Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A2 F8 I0 R2	296	77.6	4260404	88.1%	3753415	61.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	374,214	G→A	57.4%	G355D (GGT→GAT)	fepE →	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	374,214	0	G	A	57.4%	29.9 / 87.2	68	G355D (GGT→GAT)	fepE	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/14); new base A (19/20); total (34/34)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTT  >  minE/374150‑374282

gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTTGCGt                                                                >  1:2466496/1‑71 (MQ=255)

gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt                                                                >  1:2212197/1‑71 (MQ=255)

gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt                                                                >  1:212143/1‑71 (MQ=255)

gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt                                                                >  1:4226407/1‑71 (MQ=255)

   ggTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCt                                                             <  1:3872437/71‑1 (MQ=255)

      ccGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt                                                                >  1:2073981/1‑65 (MQ=255)

      ccGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGtt                                                          >  1:810062/1‑71 (MQ=255)

      ccGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGtt                                                          >  1:119698/1‑71 (MQ=255)

      ccGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGtt                                                          >  1:4060048/1‑71 (MQ=255)

       cGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTg                                                         <  1:1567107/71‑1 (MQ=255)

       cGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTg                                                         >  1:2363902/1‑71 (MQ=255)

       cGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTg                                                         >  1:2526054/1‑71 (MQ=255)

          gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc                                                      <  1:1007739/71‑1 (MQ=255)

          gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc                                                      <  1:2967370/71‑1 (MQ=255)

          gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc                                                      <  1:3607738/71‑1 (MQ=255)

          gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTgcgc                                                      <  1:3294259/71‑1 (MQ=255)

           tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGt                                                           >  1:3538105/1‑65 (MQ=255)

           tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGt                                                           >  1:2329090/1‑65 (MQ=255)

           tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGt                                                           >  1:2333564/1‑65 (MQ=255)

           tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGt                                                           >  1:804535/1‑65 (MQ=255)

             aGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTa                                                    <  1:1953809/70‑1 (MQ=255)

              ggCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTa                                                    <  1:3087064/69‑1 (MQ=255)

                  attattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa                                               <  1:1973239/70‑1 (MQ=255)

                   ttattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATg                                             <  1:2046740/71‑1 (MQ=255)

                    tattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATgg                                            >  1:1880578/1‑71 (MQ=255)

                    tattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATg                                             <  1:1325950/70‑1 (MQ=255)

                      ttGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCa                                          <  1:288491/71‑1 (MQ=255)

                             ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGa                                    >  1:1507182/1‑70 (MQ=255)

                             ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGa                                    >  1:390443/1‑70 (MQ=255)

                             ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGa                                    >  1:2217754/1‑70 (MQ=255)

                                 tCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa                                 <  1:2129557/69‑1 (MQ=255)

                                       ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc                         <  1:83374/71‑1 (MQ=255)

                                       ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa                                 <  1:3131984/63‑1 (MQ=255)

                                       ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa                                 <  1:706150/63‑1 (MQ=255)

                                       ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa                                 <  1:1883821/63‑1 (MQ=255)

                                       ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa                                   <  1:1016132/61‑1 (MQ=255)

                                       ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa                                   <  1:2546689/61‑1 (MQ=255)

                                       ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa                                   <  1:2825385/61‑1 (MQ=255)

                                        tGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc                         >  1:1082953/1‑70 (MQ=255)

                                         gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa                       >  1:1481131/1‑71 (MQ=255)

                                         gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa                       >  1:3834822/1‑71 (MQ=255)

                                         gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa                                 >  1:1973327/1‑61 (MQ=255)

                                         gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa                                 >  1:3023712/1‑61 (MQ=255)

                                         gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa                                 >  1:2440516/1‑61 (MQ=255)

                                         gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa                                 >  1:1658580/1‑61 (MQ=255)

                                         gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa                                 >  1:1532421/1‑61 (MQ=255)

                                         gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa                       >  1:3497518/1‑71 (MQ=255)

                                         gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa                       >  1:2132587/1‑71 (MQ=255)

                                          aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTtcgc                                                      <  1:2395478/39‑1 (MQ=38)

                                          aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATgg                                            <  1:2986889/49‑1 (MQ=255)

                                          aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATgg                                            <  1:1685953/49‑1 (MQ=255)

                                          aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACATGATGCCat                      <  1:3726712/71‑1 (MQ=255)

                                          aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACATGATGCCat                      <  1:3722008/71‑1 (MQ=255)

                                          aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      <  1:3979834/71‑1 (MQ=255)

                                          aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      <  1:619008/71‑1 (MQ=255)

                                           tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATc                                        >  1:3763711/1‑52 (MQ=255)

                                           tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      >  1:748618/1‑70 (MQ=255)

                                           tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      >  1:1405901/1‑70 (MQ=255)

                                           tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      >  1:679121/1‑70 (MQ=255)

                                           tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCACAAAACAGGATGCCat                      >  1:1877398/1‑70 (MQ=255)

                                             ggcggGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgat                   >  1:3734207/1‑71 (MQ=255)

                                               ctggATTGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      <  1:2067339/64‑1 (MQ=255)

                                                 ggATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCa               <  1:1824449/71‑1 (MQ=255)

                                                           ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      <  1:1303150/54‑1 (MQ=255)

                                                           ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      <  1:4212638/54‑1 (MQ=255)

                                                           ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      <  1:1332229/54‑1 (MQ=255)

                                                           ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      <  1:3851667/54‑1 (MQ=255)

                                                           ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      <  1:1659937/54‑1 (MQ=255)

                                                             gtggtgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGtt   >  1:1041197/1‑71 (MQ=255)

                                                             gtggtgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGt    <  1:700495/70‑1 (MQ=255)

                                                             gtgatgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                      <  1:504574/52‑1 (MQ=255)

                                                              tggtggCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGttt  <  1:2624625/71‑1 (MQ=255)

GACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTT  >  minE/374150‑374282

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A