Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R1
|
122 |
92.7 |
4382561 |
94.3% |
4132755 |
66.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,099,149 |
A→G |
T130A (ACA→GCA) |
ydiM → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,099,149 | 0 | A | G | 98.8%
| 304.2
/ ‑4.1
| 81 | T130A (ACA→GCA) | ydiM | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (49/31); total (49/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
TGGCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGACAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTACCGCTAATC > minE/1099081‑1099208
|
tGGCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCa < 1:307072/71‑1 (MQ=255)
tGGCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCa < 1:2835329/71‑1 (MQ=255)
tGGCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCa < 1:4273287/71‑1 (MQ=255)
tGGCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCa < 1:2087005/71‑1 (MQ=255)
tGGCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCa < 1:192871/71‑1 (MQ=255)
gCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGc > 1:3686556/1‑71 (MQ=255)
gCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGc > 1:3449099/1‑71 (MQ=255)
gCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGc > 1:3073291/1‑71 (MQ=255)
gCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGc > 1:435598/1‑71 (MQ=255)
gCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGc > 1:4381364/1‑71 (MQ=255)
aaCAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCaa < 1:4355323/71‑1 (MQ=255)
cAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGACAGCCAATATTTTAATTAAAGc < 1:761609/70‑1 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTaaa > 1:4138217/1‑60 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTaaa > 1:4379531/1‑60 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTaaa > 1:2008784/1‑60 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAg > 1:1802680/1‑61 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAg > 1:2477758/1‑61 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAg > 1:1498160/1‑61 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAg > 1:1570461/1‑61 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAg > 1:3061838/1‑61 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAg > 1:1784206/1‑61 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAg > 1:1849361/1‑61 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAg > 1:1193981/1‑61 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTc > 1:1331303/1‑71 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTc > 1:1733403/1‑71 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACATGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAg > 1:1789370/1‑61 (MQ=255)
tATCCCAGTTTGATGGAAGATTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTc > 1:4309170/1‑71 (MQ=255)
aTCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTc > 1:4227661/1‑70 (MQ=255)
aTCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTc > 1:1295551/1‑70 (MQ=255)
aTCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTc > 1:1829848/1‑70 (MQ=255)
aTCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTc > 1:1288794/1‑70 (MQ=255)
aTCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCA‑TTGTTTc > 1:1445414/1‑69 (MQ=255)
aTCACAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACGTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTc > 1:1538937/1‑70 (MQ=255)
ccAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAg > 1:2868107/1‑70 (MQ=255)
ccAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAg > 1:3111063/1‑70 (MQ=255)
tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCAtttat < 1:4090118/60‑3 (MQ=255)
tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGt < 1:3293640/60‑1 (MQ=255)
tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGt < 1:429129/60‑1 (MQ=255)
tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGt < 1:4035210/60‑1 (MQ=255)
tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGt < 1:2609932/60‑1 (MQ=255)
tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGt < 1:196261/60‑1 (MQ=255)
tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGt < 1:1730167/60‑1 (MQ=255)
tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGt < 1:203514/60‑1 (MQ=255)
tttGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGt < 1:539560/60‑1 (MQ=255)
tGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGt < 1:1921921/58‑1 (MQ=255)
aTGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGc < 1:98278/50‑1 (MQ=255)
gAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAAtttt > 1:4060421/1‑70 (MQ=255)
gAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAAtttt > 1:375277/1‑70 (MQ=255)
gAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAAtttt > 1:3056139/1‑70 (MQ=255)
gAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAAtttt > 1:2007995/1‑70 (MQ=255)
gAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAAtttt > 1:3742069/1‑70 (MQ=255)
gAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAAtttt > 1:2787937/1‑70 (MQ=255)
gAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAAtttt > 1:3389555/1‑70 (MQ=255)
gAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAAtttt > 1:3612207/1‑70 (MQ=255)
gAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGAGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAAtttt > 1:2055150/1‑70 (MQ=255)
aGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttat > 1:1827865/1‑71 (MQ=255)
aGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttat > 1:533652/1‑71 (MQ=255)
aGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttat > 1:373309/1‑71 (MQ=255)
aGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttat > 1:3342416/1‑71 (MQ=255)
aGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttat > 1:3053737/1‑71 (MQ=255)
aGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttat > 1:2093752/1‑71 (MQ=255)
aGCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttat > 1:2200194/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCGGCGGACAATTTttatt < 1:2896813/71‑1 (MQ=255)
gCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttatt < 1:696019/71‑1 (MQ=255)
gCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttatt < 1:2790738/71‑1 (MQ=255)
gCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttatt < 1:2281979/71‑1 (MQ=255)
gCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttatt < 1:1961545/71‑1 (MQ=255)
gCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttatt < 1:185682/71‑1 (MQ=255)
gCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttatt < 1:1236082/71‑1 (MQ=255)
gCTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttatt < 1:1134095/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTttatta > 1:2469127/1‑71 (MQ=255)
tttCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTAcc > 1:2940948/1‑71 (MQ=255)
tttCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTAcc > 1:2798397/1‑71 (MQ=255)
tttCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTAcc > 1:2025011/1‑71 (MQ=255)
tttCCACGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTAcc > 1:824457/1‑71 (MQ=255)
cGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTACCGCTAAt < 1:4158954/71‑1 (MQ=255)
cGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTACCGCTAAt < 1:2017509/71‑1 (MQ=255)
cGCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTACCGCTAAt < 1:724980/71‑1 (MQ=255)
gCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTACCGCTAAt < 1:1985658/70‑1 (MQ=255)
gCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTACCGCTAAt < 1:1213583/70‑1 (MQ=255)
gCTCACCTGGGGCAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTACCGCTAATc < 1:1073357/71‑1 (MQ=255)
|
TGGCAAACAGTTTTCTCGATGCAGGCACTTATCCCAGTTTGATGGAAGCTTTTCCACGCTCACCTGGGACAGCCAATATTTTAATTAAAGCATTTGTTTCCAGCGGACAATTTTTATTACCGCTAATC > minE/1099081‑1099208
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
