Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F56 I0 R1
|
312 |
170.3 |
8276235 |
93.7% |
7754832 |
99.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,945,528 |
T→C |
48.9% |
noncoding (1825/2904 nt) |
rrlC → |
23S ribosomal RNA of rrnC operon |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,945,528 | 0 | T | C | 48.9%
| 47.0
/ 184.2
| 133 | noncoding (1825/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/26); new base C (37/28); total (79/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.92e-01 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGG > NC_000913/3945469‑3945625
|
ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTc > 1:109451/1‑100 (MQ=2)
ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTc > 1:1998422/1‑100 (MQ=11)
ctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAg > 2:116620/1‑100 (MQ=32)
tgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAgc < 2:109450/100‑1 (MQ=255)
gCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAgcg > 1:2114620/1‑100 (MQ=18)
cAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAgcgc > 1:1202349/1‑100 (MQ=12)
cAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAgcgc > 1:441273/1‑100 (MQ=18)
aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCa < 2:370791/100‑1 (MQ=18)
aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACGGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCa < 2:1258087/100‑1 (MQ=18)
aCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCaa > 1:2656357/1‑100 (MQ=33)
aCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCa > 2:1646278/1‑99 (MQ=18)
cTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAg > 1:2280492/1‑100 (MQ=12)
gTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCg > 1:2049847/1‑100 (MQ=33)
gTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCg > 2:3907/1‑100 (MQ=32)
gTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCg < 2:2101499/100‑1 (MQ=255)
ttattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGTGTCAGCGCAAGCGaa > 2:3374481/1‑100 (MQ=17)
tattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAATGTTAACATATACGGTGTGACGCCTGCCCGGAGCCGGAAGGTTCATTGATGGGGTCAGCCCATGCGAAg > 2:3939169/1‑100 (MQ=11)
tattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGGTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAg > 1:815329/1‑100 (MQ=255)
tattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAg > 1:1419994/1‑100 (MQ=18)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGCCAGCGCAAGCGAAGc > 1:1987088/1‑100 (MQ=17)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc < 1:1696240/100‑1 (MQ=18)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc < 2:1338646/100‑1 (MQ=18)
aataAAAACACAGCACGGTGCAAACAGGAAAGCGTACGTATACGGCGAGACGCCTGCCCCATGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGACGc > 2:1468104/3‑100 (MQ=11)
ttaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGct < 2:2656341/100‑1 (MQ=33)
ttaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGct > 1:1806221/1‑100 (MQ=33)
ttaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGct > 2:73209/1‑100 (MQ=32)
ttaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGct < 1:2316688/100‑1 (MQ=18)
taAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctc > 1:1368083/1‑100 (MQ=18)
aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct > 2:496514/1‑100 (MQ=33)
aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTGAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct > 1:2499809/1‑100 (MQ=17)
aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct > 2:1551462/1‑100 (MQ=17)
aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct < 1:2290269/100‑1 (MQ=18)
aaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCtt > 1:2700587/1‑100 (MQ=33)
aaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCtt > 2:1644068/1‑100 (MQ=18)
aaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCtt < 1:694649/100‑1 (MQ=18)
aaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGa < 1:1255007/100‑1 (MQ=18)
acacAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGAt < 2:169259/100‑1 (MQ=33)
acacAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGTTCTTGAt < 2:1582904/100‑1 (MQ=12)
acacAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGAt < 1:2873047/100‑1 (MQ=18)
acacAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGAt > 2:3924963/1‑100 (MQ=17)
cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc > 2:20339/1‑100 (MQ=32)
cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc > 2:460275/1‑100 (MQ=255)
cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc < 2:4006717/100‑1 (MQ=18)
gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 1:635750/1‑100 (MQ=33)
gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 1:3418378/1‑100 (MQ=32)
gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 1:2510495/1‑100 (MQ=33)
gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTTATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAg < 2:2553771/100‑1 (MQ=16)
gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 2:772601/1‑100 (MQ=17)
aCTGTGNAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGcc > 2:3220157/1‑100 (MQ=18)
cTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGccc > 1:1588431/1‑100 (MQ=33)
tgtgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGcccc < 1:2383957/100‑1 (MQ=33)
gtgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCg > 2:2974164/1‑100 (MQ=32)
gtgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCg > 1:3402066/1‑100 (MQ=255)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg < 2:2959735/100‑1 (MQ=32)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg < 2:2978260/100‑1 (MQ=33)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGAAGCCTGCTCGATGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg < 2:2898010/100‑1 (MQ=255)
gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt > 1:526078/1‑100 (MQ=32)
gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt > 2:2662407/1‑100 (MQ=32)
gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt < 2:1737801/100‑1 (MQ=33)
gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt > 1:2833801/1‑100 (MQ=33)
gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt > 1:950613/1‑100 (MQ=33)
gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGACAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt > 1:1069338/1‑100 (MQ=17)
cAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa > 1:3081868/1‑100 (MQ=32)
cAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGGTAATTGATGGGGTCAGCGCCAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCACGGTa > 2:3686687/1‑100 (MQ=255)
cAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa < 2:3071106/100‑1 (MQ=255)
cAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa > 1:4094998/1‑100 (MQ=18)
cAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa > 2:1054354/1‑100 (MQ=18)
aaaCACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGGGCCGGAAGGATAATTGATGGGGACAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATGGAAGCCCCGGTaa > 1:3714926/1‑100 (MQ=11)
acacGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAc < 1:901917/100‑1 (MQ=18)
cacGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcn < 2:3439721/100‑2 (MQ=17)
cacGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcg < 1:1934242/100‑1 (MQ=18)
cGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGCCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcggc > 2:1137384/1‑100 (MQ=255)
cGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCCCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcggc > 2:1217220/1‑100 (MQ=12)
aaaGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcggcgg < 2:759037/100‑1 (MQ=33)
aaaGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCTCGGTAAAcggcgg < 1:2776895/100‑1 (MQ=255)
aaGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACggcggc < 1:1254280/100‑1 (MQ=33)
aaGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACggcggc < 1:1124269/100‑1 (MQ=18)
aaGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACggcggc < 2:1036529/100‑1 (MQ=17)
aGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGcc < 1:2718429/100‑1 (MQ=33)
aGTGGACGTATACGGCGTGTCGCCTGGCTGGTTCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTTTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcggcgg < 1:669311/98‑1 (MQ=11)
gTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCTGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCg < 1:514734/100‑1 (MQ=17)
gTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACggcggc < 2:2132032/98‑1 (MQ=33)
gTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCg < 1:2143160/100‑1 (MQ=255)
tGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGt < 2:2839633/100‑1 (MQ=12)
ggACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTa < 1:1678254/100‑1 (MQ=255)
gACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTaa > 1:3021184/1‑100 (MQ=33)
aCGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAAc < 2:1145110/100‑1 (MQ=32)
aCGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAAc < 1:2434662/100‑1 (MQ=32)
aCGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAAc < 1:1644080/100‑1 (MQ=18)
aCGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAAc < 1:2185402/100‑1 (MQ=18)
cGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGGAGGTTAATTGCTGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACt > 1:1372901/1‑100 (MQ=11)
tataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGACGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACtat > 2:3513002/1‑100 (MQ=12)
tataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACtat > 1:426683/1‑100 (MQ=18)
ataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACtata > 1:209002/1‑100 (MQ=18)
aCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:669295/100‑1 (MQ=33)
aCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:2188602/100‑1 (MQ=33)
aCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc > 2:1798190/1‑100 (MQ=17)
cGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACg > 2:2118474/1‑100 (MQ=32)
ggTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCGGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACgg < 1:1247746/100‑1 (MQ=17)
ggTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACgg < 1:2832658/100‑1 (MQ=33)
|
GGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGG > NC_000913/3945469‑3945625
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
