Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F28 I3 R2
|
24 |
47.7 |
2431847 |
96.1% |
2337004 |
60.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,489,124 |
G→A |
T41T (ACG→ACA) |
dnaN → |
DNA polymerase III, beta subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,489,124 | 0 | G | A | 98.9%
| 284.1
/ ‑4.1
| 87 | T41T (ACG→ACA) | dnaN | DNA polymerase III, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (48/38); total (48/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
CCGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCCACAC > minE/2489059‑2489190
|
ccGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTc > 1:1906521/1‑71 (MQ=255)
cGTTAGGTGTTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCg > 1:599694/1‑71 (MQ=255)
cGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCg > 1:1577562/1‑71 (MQ=255)
ttAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCt < 1:781676/71‑1 (MQ=255)
ttAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCt < 1:914469/71‑1 (MQ=255)
aGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGt > 1:285303/1‑65 (MQ=255)
aGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTg < 1:103066/70‑1 (MQ=255)
aGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:603419/1‑71 (MQ=255)
gtggtCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc < 1:1443503/70‑1 (MQ=255)
ggtCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGc < 1:2226522/64‑1 (MQ=255)
tcgtcCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTa < 1:1657046/71‑1 (MQ=255)
tACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtc > 1:331272/1‑71 (MQ=255)
tACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAt > 1:2127973/1‑70 (MQ=255)
aCGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTg > 1:1223928/1‑51 (MQ=255)
aCGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtct > 1:145996/1‑71 (MQ=255)
cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:239745/1‑57 (MQ=255)
cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:1170499/1‑58 (MQ=255)
cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc < 1:1328949/71‑1 (MQ=255)
cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc > 1:1718594/1‑71 (MQ=255)
cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc < 1:1135074/71‑1 (MQ=255)
cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtct < 1:370021/70‑1 (MQ=255)
gCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:956469/1‑56 (MQ=255)
gCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:1827278/1‑56 (MQ=255)
gCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:607974/1‑56 (MQ=255)
cTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc < 1:123103/69‑1 (MQ=255)
aCCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc > 1:2362642/1‑67 (MQ=255)
ccGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCgag < 1:2313823/69‑1 (MQ=255)
ccGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCgag < 1:2084527/69‑1 (MQ=255)
ccGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGAt < 1:9925/71‑1 (MQ=255)
gATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATg > 1:1729199/1‑70 (MQ=255)
ttCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTg < 1:2071312/41‑1 (MQ=255)
ttCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGaa < 1:2322189/71‑1 (MQ=255)
cGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtgg > 1:570849/1‑71 (MQ=255)
ggTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtgg < 1:838130/70‑1 (MQ=255)
aaTCTGCTGTTACAGGTTGCTGCCGGTACATTGTCGCTGACCg > 1:1748135/1‑43 (MQ=38)
aaTCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtggtgg > 1:1486249/1‑70 (MQ=255)
aaTCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtggtgg > 1:2122379/1‑70 (MQ=255)
aTCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCa > 1:792785/1‑71 (MQ=255)
tCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTg < 1:1477748/37‑1 (MQ=255)
tCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTg < 1:2130531/37‑1 (MQ=255)
tgctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:650776/1‑37 (MQ=255)
tgctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:510002/1‑37 (MQ=255)
tgctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:1925744/1‑37 (MQ=255)
tgctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:1769029/1‑37 (MQ=255)
ctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt > 1:542145/1‑71 (MQ=255)
ctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgt < 1:1377200/69‑1 (MQ=255)
ttACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtc < 1:2368588/43‑1 (MQ=255)
aCAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTgcgc > 1:1892549/1‑71 (MQ=255)
aCAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTgcgc > 1:114211/1‑71 (MQ=255)
aCAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTgcgc > 1:1690740/1‑71 (MQ=255)
aGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt > 1:1396272/1‑64 (MQ=255)
aGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt < 1:1253593/64‑1 (MQ=255)
aGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt > 1:665142/1‑64 (MQ=255)
ggTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtggtg < 1:1453651/55‑1 (MQ=255)
ggTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTgg < 1:2097482/71‑1 (MQ=255)
ggTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTgg < 1:216609/71‑1 (MQ=255)
ttGCTGACGGTACGTTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt < 1:354389/71‑1 (MQ=255)
ttGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt < 1:929736/71‑1 (MQ=255)
ttGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt < 1:1707097/71‑1 (MQ=255)
tGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt > 1:418917/1‑70 (MQ=255)
tGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt > 1:636840/1‑70 (MQ=255)
gCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTc < 1:2145051/70‑1 (MQ=255)
cTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt < 1:1711397/58‑1 (MQ=255)
cTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAg > 1:251980/1‑71 (MQ=255)
tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:111929/53‑1 (MQ=255)
tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:1371237/53‑1 (MQ=255)
tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:1472996/53‑1 (MQ=255)
tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:637218/53‑1 (MQ=255)
tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:1815667/53‑1 (MQ=255)
tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTgg < 1:2152221/65‑1 (MQ=255)
aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTgg > 1:522442/1‑63 (MQ=255)
aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGc < 1:556245/69‑1 (MQ=255)
aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:194275/1‑71 (MQ=255)
aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:1600751/1‑71 (MQ=255)
aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:1246741/1‑71 (MQ=255)
aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:1433623/1‑71 (MQ=255)
aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:1430824/1‑71 (MQ=255)
aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:268573/1‑71 (MQ=255)
aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:2152296/1‑71 (MQ=255)
cGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:2019887/1‑70 (MQ=255)
cGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:915630/1‑70 (MQ=255)
ggTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCcaca > 1:1645249/1‑71 (MQ=255)
gTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCCacac < 1:2083338/71‑1 (MQ=255)
gTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCCacac < 1:1466271/71‑1 (MQ=255)
tACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTc > 1:2393564/1‑62 (MQ=255)
tACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTc < 1:70515/62‑1 (MQ=255)
tACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTc > 1:430303/1‑62 (MQ=255)
|
CCGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCCACAC > minE/2489059‑2489190
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
