Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F8 I0 R2
|
296 |
77.6 |
4260404 |
88.1% |
3753415 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,224,676 |
T→C |
46.0% |
F180L (TTT→CTT) |
yebU → |
predicted methyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,224,676 | 0 | T | C | 46.0%
| 5.5
/ 70.7
| 50 | F180L (TTT→CTT) | yebU | predicted methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/6); new base C (9/14); total (30/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.86e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 |
TTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGT > minE/1224610‑1224746
|
ttACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt < 1:792847/67‑1 (MQ=255)
ttACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt < 1:3321833/67‑1 (MQ=255)
ttACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt < 1:3955377/67‑1 (MQ=255)
aCATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTg > 1:526237/1‑71 (MQ=255)
ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGc < 1:706446/70‑1 (MQ=255)
ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGc < 1:3144382/70‑1 (MQ=255)
ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGc < 1:2307329/70‑1 (MQ=255)
ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGc < 1:2972757/70‑1 (MQ=255)
ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGc < 1:3267262/70‑1 (MQ=255)
ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCCGc < 1:1821888/70‑1 (MQ=255)
tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGc > 1:2308628/1‑69 (MQ=255)
cGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAAt > 1:305932/1‑71 (MQ=255)
cGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAAt > 1:2335465/1‑71 (MQ=255)
cGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAAt > 1:2153691/1‑71 (MQ=255)
cGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAAt > 1:4022464/1‑71 (MQ=255)
gtgGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:258369/1‑71 (MQ=255)
aTCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTTCCAGAAATGTTc > 1:2919842/1‑66 (MQ=255)
aTCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:2951177/1‑66 (MQ=255)
aTCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:3054022/1‑66 (MQ=255)
tCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGc > 1:3379556/1‑70 (MQ=255)
aGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAt > 1:3257786/1‑71 (MQ=255)
tAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGc < 1:1550664/42‑1 (MQ=255)
aaTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt > 1:1562422/1‑71 (MQ=255)
aaTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt > 1:3926177/1‑71 (MQ=255)
aTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:35445/70‑1 (MQ=255)
aTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTg > 1:806881/1‑71 (MQ=255)
tGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCa > 1:4031516/1‑65 (MQ=255)
tGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTTCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:1095678/69‑1 (MQ=255)
tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:2042697/1‑55 (MQ=255)
tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:1104495/1‑55 (MQ=255)
tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:2561928/1‑55 (MQ=255)
tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:3486750/1‑55 (MQ=255)
tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg > 1:3159852/1‑70 (MQ=255)
cgcTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa < 1:3174322/70‑1 (MQ=255)
acacaTTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTc < 1:3703012/70‑1 (MQ=255)
acaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:2918365/1‑48 (MQ=255)
acaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:1649700/1‑48 (MQ=255)
acaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:4112861/1‑48 (MQ=255)
acaTTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCt > 1:1102466/1‑71 (MQ=255)
caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:3335760/1‑71 (MQ=255)
caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:3891319/1‑71 (MQ=255)
caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:4253086/1‑71 (MQ=255)
caTTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:4025619/1‑71 (MQ=255)
caTTTTCATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:797450/1‑71 (MQ=255)
ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:433693/58‑1 (MQ=255)
ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:2063183/58‑1 (MQ=255)
ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:3983205/58‑1 (MQ=255)
ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:2270393/58‑1 (MQ=255)
ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:2392966/58‑1 (MQ=255)
ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:2613764/58‑1 (MQ=255)
aTGGCCGCGTGTTTGGTGCGACAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTgg < 1:2592606/70‑1 (MQ=255)
tGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:1323069/48‑1 (MQ=255)
tGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCg < 1:3059610/71‑1 (MQ=255)
gtgtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgt < 1:4096573/71‑1 (MQ=255)
gtgtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgt < 1:1009038/71‑1 (MQ=255)
tttGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgtggt > 1:2896188/1‑71 (MQ=255)
|
TTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGT > minE/1224610‑1224746
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
