Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R1
|
311 |
50.1 |
4085234 |
95.9% |
3917739 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,117,348 |
C→T |
41.5% |
G229D (GGC→GAC) |
wcaM ← |
predicted colanic acid biosynthesis protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,117,348 | 0 | C | T | 41.5%
| 40.3
/ 75.5
| 65 | G229D (GGC→GAC) | wcaM | predicted colanic acid biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/25); new base T (11/16); total (24/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGATATCAA > W3110S.gb/2117279‑2117418
|
ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:2898657/71‑1 (MQ=255)
ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:114697/71‑1 (MQ=255)
ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:859662/71‑1 (MQ=255)
ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:3998835/71‑1 (MQ=255)
ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:1902446/71‑1 (MQ=255)
ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:1736973/71‑1 (MQ=255)
aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGcc < 1:3033862/71‑1 (MQ=255)
aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGcc < 1:379877/71‑1 (MQ=255)
aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGcc < 1:1710370/71‑1 (MQ=255)
aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:2847811/71‑1 (MQ=255)
aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:2326360/71‑1 (MQ=255)
aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:905496/71‑1 (MQ=255)
aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:1359840/71‑1 (MQ=255)
aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:409569/71‑1 (MQ=255)
cAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATg > 1:1063429/1‑71 (MQ=255)
cAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATg > 1:1040470/1‑71 (MQ=255)
aaaGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGa > 1:217780/1‑68 (MQ=255)
aaGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGAt < 1:91860/68‑1 (MQ=255)
aaGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGAt < 1:2557001/68‑1 (MQ=255)
aGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGccc > 1:3306318/1‑71 (MQ=255)
gTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGc > 1:4051858/1‑68 (MQ=255)
gTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGc > 1:2613869/1‑68 (MQ=255)
tttttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:3930392/56‑1 (MQ=255)
ttttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAg > 1:3973811/1‑71 (MQ=255)
tttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTAt > 1:45570/1‑57 (MQ=255)
tttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTAt > 1:2530484/1‑57 (MQ=255)
tttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGt > 1:3217635/1‑71 (MQ=255)
gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTa > 1:934226/1‑49 (MQ=255)
gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTa > 1:1364279/1‑49 (MQ=255)
gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTa > 1:1115503/1‑49 (MQ=255)
gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTa > 1:1377996/1‑49 (MQ=255)
cTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGc < 1:3622666/71‑1 (MQ=255)
cTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGc < 1:2400124/71‑1 (MQ=255)
cTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGc < 1:393188/71‑1 (MQ=255)
gTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTACCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt > 1:696593/1‑71 (MQ=255)
cTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGcc < 1:593386/46‑1 (MQ=255)
cTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTg > 1:560177/1‑71 (MQ=255)
ccGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGGCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:1336487/69‑1 (MQ=255)
cGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTAc < 1:261097/71‑1 (MQ=255)
cGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTAc < 1:3823787/71‑1 (MQ=255)
tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:1421212/71‑1 (MQ=255)
tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:91566/71‑1 (MQ=255)
tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:50249/71‑1 (MQ=255)
tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:1364429/71‑1 (MQ=255)
aGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2657537/70‑1 (MQ=255)
ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:3890001/61‑1 (MQ=255)
ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:2477483/61‑1 (MQ=255)
ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2967978/68‑1 (MQ=255)
ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2780170/68‑1 (MQ=255)
ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:825770/68‑1 (MQ=255)
ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGt < 1:2404116/67‑1 (MQ=255)
tgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGAt > 1:60679/1‑70 (MQ=255)
gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATgc > 1:2376887/1‑71 (MQ=255)
gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATgc > 1:484443/1‑71 (MQ=255)
gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCTGTTGATTTTGCCGTTGGTACa < 1:1258385/63‑1 (MQ=255)
ttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGAtttt < 1:2071330/50‑1 (MQ=255)
ttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGAtttt < 1:2075884/50‑1 (MQ=255)
tATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTg > 1:1978875/1‑50 (MQ=255)
aTCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCt > 1:1853882/1‑71 (MQ=255)
tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:193925/55‑1 (MQ=255)
tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:3213121/55‑1 (MQ=255)
tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTc < 1:2364505/71‑1 (MQ=255)
tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTc < 1:841928/71‑1 (MQ=255)
aTAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCg < 1:2368318/70‑1 (MQ=255)
tAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGcc < 1:2839733/47‑1 (MQ=255)
aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt > 1:3679641/1‑47 (MQ=255)
aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt > 1:2666382/1‑47 (MQ=255)
aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGa < 1:52665/71‑1 (MQ=255)
gTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGt < 1:931377/50‑1 (MQ=255)
ccGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTTATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCa < 1:1164524/71‑1 (MQ=255)
ccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCa < 1:905020/71‑1 (MQ=255)
aaGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGata > 1:1137282/1‑71 (MQ=255)
ccTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGAc < 1:3665140/56‑1 (MQ=255)
ccTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGATATCaa < 1:876590/71‑1 (MQ=255)
ccTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGATATCaa < 1:2624757/71‑1 (MQ=255)
|
TTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGATATCAA > W3110S.gb/2117279‑2117418
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
