Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F56 I1 R1
|
165 |
53.8 |
2611523 |
96.4% |
2517508 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,945,528 |
T→C |
noncoding (1825/2904 nt) |
rrlC → |
23S ribosomal RNA of rrnC operon |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,945,528 | 0 | T | C | 93.5%
| 89.4
/ 1.1
| 46 | noncoding (1825/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (28/15); total (29/17) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.93e-01 |
GGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACG > NC_000913/3945469‑3945624
|
ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGTTGACGGAAGGTTAATTGATGGGGTc > 2:806642/1‑100 (MQ=2)
ggctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTc < 2:447413/100‑1 (MQ=11)
gctgCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCa > 2:1118284/1‑100 (MQ=14)
gCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAgcg > 2:990679/1‑100 (MQ=18)
aaCTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCa > 1:1014107/1‑100 (MQ=18)
gTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCg > 1:166263/1‑100 (MQ=33)
ttattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCACGCGaa > 1:53361/1‑100 (MQ=255)
tattaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAg > 2:1097808/1‑100 (MQ=17)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc > 2:1110612/1‑100 (MQ=18)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc > 2:389226/1‑100 (MQ=18)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc > 1:180903/1‑100 (MQ=17)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGGCAGCGCAAGCGAAGc > 2:753038/1‑100 (MQ=12)
attaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACCCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCgcgagcga > 2:62529/1‑97 (MQ=255)
actaAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGc < 1:673808/98‑1 (MQ=16)
taAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctc > 2:1267621/1‑100 (MQ=17)
taAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctc > 2:884966/1‑100 (MQ=17)
aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct < 2:532371/100‑1 (MQ=18)
aaaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGctct > 2:1080012/1‑100 (MQ=17)
aaaaCACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCtt > 1:610083/1‑100 (MQ=18)
cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc < 2:166261/100‑1 (MQ=32)
cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCGGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc < 2:772981/100‑1 (MQ=255)
cacaGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATc < 1:135920/100‑1 (MQ=18)
gCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGCTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAg > 2:1007696/1‑100 (MQ=12)
gtgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCg < 1:514677/100‑1 (MQ=18)
tgCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg < 2:821099/100‑1 (MQ=18)
gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCgg > 2:1040457/1‑99 (MQ=17)
gCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGt > 2:1242221/1‑100 (MQ=17)
cAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGTGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa < 2:800519/100‑1 (MQ=255)
cAAACACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa > 1:338725/1‑100 (MQ=17)
aaaCACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa < 2:1086118/99‑1 (MQ=17)
aaaCACGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTa > 2:966454/1‑99 (MQ=17)
acacGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAc < 1:182172/100‑1 (MQ=18)
cacGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcg > 1:212368/1‑100 (MQ=18)
cGAAAGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAAcggc > 1:1204400/1‑100 (MQ=18)
aaGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACggcggc < 2:1103258/100‑1 (MQ=17)
aGTGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGcc > 2:1290699/1‑100 (MQ=18)
tGGACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGt < 2:285513/100‑1 (MQ=18)
ggACGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTa < 2:796203/100‑1 (MQ=18)
aCGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAAc < 1:310529/100‑1 (MQ=18)
cGTATACGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACt > 1:39864/1‑100 (MQ=18)
tataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACtat > 2:1005586/1‑100 (MQ=18)
ataCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACAGCGGCCGTAACtata > 1:1282909/1‑100 (MQ=255)
taCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATaa < 1:600797/100‑1 (MQ=18)
aCGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc < 1:607987/100‑1 (MQ=33)
aCGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAAc > 1:658400/1‑100 (MQ=18)
cGGCGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACg > 1:1271352/1‑100 (MQ=18)
|
GGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTCAGCGCAAGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACG > NC_000913/3945469‑3945624
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
