Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F181 I0 R1
|
65 |
126.1 |
6126155 |
96.5% |
5911739 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,800,268 |
(T)8→7 |
100% |
coding (698/699 nt) |
waaY ← |
lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,800,261 | 0 | T | . | 69.8%
| 216.7
/ 197.0
| 139 | intergenic (‑65/+6) | waaZ/waaY | lipopolysaccharide KdoIII transferase; lipopolysaccharide core biosynthesis protein/lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/21); new base . (48/49); total (69/70) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
ACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATT > NC_000913/3800162‑3800359
|
aCATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAt < 2:2508009/100‑1 (MQ=255)
cATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGTCATGTAATTGTGGGAtt > 2:2765385/1‑100 (MQ=255)
cTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAttttt < 2:2020804/100‑1 (MQ=255)
cTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAttttt < 1:1585169/100‑1 (MQ=255)
ttttttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAtttttt < 1:528115/100‑1 (MQ=255)
ttttttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAtttttt < 2:1498849/100‑1 (MQ=255)
tttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTa < 2:245284/100‑1 (MQ=255)
ttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAtttttttagc > 1:2431013/1‑97 (MQ=255)
ttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAg < 2:91240/100‑1 (MQ=255)
tGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAtttttttagcg > 2:2426567/1‑96 (MQ=255)
tCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAgcgcg > 2:459336/1‑100 (MQ=255)
tCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAgcgcg < 2:323874/100‑1 (MQ=255)
aaTGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCt > 2:2683640/1‑100 (MQ=255)
aTGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTg < 1:43855/100‑1 (MQ=255)
aTGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTg < 1:241371/100‑1 (MQ=255)
tGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTgg < 1:376325/100‑1 (MQ=255)
aTCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGtt > 2:2518760/1‑100 (MQ=255)
aTCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGttt < 1:1123776/100‑1 (MQ=255)
cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGTTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTc > 1:1672933/1‑100 (MQ=255)
cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc > 1:2036081/1‑100 (MQ=255)
cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc > 2:2452661/1‑100 (MQ=255)
cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc < 1:228523/100‑1 (MQ=255)
cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc > 2:1001302/1‑100 (MQ=255)
tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGtt > 1:979929/1‑97 (MQ=255)
tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc > 2:1347801/1‑100 (MQ=255)
tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc > 1:1029127/1‑100 (MQ=255)
tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc > 2:2120700/1‑100 (MQ=255)
tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc > 1:2167673/1‑99 (MQ=255)
aaTATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc < 2:313431/100‑1 (MQ=255)
aaTATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc < 1:588604/100‑1 (MQ=255)
atTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCttt < 1:787018/100‑1 (MQ=255)
atTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTc < 2:399203/100‑1 (MQ=255)
atTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTc < 2:775785/100‑1 (MQ=255)
ttcttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTc < 1:2642966/100‑1 (MQ=255)
tcttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaa < 2:389899/100‑1 (MQ=255)
cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTTGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa < 1:2698948/100‑1 (MQ=255)
cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaa > 2:1828488/1‑100 (MQ=255)
cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaa < 2:3010472/100‑1 (MQ=255)
cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa > 2:1924245/1‑100 (MQ=255)
cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa > 2:1450833/1‑100 (MQ=255)
catcATGATAAACATGTGAAATAAATAACTCGGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa > 2:2059350/3‑100 (MQ=255)
ttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa > 1:1079234/1‑100 (MQ=255)
ttcATGATAAACCTGGGAAATAAATAACTCTGCTTAAAACTGTCCTTGTGTAGACATGTAATTGTGTGA‑TTTTTTTAGCTCGCTGGTTTCCCTTTc < 1:453362/96‑1 (MQ=255)
aTGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTTGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgcc < 1:77411/100‑1 (MQ=255)
aTGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgc > 1:756189/1‑100 (MQ=255)
aTGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgcc < 2:1314484/100‑1 (MQ=255)
tGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccg < 2:1708387/100‑1 (MQ=255)
tGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgc > 1:2183472/1‑98 (MQ=255)
gATAACCCTGTGAAATAAATACCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccgc < 2:1210638/100‑1 (MQ=255)
gATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccgc > 2:283786/1‑100 (MQ=255)
aTAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGTTCTGGTTTCCCTTTCAAGcgctgc > 1:2849119/1‑100 (MQ=255)
tAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCACTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCa < 1:1231613/100‑1 (MQ=255)
aaCCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATaa > 2:2369572/1‑100 (MQ=255)
cTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATaaaa > 1:2179878/1‑100 (MQ=255)
gtgAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTg < 1:905509/100‑1 (MQ=255)
tgAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTgc < 2:1794170/100‑1 (MQ=255)
gAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTgc > 1:1698005/1‑100 (MQ=255)
aataaataACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTgcgc < 1:3025239/100‑1 (MQ=255)
taaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAtt < 2:918575/100‑1 (MQ=255)
taaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGCAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAtt > 1:59085/1‑100 (MQ=255)
aaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAtt < 1:1525862/100‑1 (MQ=255)
aaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAttt < 1:2731388/100‑1 (MQ=255)
aataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAttt > 2:621225/1‑100 (MQ=255)
ataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAttttt > 1:2180328/1‑100 (MQ=255)
aaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAtttttt < 2:43087/100‑1 (MQ=255)
cTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTAc < 1:719457/100‑1 (MQ=255)
tCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTAc < 1:706523/99‑1 (MQ=255)
tCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACg < 1:184987/100‑1 (MQ=255)
ctgCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGa < 2:2299452/98‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTACTTGTGTGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGa < 1:2059338/100‑1 (MQ=255)
ncTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGaag > 1:2299439/2‑98 (MQ=255)
cTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGata > 2:2736514/1‑100 (MQ=255)
cTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGatat > 1:120416/1‑100 (MQ=255)
cTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGatat > 1:1379578/1‑100 (MQ=255)
cTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGatat > 1:2783024/1‑100 (MQ=255)
aaaaCTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACt > 1:2686432/1‑100 (MQ=255)
cTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTaaa < 1:663545/100‑1 (MQ=255)
tGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTaaaa < 2:1923344/100‑1 (MQ=255)
gTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTTCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGa > 2:806039/1‑100 (MQ=255)
tCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGat < 2:2565219/100‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGataa < 2:1432284/100‑1 (MQ=255)
tGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGata < 2:1526941/99‑1 (MQ=255)
gTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAg < 1:2431261/100‑1 (MQ=255)
gAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTTGTGTGTTGGTTTCACTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTATGATATACTAAAAGataat > 1:1761193/1‑97 (MQ=255)
gACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTa > 1:2182497/1‑99 (MQ=255)
gACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAg < 1:1817858/100‑1 (MQ=255)
cATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAg > 2:1217933/1‑99 (MQ=255)
aTGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtc > 2:2903229/1‑100 (MQ=255)
aTGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtc < 2:540027/100‑1 (MQ=255)
aTGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCGTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtc < 1:519420/100‑1 (MQ=255)
tGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtc > 2:2942823/1‑100 (MQ=255)
tGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtct > 2:2987577/1‑100 (MQ=255)
gTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtctc < 1:3057351/100‑1 (MQ=255)
aaTTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATctct > 1:2312261/1‑100 (MQ=255)
aaTTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTa < 2:336889/100‑1 (MQ=255)
aTTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTa > 2:956681/1‑100 (MQ=255)
aTTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTaa < 1:110587/100‑1 (MQ=255)
ttGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAAt < 2:2828482/100‑1 (MQ=255)
tgGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAAtct < 2:2174461/100‑1 (MQ=255)
gATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCAt > 2:1539790/1‑100 (MQ=255)
|
ACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATT > NC_000913/3800162‑3800359
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
