Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F142 I1 R1
|
99 |
64.8 |
3148104 |
96.3% |
3031624 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,218,198 |
C→T |
Q293Q (CAG→CAA) |
aer ← |
fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,218,198 | 0 | C | T | 98.6%
| 245.7
/ ‑4.6
| 70 | Q293Q (CAG→CAA) | aer | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (31/38); total (31/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
CATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGC > NC_000913/3218101‑3218292
|
cATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTttgttg < 2:1331613/100‑1 (MQ=255)
cATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTttgttg < 1:356884/100‑1 (MQ=255)
aCTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACg < 1:940783/100‑1 (MQ=255)
cTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTCCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGt < 1:1241124/100‑1 (MQ=255)
tGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGtt < 2:500339/100‑1 (MQ=255)
tGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGtt > 2:427617/1‑100 (MQ=255)
ggCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTa < 2:567647/100‑1 (MQ=255)
cAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATc > 2:869058/1‑100 (MQ=255)
aGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCa < 2:793553/100‑1 (MQ=255)
aTTGACAGTTTACCGGCAGCCGACGCTGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTAGCAAc < 2:993413/98‑1 (MQ=255)
tGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTc < 1:962937/100‑1 (MQ=255)
gTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTctgctg > 2:479102/1‑100 (MQ=255)
tttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTgg < 2:1046985/100‑1 (MQ=255)
tttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTAGCAACTGTCTGCTgg > 2:1068458/1‑100 (MQ=255)
ttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTggg < 1:993354/100‑1 (MQ=255)
ttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTggg < 2:1021005/100‑1 (MQ=255)
tATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGt < 1:1159827/100‑1 (MQ=255)
tATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGt > 1:523469/1‑100 (MQ=255)
cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGTCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATg > 1:244396/1‑100 (MQ=255)
cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATg < 2:865080/100‑1 (MQ=255)
cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATg > 1:1183471/1‑100 (MQ=255)
ggCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgt > 1:317968/1‑100 (MQ=255)
ggCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgt > 2:1170210/1‑100 (MQ=255)
cAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttc > 1:170616/1‑100 (MQ=255)
cAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttc > 2:118076/1‑100 (MQ=255)
cGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttcgttc < 1:1552466/100‑1 (MQ=255)
cGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttcgttc < 1:490027/100‑1 (MQ=255)
aCGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcag < 1:68965/100‑1 (MQ=255)
cGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagt < 1:1569653/100‑1 (MQ=255)
gCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagtt < 1:774233/100‑1 (MQ=255)
gCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagtt < 1:1119109/100‑1 (MQ=255)
cGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagttca > 2:1562335/1‑100 (MQ=255)
gTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCAt > 1:548293/1‑100 (MQ=255)
gTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCAt < 1:479105/100‑1 (MQ=255)
tGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATc < 1:1170217/100‑1 (MQ=255)
ggCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCg > 1:1349245/1‑100 (MQ=255)
gCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCgg > 1:796573/1‑100 (MQ=255)
cAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGt < 2:193195/100‑1 (MQ=255)
cAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGt < 2:866514/100‑1 (MQ=255)
agTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTg < 1:1571948/98‑1 (MQ=255)
agTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGcc > 1:350148/1‑100 (MQ=255)
gTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGc > 1:248212/1‑100 (MQ=255)
tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 1:386394/100‑1 (MQ=255)
tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc > 1:883981/1‑100 (MQ=255)
tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 2:1191526/100‑1 (MQ=255)
tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 2:607135/100‑1 (MQ=255)
tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 1:897100/100‑1 (MQ=255)
tttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGcc < 1:514162/100‑1 (MQ=255)
cACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGc > 2:595160/1‑100 (MQ=255)
aCCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCg < 2:707928/100‑1 (MQ=255)
ccGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGt < 2:548290/100‑1 (MQ=255)
gACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGtct < 2:1267631/100‑1 (MQ=255)
aCGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGtctc < 2:338130/100‑1 (MQ=255)
cgccgcCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCATCGtct > 2:1376411/1‑98 (MQ=255)
ccgccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACt > 1:1214198/1‑100 (MQ=255)
cgtcATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCCGGGTCTGTTCGTTCAGTTCATCGGTACCCTTCGCCAGCGTCTCACTg > 2:852665/4‑100 (MQ=255)
gccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGc < 1:82230/100‑1 (MQ=255)
ccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGcc > 2:39259/1‑100 (MQ=255)
cATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCa > 1:1448007/1‑100 (MQ=255)
tGGTTCATTGTCGTCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTc < 2:1235124/100‑1 (MQ=255)
ggTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCt > 1:1511308/1‑100 (MQ=255)
gTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTTACTGCCATTTCTg < 1:1068465/100‑1 (MQ=255)
gTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTg > 1:275941/1‑100 (MQ=255)
gTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTg < 2:1343796/100‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGac < 2:316961/100‑1 (MQ=255)
cATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGaca > 1:316963/1‑100 (MQ=255)
aTGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGacac > 2:1554533/1‑100 (MQ=255)
ggTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg > 1:1151039/1‑100 (MQ=255)
ggTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg < 2:954284/100‑1 (MQ=255)
ggTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg > 2:337447/1‑100 (MQ=255)
gTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTgg < 2:228221/100‑1 (MQ=255)
gTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGc > 1:543933/1‑100 (MQ=255)
|
CATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGC > NC_000913/3218101‑3218292
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
