Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R1
|
311 |
50.1 |
4085234 |
95.9% |
3917739 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,989,682 |
C→T |
21.4% |
intergenic (+26/‑242) |
ygeF → / → ygeG |
hypothetical protein/predicted chaperone |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,989,682 | 0 | C | T | 21.4%
| 189.0
/ 46.4
| 89 | intergenic (+26/‑242) | ygeF/ygeG | hypothetical protein/predicted chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/30); new base T (8/11); total (48/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 |
CGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATAT > W3110S.gb/2989612‑2989745
|
cGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc < 1:223868/71‑1 (MQ=255)
cGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc < 1:2575824/71‑1 (MQ=255)
gACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc > 1:37859/1‑70 (MQ=255)
gACATTCTACACTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc > 1:387935/1‑70 (MQ=255)
ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:1606668/67‑1 (MQ=255)
ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:109260/67‑1 (MQ=255)
ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:3623439/67‑1 (MQ=255)
ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:990910/67‑1 (MQ=255)
ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:2727818/67‑1 (MQ=255)
ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGt < 1:3079504/71‑1 (MQ=255)
tCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGt > 1:3887089/1‑70 (MQ=255)
cTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCa > 1:3822492/1‑71 (MQ=255)
cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:1574321/62‑1 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:4029326/71‑1 (MQ=255)
ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:2935181/71‑1 (MQ=255)
ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa < 1:2726280/63‑1 (MQ=255)
ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa < 1:414149/63‑1 (MQ=255)
ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca > 1:3488616/1‑69 (MQ=255)
aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACAtt < 1:149504/68‑1 (MQ=255)
aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACAtt < 1:2734436/68‑1 (MQ=255)
aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:1261114/68‑1 (MQ=255)
cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:3408993/61‑1 (MQ=255)
cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:1410018/61‑1 (MQ=255)
cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:3039297/61‑1 (MQ=255)
cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:3278328/61‑1 (MQ=255)
cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:1585088/1‑71 (MQ=255)
tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTGTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTAt > 1:3374156/1‑69 (MQ=255)
tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCa < 1:1728940/50‑1 (MQ=255)
tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCa < 1:810058/50‑1 (MQ=255)
tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATaca < 1:2211880/54‑1 (MQ=255)
tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg > 1:783024/1‑70 (MQ=255)
tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg > 1:609145/1‑70 (MQ=255)
tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2887626/69‑1 (MQ=255)
tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTaa > 1:3028439/1‑71 (MQ=255)
tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTaa > 1:1430267/1‑71 (MQ=255)
ttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTaa > 1:3972446/1‑70 (MQ=255)
tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt > 1:1780771/1‑62 (MQ=255)
tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt > 1:46439/1‑62 (MQ=255)
tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt > 1:1475977/1‑62 (MQ=255)
tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt > 1:3476983/1‑62 (MQ=255)
tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATg > 1:2748386/1‑71 (MQ=255)
tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATg > 1:18528/1‑71 (MQ=255)
aTTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca > 1:1636485/1‑48 (MQ=255)
aTTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTc > 1:670672/1‑71 (MQ=255)
tttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATAAAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCg > 1:2659720/1‑70 (MQ=255)
ttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt > 1:2703491/1‑70 (MQ=255)
ttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt < 1:1198530/70‑1 (MQ=255)
ttCATTGAAAAAATGGCAATTGATAATATGAATCCATGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt < 1:389752/70‑1 (MQ=255)
tCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTaa > 1:2697371/1‑71 (MQ=255)
aTTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAAtt < 1:735955/71‑1 (MQ=255)
ttGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCCCGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:1906350/53‑1 (MQ=39)
aaaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg < 1:3144441/70‑1 (MQ=255)
aaaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg < 1:447130/70‑1 (MQ=255)
aaTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaataa < 1:2262790/71‑1 (MQ=255)
aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:567230/44‑1 (MQ=255)
ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGTCATTTATGt < 1:3737552/43‑1 (MQ=255)
ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:681689/43‑1 (MQ=255)
ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:3320710/43‑1 (MQ=255)
gATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTaa > 1:1102408/1‑51 (MQ=255)
gATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:1003891/1‑70 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTTATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:2559146/1‑46 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATg > 1:2362510/1‑45 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:991400/1‑46 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:313129/1‑46 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:1835263/1‑46 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:2043268/1‑46 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:2443710/1‑46 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:266884/1‑46 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:883658/1‑70 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt < 1:1409623/70‑1 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:1618682/1‑70 (MQ=255)
gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:465851/1‑70 (MQ=255)
aTACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTg < 1:4056724/70‑1 (MQ=255)
aTACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCTTAATTAAGATAACTAATAAGGta < 1:1565627/70‑2 (MQ=255)
tACTATTAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:3268591/1‑53 (MQ=255)
tACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:2978537/1‑53 (MQ=255)
tACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:3686572/1‑53 (MQ=255)
tACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:1255735/71‑1 (MQ=255)
tACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:3728097/71‑1 (MQ=255)
tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:3726976/71‑1 (MQ=255)
tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:455852/71‑1 (MQ=255)
aCTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2022754/38‑1 (MQ=255)
cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAat < 1:383151/70‑1 (MQ=255)
cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAat < 1:2977148/70‑1 (MQ=255)
tATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAata > 1:1756992/1‑70 (MQ=255)
tATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:12545/36‑1 (MQ=255)
tATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:2892185/68‑1 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:3876407/1‑49 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:3466685/1‑49 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2485787/1‑50 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2589307/1‑50 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2599284/1‑50 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAata > 1:1334072/1‑69 (MQ=255)
aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAata > 1:2752263/1‑69 (MQ=255)
tGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat < 1:520316/69‑1 (MQ=255)
tGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat < 1:1564469/69‑1 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:1082308/1‑69 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:2366406/1‑69 (MQ=255)
tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:3874275/1‑69 (MQ=255)
|
CGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATAT > W3110S.gb/2989612‑2989745
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
