTCGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAt < 2:377005/149‑1 (MQ=255)
aGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGGATGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCAGCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAt < 1:722435/149‑1 (MQ=255)
aGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAt < 1:552160/149‑1 (MQ=255)
aGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAt < 1:165017/149‑1 (MQ=255)
tttGATTTTATTTCTGGTTTACTAGCTACATCGTTATCCATTGTCTGACGGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCACCAGTTGCTGATGGTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATc < 2:543389/148‑1 (MQ=255)
gtttgttcttcttcTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTTTTGTTTCACCTGTTGTCGCATc < 2:632376/144‑1 (MQ=255)
gTTGATTCTACTGCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTCTTGTTTCACCTGTTGCCGCATc < 1:511007/149‑1 (MQ=255)
ttcaTTCTACTCCTCTTTCACTATTTACATCTTTATCCTATCTCGGATTTTTTGTTTATGCATCTTCACTAGAATTTTTATTAGCTTGCGTTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTTTTGCCGCATCa < 2:603551/146‑1 (MQ=255)
ttGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCCTcc > 1:373070/1‑148 (MQ=255)
ttGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa > 1:97326/1‑149 (MQ=255)
tGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATccc > 1:8844/1‑147 (MQ=255)
tGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCAc > 1:844633/1‑149 (MQ=255)
tCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACtatt > 1:558915/1‑149 (MQ=255)
cTACTTCTGGTTTACTAGTTACGTCGGCGTCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTTCGGTTTGTCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTGAACTGTTGCGTCATCACtattt > 1:185403/1‑148 (MQ=255)
tACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACtattat > 1:390055/1‑149 (MQ=255)
tGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGgtg > 2:270546/1‑149 (MQ=255)
ggTTTACTAGTGTCATCGTTATCCTTTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGgtgt < 2:707134/149‑1 (MQ=255)
tACTCGTTACATCGTTATCCCTTGGCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTc < 1:239048/149‑1 (MQ=255)
gTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGgaga > 2:160236/1‑149 (MQ=255)
gTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGgaga > 2:206052/1‑149 (MQ=255)
ttcATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGGATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCAGTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAg < 1:159776/147‑1 (MQ=255)
tACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGGTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAg > 1:577593/1‑149 (MQ=255)
tACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTGTTTGGTGT‑TGTCGGGGAAg > 1:643011/1‑149 (MQ=255)
tACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGGGAAg > 2:755104/1‑149 (MQ=255)
tACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGAACAATATTCGACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAg > 1:449345/1‑149 (MQ=255)
cATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCg > 1:805570/1‑149 (MQ=255)
cATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGGTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTCACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCCTCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCg > 1:520815/1‑149 (MQ=255)
tCGTTATCCATTGGCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTc < 1:301147/149‑1 (MQ=255)
cATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTGTTTGGTGT‑TGGCGGAGAAGCGTCT‑GCTTGGc < 2:665424/149‑1 (MQ=255)
cATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGGTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGc < 1:876166/149‑1 (MQ=255)
aTTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGcc < 1:270546/149‑1 (MQ=255)
ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCa < 2:479824/149‑1 (MQ=255)
ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCa > 2:659248/1‑149 (MQ=255)
ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCa < 2:839599/149‑1 (MQ=255)
gTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTAT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCAtt > 1:20621/1‑149 (MQ=255)
cGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAg > 2:263467/1‑149 (MQ=255)
cGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAg > 2:892024/1‑149 (MQ=255)
cGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCAATATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAg > 1:444854/1‑149 (MQ=255)
ggACTGTTTTGTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GATTTGCCATTAGc < 2:646581/149‑1 (MQ=255)
cTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTgt > 1:923419/1‑149 (MQ=255)
tgttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTGAGCAATTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAGCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GTTTTGCCATTAGCTGTCGtct < 1:481085/149‑1 (MQ=255)
gttgATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGtctc < 2:72766/149‑1 (MQ=255)
cATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGAATCACTTGTATTT‑ATGTCTTTCGTAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACg > 2:895929/1‑149 (MQ=255)
tACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGCTACGCTAg > 1:324092/1‑149 (MQ=255)
tACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGACTCAGTGTGATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAg > 1:918491/1‑149 (MQ=255)
acTAGAATTGTTATGAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTATCAGTATTGCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGtt < 1:214664/149‑1 (MQ=255)
cTAGAATTGTTTTTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTg < 1:763347/149‑1 (MQ=255)
cTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGGGAAGCGTCT‑GCTTTGACATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTg > 1:6037/1‑149 (MQ=255)
cTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGttt > 1:284014/1‑148 (MQ=255)
cTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTg > 1:802777/1‑149 (MQ=255)
aaTTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCa < 1:58412/149‑1 (MQ=255)
gTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGGTGTCCAGTAt > 1:154851/1‑149 (MQ=255)
ttattaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTAtt > 1:231300/1‑149 (MQ=255)
ttattaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTACGTTGTCCAGTCtt > 2:882833/1‑149 (MQ=255)
ttattaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GATTTACCATTAGCTGTCGTCTCATACACGTTATGTTGTCCAGTAtt > 2:409186/1‑149 (MQ=255)
tattaGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTAttt > 1:496264/1‑149 (MQ=255)
taGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCt > 2:700213/1‑149 (MQ=255)
aGCTTGCGGTTTATCATTTGCATTATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGATGCGGCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTg < 1:714801/149‑1 (MQ=255)
gCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTgg > 1:516828/1‑149 (MQ=255)
gCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTgg > 1:418962/1‑149 (MQ=255)
gCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAG‑AGGGACTGGGGTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTgg > 1:440610/1‑149 (MQ=255)
ttGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGgtg > 2:824335/1‑149 (MQ=255)
ttGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGgtg > 1:908012/1‑149 (MQ=255)
ttGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGgtg > 2:150786/1‑149 (MQ=255)
cgggtcaTCATTTGCATCATCAGTTGCTTATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCAGTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTg < 2:322693/143‑1 (MQ=255)
cGGTTTATCCTTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTg < 1:271931/149‑1 (MQ=255)
ggattATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTTTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGGGTTGc > 1:261115/4‑149 (MQ=255)
ggTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGc < 2:365106/149‑1 (MQ=255)
gTTTTTCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCa < 1:281782/149‑1 (MQ=255)
gTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTCCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCa < 1:193177/149‑1 (MQ=255)
ttcttttGCATACTCAGGTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAg < 2:299318/145‑1 (MQ=255)
aTTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGGAGTTCCTCGATTATTTGATGT‑TTTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAt > 1:218907/1‑149 (MQ=255)
aTTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCAGCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAt < 1:352755/149‑1 (MQ=255)
tttGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAtt > 1:779919/1‑149 (MQ=255)
tGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTg > 1:319952/1‑149 (MQ=255)
atcatcATGTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAt > 2:361164/1‑149 (MQ=255)
ttGCTGCTGTTACTGTTGTTTCACCGGTCGCCGCATCACTATTATTTGTTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTATGGTGTTGCATTAGTATTTGAATTTGCTGtt > 1:99784/1‑149 (MQ=255)
ttGCTGATGTTTCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGtt < 2:322252/149‑1 (MQ=255)
ttGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGtt < 1:231897/149‑1 (MQ=255)
gttcTGATGTTCCTTTTGTTTCACCTTTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGTGCCT‑GCTTTGCCCTTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGtt < 2:185403/146‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGTTACTGTTGTGTCGCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGCCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTg < 2:166589/149‑1 (MQ=255)
tGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTg < 1:542073/149‑1 (MQ=255)
tGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTg < 1:342005/149‑1 (MQ=255)
tGATGTTACTGTTGTTTCTCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 1:185321/149‑1 (MQ=255)
tGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCGTAAGCTGTCGTCTCAGATACGTTACGTGGTCCAGTATTTTCTGGTTTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 1:838305/149‑1 (MQ=255)
cgATGTTACTGTTGTTTCCCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCGAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 1:645221/148‑1 (MQ=255)
cgATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcat < 1:838456/148‑1 (MQ=255)
ttGTTACTGTTGTTTCTCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcatca < 2:736942/148‑1 (MQ=255)
tGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGACGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcatcat < 1:824335/149‑1 (MQ=255)
|
TATCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGCATCAT > USA300TCH1516_ALE/2279562‑2279849
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
