Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F212 I1 R1
|
174 |
80.0 |
3892211 |
96.7% |
3763768 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,525,135 |
(A)6→5 |
coding (9/765 nt) |
yfeN → |
putative outer membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,525,130 | 0 | A | . | 92.7%
| 266.9
/ 15.6
| 68 | coding (4/765 nt) | yfeN | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/4); new base . (30/33); total (31/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCGATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCG > NC_000913/2525031‑2525223
|
ggCGATATTAATTCCTTTGCTTTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGa > 1:1192536/1‑100 (MQ=255)
ggCGATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGa > 1:110901/1‑100 (MQ=255)
gCGATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaa > 1:111344/1‑100 (MQ=255)
cGATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaa < 2:1383593/100‑1 (MQ=255)
gATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaaa > 2:1071223/1‑100 (MQ=255)
gATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaa > 2:1071311/1‑99 (MQ=255)
gATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaa > 2:542216/1‑99 (MQ=255)
tatTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGaaaaac < 2:211116/100‑2 (MQ=255)
atTAATTCCTTTGCATTAACAATTAGTCGTTTTTAGCAAACCACCTTATTAAGCAAGCTACTAAGAACGATAGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAAc < 1:200252/100‑1 (MQ=255)
aaTTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCt > 1:1899207/1‑100 (MQ=255)
tCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCtttt < 2:1817848/100‑1 (MQ=255)
ccTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTa < 2:831719/100‑1 (MQ=255)
ccTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTa < 1:607727/100‑1 (MQ=255)
cTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTaa > 2:460580/1‑100 (MQ=255)
cTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTaa > 1:1617842/1‑100 (MQ=255)
gCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAActct > 1:603895/1‑100 (MQ=255)
gCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAActct > 2:931198/1‑100 (MQ=255)
cATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTg < 1:733301/100‑1 (MQ=255)
ttAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGac < 2:874420/100‑1 (MQ=255)
ttAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGac < 2:96320/100‑1 (MQ=255)
tAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGaca > 1:151957/1‑100 (MQ=255)
aCAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACt > 2:1564517/1‑100 (MQ=255)
aCAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACt > 1:1007619/1‑100 (MQ=255)
atatGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTc > 1:1882464/1‑100 (MQ=255)
atGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCct > 1:1170532/1‑100 (MQ=255)
atGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCct < 2:110901/100‑1 (MQ=255)
gtgggttttAGGAACCCTCTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCtt < 2:1261396/75‑1 (MQ=255)
gTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCctct > 2:477577/1‑100 (MQ=255)
tCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCta < 1:502273/100‑1 (MQ=255)
cGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCtat < 2:373690/100‑1 (MQ=255)
cGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCtat > 2:1164027/1‑100 (MQ=255)
gTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCtata < 1:1783748/100‑1 (MQ=255)
tAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGc < 1:1747939/100‑1 (MQ=255)
aGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCg < 1:477575/100‑1 (MQ=255)
cAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGAt < 2:1587824/100‑1 (MQ=255)
aaaCCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATa > 1:1236754/1‑100 (MQ=255)
aaaCCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATa > 1:1900688/1‑100 (MQ=255)
aCCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATAcc < 1:1380426/100‑1 (MQ=255)
aCCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATAcc < 2:1547356/100‑1 (MQ=255)
aCCACTTTATTAAGCAAGCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATAcc < 1:361702/100‑1 (MQ=255)
aCTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCtgt > 1:1544908/1‑100 (MQ=255)
cTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCtgtt > 1:467562/1‑100 (MQ=255)
cTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCtgtt > 1:464922/1‑100 (MQ=255)
tttATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCtgttg < 2:1784799/100‑1 (MQ=255)
tattaAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTa < 2:1192538/100‑1 (MQ=255)
attaAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTa < 1:484864/100‑1 (MQ=255)
ttaAGAAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTAtc < 1:1703965/100‑1 (MQ=255)
taAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTAtct > 1:847159/1‑100 (MQ=255)
taAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTAtct > 1:982019/1‑100 (MQ=255)
aaGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTAtctc > 1:1135417/1‑100 (MQ=255)
aGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCa < 2:1526653/100‑1 (MQ=255)
gCAATCTACTAATAACTATCGGCATAGGGAATTATGCTCTG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACGCTTTCCTCTATTTTGGCGATACCTGTTGTATCTCAt < 1:538938/100‑1 (MQ=255)
gCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCAt < 2:1170534/100‑1 (MQ=255)
aaTCTACTAATAACGATCGGCATATGGAA‑AAAAAAAAAAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCa < 1:143659/97‑1 (MQ=255)
tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAg < 1:931197/100‑1 (MQ=255)
tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTCCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAg > 2:1849692/1‑100 (MQ=255)
ctactaATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGa < 1:879977/100‑1 (MQ=255)
ctactaATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGa > 2:1708001/1‑100 (MQ=255)
tactaATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGaa > 2:124629/1‑100 (MQ=255)
tactaATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGaa > 1:404110/1‑100 (MQ=255)
tactaATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGaa < 2:271384/100‑1 (MQ=255)
tactaATAACGATCGGCATAGGGAATAATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGa > 2:1188590/1‑100 (MQ=255)
actaATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAAt < 1:1419419/100‑1 (MQ=255)
ctaATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAAtt < 2:935264/100‑1 (MQ=255)
aaCGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAg > 2:189258/1‑100 (MQ=255)
cGATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGc < 1:460578/100‑1 (MQ=255)
gATCGGCATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCg > 1:1350181/1‑100 (MQ=255)
cATAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTg > 2:1272844/1‑100 (MQ=255)
tAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCa < 2:1899220/100‑1 (MQ=255)
tAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCa < 2:1148825/100‑1 (MQ=255)
tAGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCa > 1:1213353/1‑100 (MQ=255)
aGGGAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAg < 2:586209/100‑1 (MQ=255)
ggAATTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGat > 2:245401/1‑100 (MQ=255)
aTTATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATc < 1:1164025/100‑1 (MQ=255)
tATGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCgg > 1:368583/1‑100 (MQ=255)
tGCTATG‑AAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCg < 2:1236758/100‑1 (MQ=255)
|
GGCGATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCG > NC_000913/2525031‑2525223
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
