Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F50 I1 R1
|
163 |
55.0 |
1534755 |
98.6% |
1513268 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,346,802 |
G→A |
A646A (GCG→GCA) |
nrdA → |
ribonucleoside‑diphosphate reductase 1, alpha subunit |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,346,802 | 0 | G | A | 100.0%
| 225.1
/ NA
| 57 | A646A (GCG→GCA) | nrdA | ribonucleoside‑diphosphate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (31/26); total (31/26) |
ACTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCC > NC_000913/2346657‑2346949
|
aCTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGaa < 1:421943/151‑1 (MQ=255)
aCTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGa > 1:24893/1‑150 (MQ=255)
gcaGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACg > 2:526655/3‑151 (MQ=255)
gCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTg > 1:236704/1‑151 (MQ=255)
gCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTg < 2:157247/151‑1 (MQ=255)
gTGAGTCAATCAAACCGCACGGTCTCCGTAACACCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTACCGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTg < 2:505822/149‑1 (MQ=255)
gAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGcc > 2:509698/1‑151 (MQ=255)
aGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGcc > 1:127052/1‑150 (MQ=255)
gTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAg < 2:718261/151‑1 (MQ=255)
tcaatcaaAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAgg > 1:320067/1‑151 (MQ=255)
aaaaCGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGc > 2:591802/1‑151 (MQ=255)
aaaaCGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGc < 2:477916/151‑1 (MQ=255)
tGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGc > 2:34047/1‑150 (MQ=255)
gTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCt < 1:638007/151‑1 (MQ=255)
tAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTg > 2:648905/1‑151 (MQ=255)
aaCTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGc > 2:213120/1‑151 (MQ=255)
cTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCac > 2:243077/1‑151 (MQ=255)
cGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGc > 2:553509/1‑151 (MQ=255)
ttCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTAt > 2:740585/1‑151 (MQ=255)
tCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTAt < 1:488622/150‑1 (MQ=255)
tCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTAt < 1:54238/150‑1 (MQ=255)
aTGCCTTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCtgt < 2:143336/151‑1 (MQ=255)
tGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCtgt < 2:348247/150‑1 (MQ=255)
ccGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTggg < 1:491788/151‑1 (MQ=255)
gTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGa > 2:85475/1‑150 (MQ=255)
ccGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGaaa < 2:507830/150‑1 (MQ=255)
ccGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAAt > 1:50729/1‑151 (MQ=255)
cttcttCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCggg > 2:44555/1‑151 (MQ=255)
tcttcGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCggg < 1:744059/149‑1 (MQ=255)
tcGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTa < 1:546167/148‑1 (MQ=255)
cAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGAt < 2:619804/150‑1 (MQ=255)
aGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATgg < 2:99722/151‑1 (MQ=255)
aGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATgg > 1:601438/1‑151 (MQ=255)
aTCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGCAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGtt > 2:83471/1‑151 (MQ=255)
ctAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGt < 1:412032/146‑1 (MQ=255)
ctAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCt > 2:202447/1‑151 (MQ=255)
aCGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGc > 2:440539/1‑150 (MQ=255)
cGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCa > 2:433608/1‑150 (MQ=255)
gCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAAc < 1:40891/151‑1 (MQ=255)
ccACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACt > 2:453860/1‑151 (MQ=255)
ccACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACt < 1:549167/151‑1 (MQ=255)
aCTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACtgg > 2:122031/1‑151 (MQ=255)
aCTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACtgg > 2:9944/1‑151 (MQ=255)
cTAACGGAATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACtgg > 2:609281/1‑150 (MQ=255)
ggTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGt > 2:457770/1‑150 (MQ=255)
aTTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCa < 1:31118/151‑1 (MQ=255)
tGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATg > 1:106640/1‑151 (MQ=255)
tGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATg > 2:151370/1‑151 (MQ=255)
aaCCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGc > 2:324107/1‑150 (MQ=255)
gccgcGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGaaa < 1:108139/151‑1 (MQ=255)
gcgGTTACGTCAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTAt < 1:674041/151‑1 (MQ=255)
cAGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCg > 1:163986/1‑151 (MQ=255)
aGCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCg > 2:86370/1‑150 (MQ=255)
gCATCAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGAt < 1:3894/151‑1 (MQ=255)
cAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGAtctc < 1:69330/150‑1 (MQ=255)
cAAAGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATctct < 1:61611/151‑1 (MQ=255)
aGCATCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGcc < 1:604642/151‑1 (MQ=255)
|
ACTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCC > NC_000913/2346657‑2346949
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A