Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F56 I1 R1
|
165 |
53.8 |
2611523 |
96.4% |
2517508 |
99.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,281,967 |
T→C |
Q370R (CAG→CGG) |
yjcF ← |
pentapeptide repeats protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,281,967 | 0 | T | C | 96.0%
| 244.4
/ ‑0.9
| 75 | Q370R (CAG→CGG) | yjcF | pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (37/34); total (39/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
GCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTA > NC_000913/4281871‑4282060
|
gCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCgg < 2:259696/99‑1 (MQ=255)
cacaATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGAc < 1:348186/100‑1 (MQ=255)
acaATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACg > 1:1051675/1‑100 (MQ=255)
tcttctTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAg > 2:336489/1‑100 (MQ=255)
cttcAAAGNATTTCTGTAGTGTTACCNGGATNTCNCTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCNAGCCTc > 1:1202333/1‑100 (MQ=255)
ttcAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCa > 1:1226967/1‑100 (MQ=255)
tcAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCAt > 1:999912/1‑100 (MQ=255)
cAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGCTATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATc > 1:793983/1‑100 (MQ=255)
cAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATc < 1:926815/100‑1 (MQ=255)
cAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATc < 1:363142/100‑1 (MQ=255)
aaaGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCg < 2:1057167/100‑1 (MQ=255)
aaaGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCg < 2:693914/100‑1 (MQ=255)
aaaGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCg < 2:544375/100‑1 (MQ=255)
aaaGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATGAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCAATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCg > 2:1038734/1‑100 (MQ=255)
aaGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTTCCCGGACGCTAGCCTCATCGa > 2:813703/1‑100 (MQ=255)
gAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGaaa > 1:1099364/1‑100 (MQ=255)
aTTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAAtt < 1:756105/100‑1 (MQ=255)
cTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAaca < 1:758856/100‑1 (MQ=255)
tGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAacac < 1:1031074/100‑1 (MQ=255)
gTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACg < 1:582594/100‑1 (MQ=255)
gtgtTACCAGGATATCACTATTCATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCTCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATa > 2:758103/1‑100 (MQ=255)
gtgtTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATa > 2:754964/1‑100 (MQ=255)
tgtTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATag > 1:20262/1‑100 (MQ=255)
ccAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACg > 2:694327/1‑100 (MQ=255)
cAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACgg > 1:534432/1‑100 (MQ=255)
gATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGata < 1:689283/100‑1 (MQ=255)
gATATCACTAGTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGata > 2:179281/1‑100 (MQ=255)
atCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTa < 2:1116569/100‑1 (MQ=255)
tCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGTAGAATGCTACTACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTaa < 2:915357/100‑1 (MQ=255)
tCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTaa < 1:519613/100‑1 (MQ=255)
cACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTaaa < 2:318075/100‑1 (MQ=255)
aCTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAAc < 1:1229284/100‑1 (MQ=255)
cTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACa < 1:525308/100‑1 (MQ=255)
aaTGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAg > 1:899306/1‑100 (MQ=255)
aaTGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAg < 2:211421/100‑1 (MQ=255)
aaTGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATAAAACATca > 2:1005358/1‑97 (MQ=255)
tGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGc < 1:393162/100‑1 (MQ=255)
ggAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCt > 2:921069/1‑100 (MQ=255)
ggAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCt > 2:1160834/1‑100 (MQ=255)
gaTATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCtttt > 2:168096/1‑100 (MQ=255)
tatTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGt < 2:899299/100‑1 (MQ=255)
tatTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGt > 2:986282/1‑100 (MQ=255)
tatTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGt < 1:72360/100‑1 (MQ=255)
tttCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTaa < 2:1211674/100‑1 (MQ=255)
tttCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTaa > 1:433673/1‑100 (MQ=255)
ccTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaac < 2:160864/100‑1 (MQ=255)
ccTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaac < 1:1205339/100‑1 (MQ=255)
ccTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaac < 2:534428/100‑1 (MQ=255)
cTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaaca > 2:745618/1‑100 (MQ=255)
tCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacag > 1:1134325/1‑100 (MQ=255)
caccacGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacaga < 2:1230788/100‑1 (MQ=255)
caccacGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacaga > 1:371840/1‑100 (MQ=255)
accacGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacagaa > 2:1065932/1‑100 (MQ=255)
ccacGGAGAATGGTAATACCCATTTCAAGGACGCTGGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacag < 2:463105/97‑1 (MQ=255)
cacGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacagaaca > 2:253912/1‑100 (MQ=255)
acGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAaacagaacag > 2:375114/1‑100 (MQ=255)
cGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGt > 2:704979/1‑100 (MQ=255)
cGGAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCATTTGTTAAaacagaacag > 2:335730/1‑99 (MQ=255)
ggAGAATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTAATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCACGGCTTTTGTTAAAAAAGAACAGtt > 2:645700/1‑100 (MQ=255)
gagaATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTg < 2:927788/100‑1 (MQ=255)
gaATGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGaa > 1:1304888/1‑100 (MQ=255)
ttccgatctcccATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAAt < 1:947128/91‑1 (MQ=255)
aTGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAAt < 2:1068279/100‑1 (MQ=255)
tGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATg > 1:801164/1‑100 (MQ=255)
tGGTAATACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATg < 2:9738/100‑1 (MQ=255)
aaTACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCaa > 1:293666/1‑100 (MQ=255)
tACCCATTCCGCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAAtt < 2:999903/100‑1 (MQ=255)
tACCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAAtt > 1:694697/1‑100 (MQ=255)
aCCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTg > 2:878056/1‑100 (MQ=255)
aCCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTg < 1:1249974/100‑1 (MQ=255)
aCCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTg > 2:991849/1‑100 (MQ=255)
aCCCATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTg < 1:254232/100‑1 (MQ=255)
cccATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAAtagatcggaa > 2:947120/1‑91 (MQ=255)
cccATTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGc > 1:993139/1‑100 (MQ=255)
aTTCCCCGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTa < 1:421615/100‑1 (MQ=255)
|
GCACAATCTTCTTCAAAGAATTTCTGTAGTGTTACCAGGATATCACTATTAATGGAGATATTTTCCTCACCACGGAGAATGGTAATACCCATTCCCTGGACGCTAGCCTCATCGAAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTA > NC_000913/4281871‑4282060
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
