Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F8 I0 R2
|
53 |
71.6 |
5374071 |
98.5% |
5293459 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,303,633 |
G→T |
100% |
Q246Y (CAG→TAT) |
oppA → |
oligopeptide transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,303,633 | 0 | G | T | 100.0%
| 248.0
/ NA
| 82 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (39/43); total (39/43) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > W3110S.gb/1303566‑1303696
|
tAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:3725458/71‑1 (MQ=255)
tAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:3698395/71‑1 (MQ=255)
aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:1446333/1‑71 (MQ=255)
aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:4882407/1‑71 (MQ=255)
acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc > 1:4235488/1‑71 (MQ=255)
acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:3831414/1‑71 (MQ=255)
acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:4786599/1‑71 (MQ=255)
cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:2358272/71‑1 (MQ=255)
gaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTg > 1:778135/1‑71 (MQ=255)
aaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc < 1:2062934/71‑1 (MQ=255)
aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2821222/71‑1 (MQ=255)
aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:1828222/1‑71 (MQ=255)
aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2134416/71‑1 (MQ=255)
aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:402481/71‑1 (MQ=255)
tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 1:3857514/71‑1 (MQ=255)
cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:2242644/1‑71 (MQ=255)
tCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:2727104/1‑71 (MQ=255)
tCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:205916/1‑71 (MQ=255)
cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:1852238/1‑64 (MQ=255)
cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:3766045/1‑71 (MQ=255)
gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCt < 1:5256587/69‑1 (MQ=255)
aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:2642271/1‑56 (MQ=255)
aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:3126978/1‑71 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt > 1:489344/1‑64 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:203021/1‑70 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:4311221/1‑70 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:4385107/1‑70 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:2197548/71‑1 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:2332635/71‑1 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:5142019/71‑1 (MQ=255)
gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:2451768/1‑68 (MQ=255)
gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:1250730/1‑68 (MQ=255)
gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:2930703/70‑1 (MQ=255)
aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:4665251/56‑1 (MQ=255)
aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:1386866/71‑1 (MQ=255)
aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:1392941/71‑1 (MQ=255)
aGCCCGACCTACTGGAACAACGAGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:2860742/71‑1 (MQ=255)
gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:277888/1‑70 (MQ=255)
cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa < 1:5354969/71‑1 (MQ=255)
cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:3451165/1‑71 (MQ=255)
cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:177269/71‑1 (MQ=255)
gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg < 1:1768947/71‑1 (MQ=255)
aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa > 1:2485438/1‑71 (MQ=255)
aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa < 1:69466/71‑1 (MQ=255)
ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt > 1:5104467/1‑57 (MQ=255)
ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:985423/71‑1 (MQ=255)
ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:1277910/71‑1 (MQ=255)
tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa < 1:2537573/37‑1 (MQ=37)
tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa < 1:1737783/37‑1 (MQ=37)
tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2272121/47‑1 (MQ=39)
tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:290246/1‑71 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:3229007/1‑70 (MQ=255)
cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:3116914/71‑1 (MQ=255)
cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:546512/71‑1 (MQ=255)
cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:2241238/71‑1 (MQ=255)
tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt < 1:3410569/47‑1 (MQ=39)
tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:1605093/56‑1 (MQ=255)
tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa > 1:219406/1‑71 (MQ=255)
ggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAc > 1:2049020/1‑71 (MQ=255)
gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:2403906/1‑38 (MQ=37)
acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:2102461/71‑1 (MQ=255)
acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:3092586/71‑1 (MQ=255)
aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2821761/38‑1 (MQ=37)
aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:3427799/44‑1 (MQ=38)
aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa < 1:3212723/55‑1 (MQ=255)
cgcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTAcc > 1:2600161/1‑71 (MQ=255)
gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:966696/1‑59 (MQ=255)
gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:3042467/1‑71 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:2301593/1‑39 (MQ=37)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAg > 1:4256024/1‑48 (MQ=39)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:1658418/71‑1 (MQ=255)
cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:1136250/71‑1 (MQ=255)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:318485/1‑69 (MQ=255)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:551386/1‑69 (MQ=255)
aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:2767841/71‑1 (MQ=255)
aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:927765/71‑1 (MQ=255)
aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgt > 1:61411/1‑71 (MQ=255)
gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:5052524/65‑1 (MQ=255)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:3172265/1‑71 (MQ=255)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:5310901/1‑71 (MQ=255)
ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:219700/71‑1 (MQ=255)
ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:3311404/71‑1 (MQ=255)
|
TAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > W3110S.gb/1303566‑1303696
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
