Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F3 I0 R2
|
52 |
68.8 |
5189613 |
98.4% |
5106579 |
62.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,303,633 |
G→T |
100% |
Q246Y (CAG→TAT) |
oppA → |
oligopeptide transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,303,633 | 0 | G | T | 100.0%
| 241.4
/ NA
| 80 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (42/38); total (42/38) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > W3110S.gb/1303567‑1303696
|
aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:3531735/1‑71 (MQ=255)
aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:1358643/1‑71 (MQ=255)
aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:4736784/1‑71 (MQ=255)
aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:911017/1‑71 (MQ=255)
acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc > 1:3841529/1‑71 (MQ=255)
aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGCCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:4212648/1‑71 (MQ=255)
aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:746370/71‑1 (MQ=255)
aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:2897009/71‑1 (MQ=255)
acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:106854/70‑1 (MQ=255)
cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:710831/71‑1 (MQ=255)
aaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc < 1:4416929/71‑1 (MQ=255)
tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:2837482/1‑70 (MQ=255)
tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 1:506691/71‑1 (MQ=255)
cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:2671732/1‑71 (MQ=255)
gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa < 1:4551487/70‑1 (MQ=255)
gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt < 1:4127405/71‑1 (MQ=255)
cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:4440859/1‑71 (MQ=255)
cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:2545109/1‑71 (MQ=255)
tGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt > 1:480068/1‑66 (MQ=255)
gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:2619998/1‑52 (MQ=255)
gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:3978479/68‑1 (MQ=255)
gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:3580917/68‑1 (MQ=255)
aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc < 1:2750868/70‑1 (MQ=255)
aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:1516625/71‑1 (MQ=255)
aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:1570096/1‑71 (MQ=255)
aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:1442961/1‑71 (MQ=255)
gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:3282053/71‑1 (MQ=255)
gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:3370830/71‑1 (MQ=255)
gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:1800916/71‑1 (MQ=255)
cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:2854458/1‑54 (MQ=255)
cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:5152123/71‑1 (MQ=255)
gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt < 1:4705808/54‑1 (MQ=255)
gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg < 1:2502526/71‑1 (MQ=255)
aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:5013201/1‑55 (MQ=255)
aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:4328701/1‑55 (MQ=255)
cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:2188567/1‑39 (MQ=37)
cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa < 1:2130690/61‑1 (MQ=255)
cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg < 1:13242/68‑1 (MQ=255)
tACTGGAACAACGCGATAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa < 1:2040934/68‑1 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:1269421/1‑41 (MQ=38)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:1718101/1‑59 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:4041241/1‑63 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:2103239/1‑63 (MQ=255)
aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt > 1:696622/1‑68 (MQ=255)
cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc < 1:1080446/70‑1 (MQ=255)
cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc > 1:2070975/1‑70 (MQ=255)
tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:4791990/1‑57 (MQ=255)
tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa > 1:353735/1‑56 (MQ=255)
tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa > 1:4808664/1‑71 (MQ=255)
gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:3126484/1‑38 (MQ=37)
gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:2690611/1‑41 (MQ=38)
gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:2696686/1‑41 (MQ=38)
gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:4717572/48‑1 (MQ=39)
gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:619834/48‑1 (MQ=39)
gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:456959/1‑48 (MQ=39)
gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc < 1:4578577/71‑1 (MQ=255)
acaacGCGAAAAGCGTTATTAACTATGTAACGTATTTGCCTATTGCTTCTGTAGt < 1:3149813/55‑1 (MQ=255)
acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa < 1:1649359/61‑1 (MQ=255)
acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:4313402/71‑1 (MQ=255)
acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:1647148/71‑1 (MQ=255)
caacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt > 1:487493/1‑47 (MQ=39)
aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa < 1:2006206/71‑1 (MQ=255)
acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:1325926/59‑1 (MQ=255)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:3062832/44‑1 (MQ=38)
gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc < 1:1542462/62‑1 (MQ=255)
aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAc > 1:1371352/1‑59 (MQ=255)
aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgt > 1:4818733/1‑71 (MQ=255)
aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTa > 1:1319104/1‑68 (MQ=255)
aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg < 1:1752719/70‑1 (MQ=255)
aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg < 1:2847401/70‑1 (MQ=255)
ccGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa > 1:537951/1‑40 (MQ=38)
ccGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtggt < 1:2844704/71‑1 (MQ=255)
ccGATATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa > 1:2681799/1‑40 (MQ=37)
ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:2950071/1‑40 (MQ=38)
ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:2948733/1‑40 (MQ=38)
ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAACGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaa < 1:4484541/71‑1 (MQ=255)
tattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaa > 1:4806969/1‑70 (MQ=255)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:3260428/1‑71 (MQ=255)
attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:5040622/1‑71 (MQ=255)
ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:1457020/71‑1 (MQ=255)
|
AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > W3110S.gb/1303567‑1303696
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
