Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I0 R1
|
560 |
56.4 |
4650532 |
94.9% |
4413354 |
59.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,117,348 |
C→T |
44.4% |
G229D (GGC→GAC) |
wcaM ← |
predicted colanic acid biosynthesis protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,117,348 | 0 | C | T | 44.4%
| 15.0
/ 56.3
| 45 | G229D (GGC→GAC) | wcaM | predicted colanic acid biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/8); new base T (12/8); total (29/16) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 |
ATTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCA > W3110S.gb/2117278‑2117410
|
atTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGc > 1:2613981/1‑71 (MQ=255)
cGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTa > 1:2454386/1‑71 (MQ=255)
aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc > 1:14842/1‑71 (MQ=255)
cGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCg < 1:96200/71‑1 (MQ=255)
aCAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGAt > 1:1399446/1‑71 (MQ=255)
aCAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGAt > 1:2707833/1‑71 (MQ=255)
aCAAAGTTTTTCAATGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGAt > 1:55282/1‑71 (MQ=255)
cAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGa > 1:1594977/1‑69 (MQ=255)
aGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGccc > 1:2001821/1‑71 (MQ=255)
aGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGcc > 1:1883495/1‑70 (MQ=255)
gTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGccc > 1:1337215/1‑70 (MQ=255)
gTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGccc > 1:2680280/1‑70 (MQ=255)
tCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGtt > 1:4340045/1‑70 (MQ=255)
tCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTACCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGtt > 1:2452752/1‑70 (MQ=255)
aCTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:3752268/50‑1 (MQ=255)
gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGAtttt > 1:875342/1‑71 (MQ=255)
ccTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGAttt < 1:3343674/69‑1 (MQ=255)
ggTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGa > 1:3804912/1‑51 (MQ=255)
gTCTTCGGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCTAGTTGTTTTTGcc < 1:2225594/69‑1 (MQ=255)
gTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCg < 1:785270/70‑1 (MQ=255)
gTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt > 1:602501/1‑71 (MQ=255)
ttCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGa < 1:2001702/59‑1 (MQ=255)
cGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTAc < 1:258842/71‑1 (MQ=255)
gggTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:199586/41‑1 (MQ=255)
ggTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAg < 1:4242502/71‑1 (MQ=255)
tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2368332/71‑1 (MQ=255)
tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:4191782/71‑1 (MQ=255)
gttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTg > 1:106466/1‑61 (MQ=255)
ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt < 1:3741861/58‑1 (MQ=255)
tgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2676999/67‑1 (MQ=255)
gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCg > 1:3641369/1‑55 (MQ=255)
gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTg > 1:1371066/1‑58 (MQ=255)
gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATgc > 1:544424/1‑71 (MQ=255)
gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAg > 1:2368398/1‑43 (MQ=255)
gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATgc > 1:2430333/1‑71 (MQ=255)
tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTc > 1:3449005/1‑71 (MQ=255)
tAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGAt < 1:2153025/71‑1 (MQ=255)
aGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGa > 1:1573175/1‑71 (MQ=255)
aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGa > 1:2534716/1‑71 (MQ=255)
aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGa < 1:4395378/71‑1 (MQ=255)
cccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTa > 1:1659675/1‑45 (MQ=255)
cccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTa > 1:1491648/1‑45 (MQ=255)
cccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGt > 1:1796219/1‑70 (MQ=255)
ccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTc < 1:1574208/70‑1 (MQ=255)
ccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCa < 1:456257/71‑1 (MQ=255)
cGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTAc > 1:2415499/1‑44 (MQ=255)
cAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATg > 1:701296/1‑64 (MQ=255)
ccTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACa > 1:2111517/1‑57 (MQ=255)
|
ATTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCA > W3110S.gb/2117278‑2117410
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
