Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R2
|
164 |
48.3 |
4710601 |
85.3% |
4018142 |
55.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
285,498 |
G→A |
A294T (GCC→ACC) |
yagG → |
predicted sugar transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 285,498 | 0 | G | A | 100.0%
| 244.9
/ NA
| 76 | A294T (GCC→ACC) | yagG | predicted sugar transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (36/40); total (36/40) |
ACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGA > W3110S.gb/285441‑285543
|
accaTGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCtt < 1:1938617/62‑1 (MQ=255)
ccaTGTTCGGCGCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCtt < 1:170832/61‑1 (MQ=255)
tGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAg < 1:3206952/62‑1 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGCCCGCGTCACCACCTTCAAGTg > 1:3913358/1‑62 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACTGCGTCACCACCTTCAAGTg > 1:4011664/1‑62 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGt > 1:762065/1‑61 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg > 1:4628476/1‑62 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg > 1:3428742/1‑62 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg > 1:2314986/1‑62 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg > 1:3854107/1‑62 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg < 1:2963829/62‑1 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg < 1:4426529/62‑1 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg > 1:4689390/1‑62 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg > 1:4439726/1‑62 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg < 1:1521866/62‑1 (MQ=255)
ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTg > 1:4485796/1‑62 (MQ=255)
gCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatc > 1:4692235/1‑62 (MQ=255)
gCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatc > 1:1138354/1‑62 (MQ=255)
gCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatc > 1:3503308/1‑62 (MQ=255)
gCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatc > 1:1595622/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGttcatc > 1:1643364/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:2922436/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:3089457/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:859621/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:3363165/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:4002833/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:4648363/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:1087312/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:1598315/1‑62 (MQ=255)
cGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:1563153/1‑62 (MQ=255)
ttttCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:2056171/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:27039/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:499557/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:4095474/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:2186440/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:3980549/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:2276791/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:581800/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:2291062/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:713639/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:745965/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:2519640/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:751347/60‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:3213751/60‑1 (MQ=255)
gttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:4411119/59‑1 (MQ=255)
ttGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:4311475/59‑1 (MQ=255)
gCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:2978431/48‑1 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCAGCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa > 1:2564234/1‑48 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATGATCGTCGCCTa > 1:3409917/1‑48 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcgtc > 1:2146043/1‑43 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCt > 1:788447/1‑47 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa > 1:1732291/1‑48 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa > 1:1154813/1‑48 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa > 1:4419661/1‑48 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa > 1:4686845/1‑48 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa > 1:4026752/1‑48 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa > 1:2204309/1‑48 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa > 1:3641783/1‑48 (MQ=255)
gggCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa > 1:580839/1‑48 (MQ=255)
cTTCGATCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:4324899/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:518065/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:813276/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:106059/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:1232427/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:1296198/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:4222904/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:3882685/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:3627728/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:3516270/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:3440066/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:2370638/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:3309090/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:2568302/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:3086420/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:3075309/62‑1 (MQ=255)
cTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGa < 1:2619675/62‑1 (MQ=255)
|
ACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGA > W3110S.gb/285441‑285543
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
