Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F17 I0 R2
|
159 |
90.8 |
4763082 |
92.7% |
4415377 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,187,540 |
G→A |
12.5% |
G10R (GGG→AGG) |
yeaI → |
predicted diguanylate cyclase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,187,540 | 0 | G | A | 12.5%
| 248.2
/ 22.6
| 89 | G10R (GGG→AGG) | yeaI | predicted diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/36); new base A (5/6); total (46/43) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 |
TACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTG > minE/1187476‑1187605
|
tACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAt > 1:3949582/1‑71 (MQ=255)
tACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAt > 1:2429614/1‑71 (MQ=255)
aCATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAtt > 1:4226744/1‑71 (MQ=255)
aCATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAt > 1:1128665/1‑70 (MQ=255)
tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCtt > 1:867098/1‑71 (MQ=255)
tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCtt > 1:4688129/1‑71 (MQ=255)
tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCtt > 1:3933330/1‑71 (MQ=255)
tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTAATCtt > 1:141262/1‑71 (MQ=255)
aaTTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCtt > 1:2714876/1‑70 (MQ=255)
tttAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCtt > 1:528843/1‑68 (MQ=255)
tttAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTa > 1:486970/1‑70 (MQ=255)
tttAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTa > 1:3128477/1‑70 (MQ=255)
tAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTaaa > 1:1900597/1‑70 (MQ=255)
ttCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGt < 1:3675204/56‑1 (MQ=255)
ttCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAat < 1:4286815/68‑1 (MQ=255)
ttCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAat < 1:2180204/68‑1 (MQ=255)
ccAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttt > 1:2820618/1‑71 (MQ=255)
ccAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAttt < 1:4577025/70‑1 (MQ=255)
cAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAttttt < 1:537148/71‑1 (MQ=255)
cAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAttttt > 1:1320833/1‑71 (MQ=255)
aGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:2438245/71‑1 (MQ=255)
aaaaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGtt > 1:2230681/1‑51 (MQ=255)
aaaaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTAt > 1:4471946/1‑71 (MQ=255)
aaaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATc < 1:3955979/71‑1 (MQ=255)
aaaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCttt < 1:1286724/57‑1 (MQ=255)
aaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCg > 1:1000286/1‑71 (MQ=255)
aaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCg > 1:1393370/1‑71 (MQ=255)
aCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTaa > 1:3307299/1‑57 (MQ=255)
cAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGtt < 1:1860336/71‑1 (MQ=255)
cAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGtt < 1:1320167/71‑1 (MQ=255)
cAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGtt < 1:1314748/71‑1 (MQ=255)
cAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGtt < 1:3725119/71‑1 (MQ=255)
aaTCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTa < 1:3799582/65‑1 (MQ=255)
aaTCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATc > 1:257374/1‑67 (MQ=255)
cATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAAc > 1:1996490/1‑70 (MQ=255)
ttCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:1081690/71‑1 (MQ=255)
ttCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:4334450/71‑1 (MQ=255)
cGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaaa > 1:4241032/1‑71 (MQ=255)
cGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaaa > 1:3108669/1‑71 (MQ=255)
cGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaaa > 1:3152511/1‑71 (MQ=255)
aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:1874980/71‑1 (MQ=255)
aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:4358586/71‑1 (MQ=255)
aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:3700148/71‑1 (MQ=255)
aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:3838052/71‑1 (MQ=255)
aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:367697/71‑1 (MQ=255)
aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:338432/71‑1 (MQ=255)
aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:3299487/71‑1 (MQ=255)
aaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCg > 1:2249694/1‑57 (MQ=255)
aaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGa < 1:1107170/71‑1 (MQ=255)
aaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGa < 1:3893615/71‑1 (MQ=255)
aaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:2183534/64‑1 (MQ=255)
aaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCAATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:1433079/64‑1 (MQ=255)
aTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATc > 1:1203995/1‑70 (MQ=255)
tCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGt > 1:688555/1‑70 (MQ=255)
aGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCaa < 1:4613959/71‑1 (MQ=255)
aGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCaa < 1:229003/71‑1 (MQ=255)
gTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCaaa < 1:2490801/71‑1 (MQ=255)
tCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATc < 1:1739605/61‑1 (MQ=255)
tCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATc < 1:778659/61‑1 (MQ=255)
aaCACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAAc > 1:4739341/1‑70 (MQ=255)
aaCACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAAc < 1:4026721/70‑1 (MQ=255)
aaCACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAAc > 1:1494886/1‑70 (MQ=255)
acacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:3841987/38‑1 (MQ=255)
acacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:4362083/38‑1 (MQ=255)
acacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:1475126/38‑1 (MQ=255)
acacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:851370/38‑1 (MQ=255)
acacGTATTTCCATCTGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:2530193/38‑1 (MQ=37)
cacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:3813735/49‑1 (MQ=255)
cacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACta > 1:2687252/1‑70 (MQ=255)
cacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACta > 1:1208384/1‑70 (MQ=255)
acGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtata > 1:4693723/1‑71 (MQ=255)
acGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtata > 1:4688127/1‑71 (MQ=255)
acGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtata > 1:3580819/1‑71 (MQ=255)
tATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTatatat > 1:3249143/1‑71 (MQ=255)
tATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTatatat > 1:533993/1‑71 (MQ=255)
tATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTatatat > 1:3437209/1‑71 (MQ=255)
tATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTatatat > 1:2622/1‑71 (MQ=255)
tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGt > 1:1116162/1‑36 (MQ=255)
tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGt > 1:3841645/1‑36 (MQ=255)
tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTa < 1:469201/38‑1 (MQ=255)
tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTa < 1:2060940/38‑1 (MQ=255)
tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATAtct > 1:2503832/1‑71 (MQ=255)
tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATAtc < 1:821025/70‑1 (MQ=255)
tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATAtc < 1:815087/70‑1 (MQ=255)
tCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATctct > 1:3985613/1‑71 (MQ=255)
ccATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtatata > 1:3528004/1‑65 (MQ=255)
ccATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtatata > 1:641448/1‑65 (MQ=255)
ccATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTg > 1:4491711/1‑71 (MQ=255)
tGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATctct < 1:1355478/67‑1 (MQ=255)
gggTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaa > 1:1617082/1‑36 (MQ=255)
gggTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaa > 1:97119/1‑36 (MQ=255)
|
TACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTG > minE/1187476‑1187605
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
