Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F142 I0 R1
|
175 |
91.2 |
4812830 |
94.5% |
4548124 |
99.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,218,198 |
C→T |
50.6% |
Q293Q (CAG→CAA) |
aer ← |
fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,218,198 | 0 | C | T | 50.6%
| ‑0.8
/ 112.3
| 77 | Q293Q (CAG→CAA) | aer | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/19); new base T (16/23); total (35/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 |
CGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAG > NC_000913/3218099‑3218297
|
cGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGc > 1:2185048/1‑100 (MQ=255)
gCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCt > 1:222029/1‑100 (MQ=255)
cATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTg < 1:717256/100‑1 (MQ=255)
ttACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGaa < 2:2155065/100‑1 (MQ=255)
tACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAAc < 1:761097/100‑1 (MQ=255)
tACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAAc < 1:1789219/100‑1 (MQ=255)
aCTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACg < 2:708448/100‑1 (MQ=255)
ggCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTa > 2:2179443/1‑100 (MQ=255)
cAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATc < 1:888816/100‑1 (MQ=255)
aGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCa < 2:901467/100‑1 (MQ=255)
aGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCa < 1:563257/100‑1 (MQ=255)
gTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCaa > 1:1396646/1‑100 (MQ=255)
tGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTc > 1:262311/1‑100 (MQ=255)
cAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTctgc > 2:1730939/1‑100 (MQ=255)
gTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTctgctg > 1:1051220/1‑100 (MQ=255)
tttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTgg < 1:843832/100‑1 (MQ=255)
ttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTggg < 2:1480492/100‑1 (MQ=255)
ttATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTgg > 2:1817854/1‑99 (MQ=255)
aTCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTa < 1:1174522/100‑1 (MQ=255)
tCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTAt > 1:1794959/1‑100 (MQ=255)
tCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTAt > 2:962539/1‑100 (MQ=255)
tCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTAt > 1:1285825/1‑100 (MQ=255)
cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTAt > 1:169166/1‑99 (MQ=255)
cGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATg < 2:412564/100‑1 (MQ=255)
gCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgtt < 1:909039/100‑1 (MQ=255)
gCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgtt < 2:279366/100‑1 (MQ=255)
cAGCCGACGCCGTGACATAGTACAGTTATACCGACGCCGCCTTTTGGTTCATTGTCCATACCGTTTGTTTAATGTTATAACGTGTCGACTGGGTATg > 2:802313/1‑97 (MQ=255)
aGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGATTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACAGTCTGCTGGGTATgttc > 2:1141628/1‑99 (MQ=255)
cGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttcgttc < 2:2329848/100‑1 (MQ=255)
cGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATgttcgttc < 1:1903598/100‑1 (MQ=255)
aCGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcag < 2:2357744/100‑1 (MQ=255)
cGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagt < 1:843216/100‑1 (MQ=255)
gCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCgttcagtt < 2:1500244/100‑1 (MQ=255)
gTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCAt > 2:996655/1‑100 (MQ=255)
ggCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATc > 1:353740/1‑99 (MQ=255)
gCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGTCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCgg < 2:965786/100‑1 (MQ=255)
gCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCgg > 2:1181110/1‑100 (MQ=255)
agagTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTg < 1:1152475/100‑1 (MQ=255)
gagTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGc < 1:13507/100‑1 (MQ=255)
gTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCt < 1:1466990/100‑1 (MQ=255)
gTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCt > 1:1980692/1‑100 (MQ=255)
gTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCCCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTccc > 2:1279453/1‑99 (MQ=255)
cTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTc > 2:735219/1‑100 (MQ=255)
gTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGc > 1:334495/1‑100 (MQ=255)
ttCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCa > 2:2220748/1‑100 (MQ=255)
tCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAg < 2:170742/100‑1 (MQ=255)
aCCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCg > 2:51932/1‑100 (MQ=255)
ccGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTTGTTCAGTTCATCGGTGACTTTCACCAGCGt > 2:1412829/1‑100 (MQ=255)
ccGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGt > 2:560536/1‑100 (MQ=255)
gACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGtct < 2:1384326/100‑1 (MQ=255)
gACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGtct > 1:1460502/1‑100 (MQ=255)
ccgccATTTGGTCCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACt > 2:1357706/1‑100 (MQ=255)
cgccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTg < 1:1243782/100‑1 (MQ=255)
gccATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGc < 1:747959/100‑1 (MQ=255)
tGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTc < 1:1194886/100‑1 (MQ=255)
gTTCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTg < 2:2207628/100‑1 (MQ=255)
gTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTg > 2:1517845/1‑100 (MQ=255)
ttCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGa < 2:353737/100‑1 (MQ=255)
ttCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGa < 2:711443/100‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGac > 2:1933599/1‑100 (MQ=255)
tCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGac > 1:493569/1‑100 (MQ=255)
ggTCGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg < 1:2322852/100‑1 (MQ=255)
ggTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg > 1:122265/1‑100 (MQ=255)
ggTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGATGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTg > 1:70518/1‑100 (MQ=255)
cGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac < 1:1254551/100‑1 (MQ=255)
cGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac > 1:2221519/1‑100 (MQ=255)
cGCCACCGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac < 2:1777983/100‑1 (MQ=255)
cGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac < 2:493061/100‑1 (MQ=255)
cGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGac > 2:1886233/1‑100 (MQ=255)
cACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACAcc < 2:2185022/100‑1 (MQ=255)
ccGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTg < 2:1285880/100‑1 (MQ=255)
cGTTTGTTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTgg < 1:2111857/100‑1 (MQ=255)
gTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTGTGTTCGCTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGc < 2:1685339/100‑1 (MQ=255)
gTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGc > 2:1175339/1‑100 (MQ=255)
ttGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCtt < 2:161934/100‑1 (MQ=255)
tGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTg < 1:2062623/100‑1 (MQ=255)
tGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTg < 2:2027035/100‑1 (MQ=255)
gCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTga > 1:742440/1‑100 (MQ=255)
cTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCCTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTgag < 2:1469703/100‑1 (MQ=255)
|
CGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTGGCTTGAG > NC_000913/3218099‑3218297
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
