Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F17 I0 R2
|
278 |
43.2 |
2215644 |
94.6% |
2095999 |
61.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
374,214 |
G→A |
25.0% |
G355D (GGT→GAT) |
fepE → |
regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 374,214 | 0 | G | A | 25.0%
| 80.5
/ 25.6
| 44 | G355D (GGT→GAT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/17); new base A (5/6); total (21/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 |
AAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAG > minE/374144‑374279
|
aaaaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtgg > 1:2068290/1‑71 (MQ=255)
aaaaGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTgtggtg > 1:704879/1‑71 (MQ=255)
gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt < 1:1125662/71‑1 (MQ=255)
aCGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTg > 1:2081518/1‑71 (MQ=255)
aCGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTg > 1:733972/1‑71 (MQ=255)
cGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGc > 1:1625623/1‑71 (MQ=255)
gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc > 1:1663950/1‑71 (MQ=255)
gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGAGTGCTGTTgcgc > 1:1245405/1‑71 (MQ=255)
tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTgcgc > 1:130500/1‑70 (MQ=255)
ggCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATg > 1:2140062/1‑71 (MQ=255)
gCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:1250003/71‑1 (MQ=255)
cGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGGGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:482570/70‑1 (MQ=255)
tattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGCCGTGCTGTTGCGCt > 1:1852263/1‑62 (MQ=255)
ttGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:1664776/66‑1 (MQ=255)
ttGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:967559/66‑1 (MQ=255)
ttGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGc < 1:1306948/70‑1 (MQ=255)
gtgATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGc > 1:970078/1‑49 (MQ=255)
gtgATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGc > 1:1942563/1‑49 (MQ=255)
aTCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATc > 1:1756726/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGa > 1:695028/1‑70 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGt < 1:799326/46‑1 (MQ=255)
cTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGAt > 1:2122479/1‑59 (MQ=255)
tttCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:1925630/57‑1 (MQ=255)
tttCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:1925480/57‑1 (MQ=255)
tttCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:1812145/57‑1 (MQ=255)
tCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTg > 1:1497473/1‑42 (MQ=255)
tCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTg > 1:899376/1‑42 (MQ=255)
tCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAAc < 1:1897616/70‑1 (MQ=255)
cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGGGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:2211991/70‑1 (MQ=255)
cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:606837/70‑1 (MQ=255)
cgcgTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:1058768/70‑1 (MQ=255)
gTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc < 1:787224/43‑1 (MQ=255)
ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa < 1:752363/63‑1 (MQ=255)
ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa < 1:1103777/63‑1 (MQ=255)
ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg < 1:1830221/66‑1 (MQ=255)
gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc > 1:527141/1‑45 (MQ=255)
ggcggGATGGTGGCTTGTGATGGCTTGCTGTTGCGCTATGc < 1:255716/41‑1 (MQ=38)
gcggGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgatg < 1:913768/71‑1 (MQ=255)
aTGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGc > 1:1562259/1‑68 (MQ=255)
aTGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGc > 1:1146277/1‑68 (MQ=255)
gtggCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGAcc < 1:252041/70‑1 (MQ=255)
gtggCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGAcc < 1:847930/70‑1 (MQ=255)
gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCGAGaa < 1:1048835/43‑1 (MQ=255)
ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAg > 1:513292/1‑71 (MQ=255)
ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAg > 1:1929948/1‑71 (MQ=255)
ttGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAg > 1:1210830/1‑71 (MQ=255)
ggtggCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAg > 1:1320389/1‑42 (MQ=255)
|
AAAAAAGACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAG > minE/374144‑374279
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
