Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I2 R2
|
356 |
55.1 |
4139924 |
95.4% |
3949487 |
63.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,056,565 |
G→A |
G12G (GGC→GGT) |
torS ← |
hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,056,565 | 0 | G | A | 100.0%
| 132.3
/ NA
| 44 | G12G (GGC→GGT) | torS | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (20/24); total (20/24) |
ATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAG > W3110S.gb/1056500‑1056631
|
aTAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGTGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCa < 1:3074139/70‑1 (MQ=255)
aTAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCa < 1:2008969/70‑1 (MQ=255)
aTAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCa < 1:3537346/70‑1 (MQ=255)
aTAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCa < 1:572782/70‑1 (MQ=255)
aTAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCa < 1:2943655/70‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATcc > 1:2870171/1‑68 (MQ=255)
gcgcAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCag > 1:343320/1‑70 (MQ=255)
gcgcAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCa > 1:883654/1‑69 (MQ=255)
gcgcAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCa > 1:1508846/1‑69 (MQ=255)
gcgcAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCa > 1:3609898/1‑69 (MQ=255)
gcgcAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCa > 1:665666/1‑69 (MQ=255)
ccATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGt > 1:702163/1‑69 (MQ=255)
ccaccaGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAggg > 1:2293474/1‑69 (MQ=255)
ccaccaGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGt > 1:575290/1‑70 (MQ=255)
ccaccaGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGt > 1:4043847/1‑70 (MQ=255)
ccaccaGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGt > 1:3675071/1‑70 (MQ=255)
ccaccaGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGt > 1:692497/1‑70 (MQ=255)
ccaccaGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGt > 1:2170245/1‑70 (MQ=255)
ccaccaGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTAAGGGt > 1:3835016/1‑70 (MQ=255)
ccaccaGGCTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTAGGGta > 1:3899968/1‑64 (MQ=255)
aGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:3069377/71‑1 (MQ=255)
aGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:1912096/71‑1 (MQ=255)
aGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:3780455/71‑1 (MQ=255)
aGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:3807712/71‑1 (MQ=255)
ggTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggtcg > 1:119691/1‑71 (MQ=255)
ggTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggtcg > 1:1352466/1‑71 (MQ=255)
ggTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggtcg > 1:124483/1‑71 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:345893/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:600882/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:507759/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:4079420/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:3912123/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:3416715/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:3305896/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:3114235/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:2684157/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:2635853/43‑1 (MQ=255)
ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCgg < 1:1422771/43‑1 (MQ=255)
gTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACt > 1:3066202/1‑71 (MQ=255)
gTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACt > 1:658960/1‑71 (MQ=255)
aCAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTa < 1:2638583/70‑1 (MQ=255)
aCAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTa < 1:1397039/70‑1 (MQ=255)
aCAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTa < 1:953052/70‑1 (MQ=255)
gggCAACACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGaaaaa < 1:4085141/67‑1 (MQ=255)
aaaaCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAg < 1:4073193/70‑1 (MQ=255)
|
ATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAG > W3110S.gb/1056500‑1056631
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
