Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R2
|
164 |
48.3 |
4710601 |
85.3% |
4018142 |
55.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,295,635 |
T→C |
Y178H (TAC→CAC) |
tdk → |
thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,295,635 | 0 | T | C | 100.0%
| 160.3
/ NA
| 43 | Y178H (TAC→CAC) | tdk | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (40/3); total (40/3) |
TCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATT > W3110S.gb/1295577‑1295687
|
tCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:2184820/61‑1 (MQ=255)
tCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:208759/61‑1 (MQ=255)
tCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:1777045/61‑1 (MQ=255)
gcaggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGttt < 1:3258955/61‑1 (MQ=255)
gcaggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGGGGTAATGAACGACACGttt < 1:782673/61‑1 (MQ=255)
caggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:1972951/56‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:1481589/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:2677563/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:2662800/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:1111502/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:2541240/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:2464800/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:2347769/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:2218926/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:4582122/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:1736191/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:1492821/44‑1 (MQ=255)
ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGacac < 1:3656710/44‑1 (MQ=255)
aCGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAaca < 1:1848791/61‑1 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:3555040/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:3010779/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:3154055/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:3209672/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:3240508/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:4398123/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:416364/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:3399763/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:407852/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:4464900/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:3668831/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:3592942/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:4473937/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:1045105/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:1152996/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:1330599/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:1478642/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:1608088/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:172404/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:1842101/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:1945191/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:2135699/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:2592487/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:2619106/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:2713001/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:101515/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg > 1:294860/1‑47 (MQ=255)
cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACAAGTTTCTg > 1:2799820/1‑47 (MQ=39)
ggTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta > 1:4199600/1‑59 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAATCACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:709148/1‑61 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa > 1:3039088/1‑38 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:1398506/1‑61 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:4509678/1‑61 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:4542229/1‑61 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:3572071/1‑61 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:4638491/1‑61 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:69445/1‑61 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:2629370/1‑61 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:2931409/1‑61 (MQ=255)
aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt > 1:963148/1‑61 (MQ=255)
|
TCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATT > W3110S.gb/1295577‑1295687
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
