Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I0 R1
|
560 |
56.4 |
4650532 |
94.9% |
4413354 |
59.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,989,682 |
C→T |
16.0% |
intergenic (+26/‑242) |
ygeF → / → ygeG |
hypothetical protein/predicted chaperone |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,989,682 | 0 | C | T | 16.0%
| 123.8
/ 15.0
| 50 | intergenic (+26/‑242) | ygeF/ygeG | hypothetical protein/predicted chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/16); new base T (4/4); total (30/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
GACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAA > W3110S.gb/2989613‑2989751
|
gACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:3244478/71‑1 (MQ=255)
tCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGt > 1:1544186/1‑70 (MQ=255)
cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATa < 1:6096/70‑1 (MQ=255)
ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca < 1:4489045/69‑1 (MQ=255)
cAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt > 1:3610935/1‑69 (MQ=255)
aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:1399577/68‑1 (MQ=255)
aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:4052399/68‑1 (MQ=255)
aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAg > 1:1770652/1‑71 (MQ=255)
aaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAgg > 1:3799858/1‑71 (MQ=255)
aaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCAAGGTCATACACATTAAgg > 1:2850334/1‑70 (MQ=255)
aaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCa < 1:4420683/71‑1 (MQ=255)
cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:4443173/1‑71 (MQ=255)
ttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt > 1:2848574/1‑70 (MQ=255)
tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:66828/69‑1 (MQ=255)
tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:20429/69‑1 (MQ=255)
ttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca > 1:4027953/1‑53 (MQ=255)
ttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca > 1:1763727/1‑53 (MQ=255)
tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATa > 1:1751243/1‑48 (MQ=255)
ttttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:3498660/59‑1 (MQ=255)
tttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCg > 1:4061323/1‑70 (MQ=255)
tCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTaa > 1:1973469/1‑71 (MQ=255)
cATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTaa > 1:4517846/1‑49 (MQ=255)
aTTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:2143214/42‑1 (MQ=255)
tGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca > 1:402663/1‑42 (MQ=255)
gAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATa > 1:2589409/1‑37 (MQ=255)
gAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAAt > 1:4001408/1‑67 (MQ=255)
aaaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAAt > 1:1861816/1‑66 (MQ=255)
aaaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTa < 1:30501/68‑1 (MQ=255)
aaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:3090424/71‑1 (MQ=255)
aaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAAt > 1:28465/1‑54 (MQ=255)
aaTTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaataa < 1:3073304/71‑1 (MQ=255)
ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:14419/60‑1 (MQ=255)
gATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:580912/1‑38 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:3349687/1‑38 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt > 1:2234656/1‑49 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:3789048/1‑70 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:4066292/1‑70 (MQ=255)
aTACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGa < 1:361482/71‑1 (MQ=255)
aCTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa > 1:2951438/1‑70 (MQ=255)
cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2457406/37‑1 (MQ=255)
cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:577458/69‑1 (MQ=255)
tATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt < 1:4098330/41‑1 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCTTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:2106964/1‑70 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:3910941/1‑69 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:516292/1‑69 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:2737299/1‑69 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATAtt < 1:1963432/70‑1 (MQ=255)
aaTCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaataa > 1:3056234/1‑58 (MQ=255)
aaTCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAg > 1:2744390/1‑70 (MQ=255)
tCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg < 1:1161425/45‑1 (MQ=255)
tCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTaa < 1:1417207/71‑1 (MQ=255)
|
GACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAA > W3110S.gb/2989613‑2989751
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
