Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R1
|
311 |
50.1 |
4085234 |
95.9% |
3917739 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
483,191 |
T→C |
27.8% |
D146G (GAT→GGT) |
acrB ← |
multidrug efflux system protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 483,191 | 0 | T | C | 27.8%
| 80.4
/ 39.2
| 54 | D146G (GAT→GGT) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/22); new base C (8/7); total (25/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 |
CGTACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTTG > W3110S.gb/483121‑483255
|
cGTACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCAt < 1:655384/71‑1 (MQ=255)
aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2726102/71‑1 (MQ=255)
aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:940476/71‑1 (MQ=255)
aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:891717/71‑1 (MQ=255)
aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3982295/71‑1 (MQ=255)
aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3014385/71‑1 (MQ=255)
aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2275073/71‑1 (MQ=255)
aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1393139/71‑1 (MQ=255)
aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGAt < 1:695971/71‑1 (MQ=255)
tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:598430/1‑71 (MQ=255)
tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:3063751/1‑71 (MQ=255)
tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:925293/1‑71 (MQ=255)
tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:1224853/1‑71 (MQ=255)
ttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGgtg > 1:160227/1‑57 (MQ=255)
ttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:851434/1‑70 (MQ=255)
tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGcc < 1:3252730/67‑1 (MQ=255)
tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGcc < 1:258475/67‑1 (MQ=255)
tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTAATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGAc > 1:2312719/1‑70 (MQ=255)
cATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTG‑‑AACGCCGAc < 1:2829899/67‑1 (MQ=255)
ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCAt > 1:80216/1‑71 (MQ=255)
cgccgcCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCAt > 1:2166326/1‑69 (MQ=255)
gccgccACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAg < 1:1788467/71‑1 (MQ=255)
cgccACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAgg > 1:2548702/1‑70 (MQ=255)
aCGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2150815/47‑1 (MQ=255)
gTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgcttc < 1:1643407/71‑3 (MQ=255)
gTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgctgc < 1:3607716/71‑1 (MQ=255)
gTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgctgc < 1:865151/71‑1 (MQ=255)
gTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgctgc < 1:2017280/71‑1 (MQ=255)
gTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGctgctg > 1:1739727/1‑70 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:1107529/1‑41 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:1324198/1‑41 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:1916987/1‑41 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:2910323/1‑41 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:2239082/1‑41 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAAc > 1:277621/1‑51 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat > 1:346921/1‑70 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat > 1:3700992/1‑70 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat > 1:699336/1‑70 (MQ=255)
ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat > 1:1561410/1‑70 (MQ=255)
tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCa < 1:3843757/46‑1 (MQ=255)
tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCa < 1:2920200/46‑1 (MQ=255)
tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCa < 1:263291/46‑1 (MQ=255)
tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:3190207/71‑1 (MQ=255)
tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:1400002/71‑1 (MQ=255)
cctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:3356560/70‑1 (MQ=255)
cctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:2384639/70‑1 (MQ=255)
cctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:2059169/70‑1 (MQ=255)
ctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:2119588/1‑38 (MQ=255)
ctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:1107647/1‑38 (MQ=255)
ctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGc > 1:3916843/1‑71 (MQ=255)
ctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgc < 1:1327510/50‑1 (MQ=255)
tCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat < 1:3258443/53‑1 (MQ=255)
ggTGGCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCtt > 1:3863682/1‑71 (MQ=255)
gTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAATCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTtg < 1:1533408/71‑1 (MQ=255)
gTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTtg < 1:2254183/71‑1 (MQ=255)
|
CGTACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTTG > W3110S.gb/483121‑483255
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
