Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,989,682 C→T intergenic (+26/‑242) ygeF → / → ygeG hypothetical protein/predicted chaperone

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,989,6820CT100.0% 412.2 / NA 108intergenic (+26/‑242)ygeF/ygeGhypothetical protein/predicted chaperone
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (108/0);  total (108/0)

Only 100 of 108 total aligned reads displayed.

CCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGT  >  W3110S.gb/2989623‑2989687
                                                           |     
ccatctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:244019/4‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGGAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:869235/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAgg   >  1:360026/1‑64 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAgg   >  1:1419016/1‑64 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAgg   >  1:773509/1‑64 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAgg   >  1:1146341/1‑64 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:507764/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:366548/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:379489/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:385901/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:460724/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:480860/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:307056/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:516042/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:530281/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:534068/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:543281/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:309238/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:577682/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:289538/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:283271/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:282257/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:27244/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:270220/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:248035/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:246058/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:240336/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:215502/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:699841/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:899559/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:860958/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:857199/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:835005/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:834910/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:822136/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:820887/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:812986/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:805634/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:735692/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:702833/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:54425/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:699789/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:674058/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:64466/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:636445/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:632315/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:60986/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:589027/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:579174/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:208494/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:561570/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1223059/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1016474/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1487801/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1415123/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1380216/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1362592/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1356016/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1294048/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:129256/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1271196/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1252065/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:124295/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1493903/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1174480/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1157452/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1119840/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1117688/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1084563/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1069790/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1062805/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:105631/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:103481/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1027109/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1026421/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1681288/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1875940/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1850917/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1794623/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1792875/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:178300/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:178124/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1779216/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1731770/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1729946/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1703806/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1701459/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1695693/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1518464/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1642770/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1634248/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1626334/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1613942/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1574965/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1553390/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1552632/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1531510/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGt  >  1:1529066/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTAAGGt  >  1:6356/1‑65 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATAGATACTATGAATTCAgg   >  1:1325369/1‑64 (MQ=255)
                                                           |     
CCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGT  >  W3110S.gb/2989623‑2989687

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A