Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F28 I3 R1 176 0.0 1562086 58.2% 909134 66.5

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,099,149 A→G T130A (ACA→GCA)  ydiM → predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,099,1490AG100.0% 522.6 / NA 144T130A (ACA→GCA) ydiMpredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/144);  total (0/144)

Only 100 of 144 total aligned reads displayed.

GCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGACAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTT  >  minE/1099105‑1099175
                                            |                          
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:446948/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:639936/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:62083/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:607805/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:592445/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:562880/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:542606/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:525754/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:498518/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:493074/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:487418/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:482945/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:642437/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:408972/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:402390/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:39157/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:379071/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:351222/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:347820/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:320149/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:318489/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1003919/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:293675/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:286503/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:848183/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:937002/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:934781/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:928185/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:924184/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:920742/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:897337/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:893593/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:884051/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:86245/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:862332/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:856945/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:318377/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:823717/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:821174/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:804090/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:791761/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:778601/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:738081/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:730694/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:71746/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:70756/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:658675/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1202844/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1461656/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1461293/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1427935/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1388523/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:132151/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1251995/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1222782/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1218082/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1206217/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:242521/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1157515/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1151090/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1118949/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:109091/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1042344/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1040804/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1023468/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1018030/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1480575/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:248540/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:237449/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:229066/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:218657/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:19963/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:193966/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:187848/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:167427/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:157702/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1538446/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1528877/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1518783/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1469791/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1502075/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1485244/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1490564/71‑1 (MQ=255)
gCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCCCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:66996/71‑1 (MQ=255)
 cACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:717900/70‑1 (MQ=255)
 cACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1298241/70‑1 (MQ=255)
 cACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:81111/70‑1 (MQ=255)
 cACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1198378/70‑1 (MQ=255)
 cACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:930044/70‑1 (MQ=255)
  aCTTTTCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:806956/69‑1 (MQ=255)
  aCTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1069435/69‑1 (MQ=255)
            gTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1380143/59‑1 (MQ=255)
             tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:124752/58‑1 (MQ=255)
             tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1433716/58‑1 (MQ=255)
              ttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1343715/57‑1 (MQ=255)
               tGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1421539/56‑1 (MQ=255)
                  tGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:366147/53‑1 (MQ=255)
                      aGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1292985/49‑1 (MQ=255)
                            tCCAGGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1216667/43‑1 (MQ=255)
                                  cTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAttt  <  1:1109901/37‑1 (MQ=255)
                                            |                          
GCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGACAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTT  >  minE/1099105‑1099175

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A