Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R1
|
122 |
92.7 |
4382561 |
94.3% |
4132755 |
66.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,013,547 |
G→A |
R245C (CGC→TGC) |
fumC ← |
fumarate hydratase (fumarase C), aerobic Class II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,013,547 | 0 | G | A | 100.0%
| 182.5
/ NA
| 55 | R245C (CGC→TGC) | fumC | fumarate hydratase (fumarase C), aerobic Class II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (29/26); total (29/26) |
GCTTCAAATTTGTTCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCGACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTCCG > minE/1013480‑1013612
|
gcTTCAAATTTGTTCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTacgcaacg > 1:3160511/1‑71 (MQ=255)
gcTTCAAATTTGTTCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTacgcaacg > 1:3004901/1‑71 (MQ=255)
gcTTCAAATTTGTTCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTacgcaacg > 1:2746801/1‑71 (MQ=255)
gcTTCAAATTTGTTCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTacgcaacg > 1:1806320/1‑71 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:1040073/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:786116/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:740766/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:718727/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:3756944/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:3311935/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:2911113/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:2878674/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:2739415/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:255084/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:238696/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:2021418/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:1314774/70‑1 (MQ=255)
ttCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:1198830/70‑1 (MQ=255)
tCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCg < 1:590636/69‑1 (MQ=255)
cgcgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATggg > 1:4058256/1‑71 (MQ=255)
cgcgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATggg > 1:3456653/1‑71 (MQ=255)
cgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:4318896/71‑1 (MQ=255)
cgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:2385945/71‑1 (MQ=255)
cgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:2395574/71‑1 (MQ=255)
cgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:2498783/71‑1 (MQ=255)
cgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:4300760/71‑1 (MQ=255)
cgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:2652992/71‑1 (MQ=255)
cgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:1238660/71‑1 (MQ=255)
cgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:2874409/71‑1 (MQ=255)
cgGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:149664/71‑1 (MQ=255)
ggTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGTGTa < 1:2222406/70‑1 (MQ=255)
ggTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTa < 1:2704998/70‑1 (MQ=255)
gACTGCGAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:2843/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:805470/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:1693492/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:1745578/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:1800518/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:2527185/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:1862978/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:361683/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:3835724/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:54960/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:3920474/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:2091606/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:525888/1‑71 (MQ=255)
gACTGCCAGTTCATCTGCTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTAc > 1:4352973/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:928973/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:622070/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:1004161/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:4117343/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:3882135/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:3520294/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:3504232/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:3466503/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:1505918/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:3035860/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:153693/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTcc > 1:192947/1‑71 (MQ=255)
cTACGCAACGCGCATACT‑CGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTCCg > 1:4155283/1‑71 (MQ=255)
|
GCTTCAAATTTGTTCGGCGCGGTAACAAACGGTGCACAGGTAATGACTGCCAGTTCATCTGCTACGCGACGCGCATACTCCGGATGGGTATTTAGTCCAGTACCCACCGCTGTACCGCCAAGAGCCAGTTCCG > minE/1013480‑1013612
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
