Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F17 I0 R2
|
162 |
60.6 |
4616657 |
98.5% |
4547407 |
62.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,295,635 |
T→C |
11.9% |
Y178H (TAC→CAC) |
tdk → |
thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,295,635 | 0 | T | C | 11.9%
| 152.3
/ 12.3
| 59 | Y178H (TAC→CAC) | tdk | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/32); new base C (4/3); total (24/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
TCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGAAAG > W3110S.gb/1295571‑1295705
|
tCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACg > 1:30800/1‑68 (MQ=255)
tCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGttt < 1:2014122/71‑1 (MQ=255)
ttGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCt > 1:908127/1‑71 (MQ=255)
gATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTc < 1:2880085/68‑1 (MQ=255)
gATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTc < 1:490036/68‑1 (MQ=255)
cAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTAt > 1:2501222/1‑70 (MQ=255)
cAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTa > 1:1768520/1‑69 (MQ=255)
aaGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATg < 1:1644514/70‑1 (MQ=255)
aGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGAt > 1:87167/1‑56 (MQ=255)
gcaggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTAt > 1:4556171/1‑67 (MQ=255)
gcaggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCg < 1:3436908/71‑1 (MQ=255)
caggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCg > 1:2235465/1‑70 (MQ=255)
caggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGt < 1:1746472/71‑1 (MQ=255)
aggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTg < 1:1180600/62‑1 (MQ=255)
aggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGt > 1:239481/1‑70 (MQ=255)
aggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTa < 1:4222796/71‑1 (MQ=255)
aggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGCGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGt < 1:3615199/70‑1 (MQ=255)
agACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAaca > 1:2396275/1‑71 (MQ=255)
ccTTATAACGAAGTTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACt < 1:2669571/70‑1 (MQ=255)
ccTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta > 1:4434757/1‑71 (MQ=255)
cTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta > 1:3740511/1‑70 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTa > 1:3066140/1‑53 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACtata > 1:1828587/1‑69 (MQ=255)
taACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:1772883/70‑1 (MQ=255)
taACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:4382501/70‑1 (MQ=255)
taACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAag < 1:648344/71‑1 (MQ=255)
aaCGAAGGTGAGCAGGTGGTATTTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:2753460/69‑1 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGAt < 1:277068/38‑1 (MQ=255)
gAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAaga < 1:4495078/68‑1 (MQ=255)
gTGATCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTa > 1:1912260/1‑71 (MQ=255)
gAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTc > 1:4056430/1‑38 (MQ=255)
gAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc > 1:2695281/1‑70 (MQ=255)
aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc > 1:1345399/1‑69 (MQ=255)
aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACaa < 1:4041519/71‑1 (MQ=255)
gCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAg > 1:2990580/1‑71 (MQ=255)
cAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTaaa > 1:1183181/1‑48 (MQ=255)
aGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:2500033/71‑1 (MQ=255)
aGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:1196888/71‑1 (MQ=255)
gtggtAATTGGTGGTAATGAACGATAGGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:3389935/54‑1 (MQ=255)
ggtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAagag > 1:1502697/1‑55 (MQ=255)
gtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTc < 1:4046733/71‑1 (MQ=255)
gtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACt < 1:4380290/70‑1 (MQ=255)
tAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCa > 1:3102030/1‑71 (MQ=255)
aaTTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACa < 1:1428281/60‑1 (MQ=255)
aTTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAt > 1:1552222/1‑70 (MQ=255)
aTTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:530799/63‑1 (MQ=255)
gtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACt < 1:3674132/60‑1 (MQ=255)
gtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGc < 1:1547299/70‑1 (MQ=255)
gtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCt < 1:2984517/71‑1 (MQ=255)
tAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTa < 1:1905734/71‑1 (MQ=255)
aaTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaa < 1:4407796/38‑1 (MQ=255)
aTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAtt < 1:2630700/71‑1 (MQ=255)
tGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACt < 1:4327639/56‑1 (MQ=255)
gAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAtt > 1:1070319/1‑69 (MQ=255)
aaCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAg > 1:1091799/1‑71 (MQ=255)
aaCGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAg > 1:3040988/1‑71 (MQ=255)
cGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGa < 1:175833/71‑1 (MQ=255)
cGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGa < 1:1059837/71‑1 (MQ=255)
gATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGaa < 1:331994/71‑1 (MQ=255)
gATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGaa < 1:1946897/71‑1 (MQ=255)
aTACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGaaa < 1:2412327/71‑1 (MQ=255)
tACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGAc < 1:3612579/48‑1 (MQ=255)
tACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGAAAg > 1:1283884/1‑71 (MQ=255)
|
TCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGAAAG > W3110S.gb/1295571‑1295705
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
