Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I0 R1
|
476 |
35.3 |
2812105 |
96.7% |
2719305 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,989,682 |
C→T |
7.7% |
intergenic (+26/‑242) |
ygeF → / → ygeG |
hypothetical protein/predicted chaperone |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,989,682 | 0 | C | T | 7.7%
| 198.0
/ 5.7
| 65 | intergenic (+26/‑242) | ygeF/ygeG | hypothetical protein/predicted chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/31); new base T (3/2); total (32/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
CGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAA > W3110S.gb/2989612‑2989751
|
cGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc < 1:2252756/71‑1 (MQ=255)
gACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:788513/71‑1 (MQ=255)
cTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGt > 1:1171231/1‑70 (MQ=255)
cTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa > 1:1762849/1‑71 (MQ=255)
cTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa > 1:768573/1‑71 (MQ=255)
tACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa > 1:559361/1‑70 (MQ=255)
cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCATGTCATa < 1:2670651/70‑1 (MQ=255)
cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATa < 1:1026888/70‑1 (MQ=255)
cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATa < 1:1663728/70‑1 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:598206/71‑1 (MQ=255)
cTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAg > 1:1424269/1‑62 (MQ=255)
ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAt > 1:2501856/1‑70 (MQ=255)
tcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:2763859/66‑1 (MQ=255)
tcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAt > 1:239119/1‑69 (MQ=255)
tCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:797121/71‑1 (MQ=255)
tttttAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAgg < 1:1330098/62‑1 (MQ=255)
tttAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACAGATTAAGGCATTTATg < 1:952980/68‑1 (MQ=255)
tttAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:545244/69‑1 (MQ=255)
ttCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAg > 1:2016846/1‑52 (MQ=255)
ttCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt < 1:21759/70‑1 (MQ=255)
aaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:790297/71‑1 (MQ=255)
aaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATa < 1:1523314/71‑1 (MQ=255)
aTGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATaa > 1:1394838/1‑69 (MQ=255)
aTGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAAc > 1:1459972/1‑70 (MQ=255)
aTGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTAATGTAATGTCGTAATTAAGATAAc > 1:525361/1‑70 (MQ=255)
aTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAAc > 1:1394420/1‑70 (MQ=255)
aaTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:1251063/40‑1 (MQ=255)
aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg < 1:2203128/43‑1 (MQ=255)
aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg < 1:1144429/43‑1 (MQ=255)
aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg < 1:1216438/43‑1 (MQ=255)
aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg < 1:1707812/43‑1 (MQ=255)
aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:2348417/61‑1 (MQ=255)
ttGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2224858/43‑1 (MQ=255)
ttGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2063798/43‑1 (MQ=255)
ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:44945/38‑1 (MQ=255)
ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:2384182/38‑1 (MQ=255)
ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:2435812/1‑40 (MQ=255)
ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:1136053/1‑40 (MQ=255)
ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:2283102/60‑1 (MQ=255)
tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2778460/1‑57 (MQ=255)
tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATaa > 1:495761/1‑61 (MQ=255)
tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:1330311/1‑71 (MQ=255)
tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:746740/1‑71 (MQ=255)
tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:604556/1‑71 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTaa > 1:72377/1‑43 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2340755/1‑56 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATaa > 1:783666/1‑60 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:1829537/1‑70 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:305905/1‑70 (MQ=255)
tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:1815115/71‑1 (MQ=255)
tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:2098405/71‑1 (MQ=255)
tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:2548043/71‑1 (MQ=255)
aCTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTaa > 1:1741290/1‑48 (MQ=255)
cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaataa < 1:1177443/63‑1 (MQ=255)
cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaa < 1:476324/60‑1 (MQ=255)
cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAata > 1:2083130/1‑71 (MQ=255)
tATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa < 1:1746854/50‑1 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAAt > 1:2274375/1‑38 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATaa > 1:1711011/1‑54 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaata > 1:1794382/1‑60 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:1512670/1‑70 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa < 1:375301/48‑1 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa < 1:2317219/48‑1 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:1528039/51‑1 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:2513457/1‑69 (MQ=255)
gAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAg > 1:27025/1‑71 (MQ=255)
tCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTaa < 1:2598647/71‑1 (MQ=255)
|
CGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAA > W3110S.gb/2989612‑2989751
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
