Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F3 I0 R2
|
232 |
76.3 |
4135488 |
90.9% |
3759158 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
374,214 |
G→A |
29.3% |
G355D (GGT→GAT) |
fepE → |
regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 374,214 | 0 | G | A | 29.3%
| 144.3
/ 72.6
| 92 | G355D (GGT→GAT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/25); new base A (11/16); total (51/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
AAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTT > minE/374144‑374282
|
aaaaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtgg > 1:3973715/1‑71 (MQ=255)
aaaaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtgg > 1:3598562/1‑71 (MQ=255)
aaaaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtgg > 1:3226864/1‑71 (MQ=255)
aaaaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtgg > 1:1226885/1‑71 (MQ=255)
aaaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtggt < 1:437116/71‑1 (MQ=255)
aaaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtggt < 1:1167731/71‑1 (MQ=255)
aaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtggtg > 1:3445156/1‑71 (MQ=255)
cGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGc < 1:2061092/71‑1 (MQ=255)
ggTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTgcg > 1:251236/1‑71 (MQ=255)
ggTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGAGCTGTTgcg > 1:2525535/1‑71 (MQ=255)
gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTgcgc < 1:1744979/71‑1 (MQ=255)
tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc > 1:2105460/1‑70 (MQ=255)
tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc > 1:113329/1‑70 (MQ=255)
tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc > 1:1512448/1‑70 (MQ=255)
aaGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTa > 1:3648511/1‑71 (MQ=255)
aaGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTa > 1:2389674/1‑71 (MQ=255)
aaGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTa > 1:3499671/1‑71 (MQ=255)
aaGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTa > 1:1054176/1‑71 (MQ=255)
aTCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATc > 1:902306/1‑68 (MQ=255)
aTCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATc > 1:3730835/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCGGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTa > 1:531951/1‑54 (MQ=255)
ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTa > 1:1451486/1‑54 (MQ=255)
ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTa > 1:1327272/1‑54 (MQ=255)
ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTa > 1:814098/1‑54 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt < 1:135819/46‑1 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt < 1:1838159/46‑1 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt < 1:711779/46‑1 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt < 1:2733291/46‑1 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa > 1:1733732/1‑70 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa > 1:358306/1‑70 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa < 1:592642/70‑1 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa > 1:1269125/1‑70 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa > 1:3599069/1‑70 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGCCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt < 1:3352705/46‑1 (MQ=255)
tttCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt < 1:3338987/45‑1 (MQ=255)
cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg > 1:2777973/1‑70 (MQ=255)
cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:2212452/70‑1 (MQ=255)
cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:3661407/70‑1 (MQ=255)
cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:366239/70‑1 (MQ=255)
cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg > 1:853139/1‑70 (MQ=255)
gTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCt < 1:1834380/36‑1 (MQ=255)
ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc < 1:3685020/71‑1 (MQ=255)
ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc < 1:1703591/71‑1 (MQ=255)
ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc < 1:3746773/71‑1 (MQ=255)
ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc < 1:3771194/71‑1 (MQ=255)
ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc < 1:339083/71‑1 (MQ=255)
tGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt > 1:3530493/1‑36 (MQ=255)
tGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt > 1:1357026/1‑36 (MQ=255)
tGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt > 1:607313/1‑36 (MQ=255)
tGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc > 1:4053789/1‑70 (MQ=255)
tGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCt > 1:921389/1‑42 (MQ=255)
tGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCt > 1:243176/1‑42 (MQ=255)
tGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCt > 1:2518818/1‑42 (MQ=255)
gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa > 1:1199657/1‑71 (MQ=255)
gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa > 1:3370923/1‑71 (MQ=255)
aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGTCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:2752857/71‑1 (MQ=255)
aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:397645/71‑1 (MQ=255)
aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:31223/71‑1 (MQ=255)
aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:1595094/71‑1 (MQ=255)
aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:2564628/71‑1 (MQ=255)
tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat > 1:837362/1‑70 (MQ=255)
tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat > 1:2685670/1‑70 (MQ=255)
tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat > 1:402480/1‑70 (MQ=255)
tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGGGCTGTTGCGCTATGCg < 1:26287/44‑1 (MQ=255)
tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:3636047/70‑1 (MQ=255)
ggcggGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgat < 1:2962084/71‑1 (MQ=255)
gATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAg < 1:1690207/71‑1 (MQ=255)
gATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAg < 1:1309031/71‑1 (MQ=255)
aTGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGa > 1:2640129/1‑56 (MQ=255)
aTGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGa > 1:816655/1‑56 (MQ=255)
aTGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGa > 1:2001397/1‑56 (MQ=255)
aTGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAg < 1:1383050/70‑1 (MQ=255)
tggtggCTTTTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATgg < 1:1828979/66‑1 (MQ=255)
tggtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATgg < 1:2493842/66‑1 (MQ=255)
tggtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATgg < 1:2196206/66‑1 (MQ=255)
tggtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATgg < 1:869935/66‑1 (MQ=255)
tggtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATgg < 1:1098220/66‑1 (MQ=255)
gtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa > 1:1041864/1‑48 (MQ=255)
gtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCa > 1:1239493/1‑66 (MQ=255)
gtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCa > 1:1610293/1‑66 (MQ=255)
gtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGa > 1:3792593/1‑68 (MQ=255)
gtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGa > 1:1360123/1‑68 (MQ=255)
gtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGa > 1:683939/1‑68 (MQ=255)
gtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGa > 1:1565780/1‑68 (MQ=255)
gtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGa > 1:823743/1‑68 (MQ=255)
gtggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGa > 1:1158763/1‑68 (MQ=255)
gtggCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCa > 1:3298410/1‑71 (MQ=255)
tggCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAAc < 1:1712494/48‑1 (MQ=255)
cTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:377348/55‑1 (MQ=255)
gtggtgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGtt > 1:1366070/1‑71 (MQ=255)
gtggtgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGtt > 1:3703717/1‑71 (MQ=255)
gtggtgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGAAGCCATGATGGCAGACCACTTAGtt > 1:3757952/1‑71 (MQ=255)
gtgatgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTa > 1:571178/1‑68 (MQ=255)
gtgatgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTa > 1:2987993/1‑68 (MQ=255)
gtgatgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTa > 1:90210/1‑68 (MQ=255)
tggtggCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGttt < 1:2740131/71‑1 (MQ=255)
tggtggCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGttt < 1:2527461/71‑1 (MQ=255)
tggtggCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGttt < 1:2507458/71‑1 (MQ=255)
tggtggCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGttt < 1:228314/71‑1 (MQ=255)
tggtggCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGttt < 1:1217751/71‑1 (MQ=255)
|
AAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTT > minE/374144‑374282
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
